[日本語] English
万見
- EMDB-16457: Drosophila melanogaster Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16457
タイトルDrosophila melanogaster Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli
マップデータdensity modified composite map
試料
  • 複合体: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli
    • タンパク質・ペプチド: Mic1 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog
キーワードGuanain Nucleotide Exchange Factor / membrane traffic / lysosome / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...positive regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / regulation of autophagy / autophagy / late endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain ...Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Regulator of MON1-CCZ1 complex / Regulator of MON1-CCZ1 complex, C-terminal / Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar fusion protein MON1 homolog / Bulli / Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schaefer J / Herrmann E / Kuemmel D / Moeller A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of the metazoan Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli.
著者: Eric Herrmann / Jan-Hannes Schäfer / Stephan Wilmes / Christian Ungermann / Arne Moeller / Daniel Kümmel /
要旨: The endosomal system of eukaryotic cells represents a central sorting and recycling compartment linked to metabolic signaling and the regulation of cell growth. Tightly controlled activation of Rab ...The endosomal system of eukaryotic cells represents a central sorting and recycling compartment linked to metabolic signaling and the regulation of cell growth. Tightly controlled activation of Rab GTPases is required to establish the different domains of endosomes and lysosomes. In metazoans, Rab7 controls endosomal maturation, autophagy, and lysosomal function. It is activated by the guanine nucleotide exchange factor (GEF) complex Mon1-Ccz1-Bulli (MCBulli) of the tri-longin domain (TLD) family. While the Mon1 and Ccz1 subunits have been shown to constitute the active site of the complex, the role of Bulli remains elusive. We here present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of MCBulli at 3.2 Å resolution. Bulli associates as a leg-like extension at the periphery of the Mon1 and Ccz1 heterodimers, consistent with earlier reports that Bulli does not impact the activity of the complex or the interactions with recruiter and substrate GTPases. While MCBulli shows structural homology to the related ciliogenesis and planar cell polarity effector (Fuzzy-Inturned-Wdpcp) complex, the interaction of the TLD core subunits Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned with Bulli and Wdpcp, respectively, is remarkably different. The variations in the overall architecture suggest divergent functions of the Bulli and Wdpcp subunits. Based on our structural analysis, Bulli likely serves as a recruitment platform for additional regulators of endolysosomal trafficking to sites of Rab7 activation.
履歴
登録2023年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16457.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈density modified composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.053569686 - 2.3558547
平均 (標準偏差)0.0010627309 (±0.023258902)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 295.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: composite map of L1 and L2

ファイルemd_16457_additional_1.map
注釈composite map of L1 and L2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: consensus map

ファイルemd_16457_additional_2.map
注釈consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: local mal MCB-bulli (L2)

ファイルemd_16457_additional_3.map
注釈local mal MCB-bulli (L2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: local map MCB-core (L1)

ファイルemd_16457_additional_4.map
注釈local map MCB-core (L1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli

全体名称: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli
要素
  • 複合体: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli
    • タンパク質・ペプチド: Mic1 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

-
超分子 #1: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli

超分子名称: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 180 KDa

-
分子 #1: Mic1 domain-containing protein

分子名称: Mic1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 72.058391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDNSNGIHYI ELTPNPIRFD AVSQLTNVFF DDSNKQIFAV RSGGATGVVV KGPGSPDDVV ISFCMSDRGG AIRSIKFSPD NQILAVQRK ENSVEFICFQ GDQPLLQDII THQVKTLIHG FVWVHNREVA LISNTGVEVY TVVPEKRQVR SVKSLSIGIK W FAWCCDAN ...文字列:
MDNSNGIHYI ELTPNPIRFD AVSQLTNVFF DDSNKQIFAV RSGGATGVVV KGPGSPDDVV ISFCMSDRGG AIRSIKFSPD NQILAVQRK ENSVEFICFQ GDQPLLQDII THQVKTLIHG FVWVHNREVA LISNTGVEVY TVVPEKRQVR SVKSLSIGIK W FAWCCDAN VALLCTSEGN SLIPVLVKQK VITKLPKVDL GNPSRDVQES KVTLGQVYGV LAVLILQSNS TTGLMEVEVH LL NGPGLAP RKCHVLRLSL LGRFAINTVD NLIVVHHQAS GTSLLFDISL PGEVINEITY HTPITPGRSI KPFGLKLPSL SPD GQILQC ELYSTHWVLF QPNIVIDAKL GCMWFLNLCI EPLCQLISDR IRLTEFLLQR SNGKQMLLKV IGQLVDDQYK GTLL PVLET IFSRINKIYA SWVQLELQNQ TAQPSNVKTT TLKQSTPPIV LIEQLDMVQI FQRIARRPYT ESILMLYLQS LNKFN IAAQ EELSKMIISE LISNRSFDTL RRLVSYSMLL ESKSVACFLL SHSNVDTAIS QVAIDMLGRI EAHEIIIEVM LGQGKV IDA LRLAKNSMGL EKVPARKFLE AAHKTKDDLI FHSVYRFFQM RNLKLYETLS FPKAEQCTEF IQHYNNTFPA DNPTRQP VS

UniProtKB: Bulli

-
分子 #2: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1

分子名称: Caffeine, calcium, zinc sensitivity 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 58.308566 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAKLLQRVEI TLRSFYIFNS TFGQVEGEEH KKVLFYHPND IELNTKIKDV GLSEAIIRFT GTFTSEDDCQ ALHTQKTTQL FYQPEPGYW LVLVLNVPKE VRLKEGVEVA DYRGAEISDR IYRAILRQCY QMFRFQNGCF SSCGSEEPNP DKRRELLCQK L LQFYDQHL ...文字列:
MAKLLQRVEI TLRSFYIFNS TFGQVEGEEH KKVLFYHPND IELNTKIKDV GLSEAIIRFT GTFTSEDDCQ ALHTQKTTQL FYQPEPGYW LVLVLNVPKE VRLKEGVEVA DYRGAEISDR IYRAILRQCY QMFRFQNGCF SSCGSEEPNP DKRRELLCQK L LQFYDQHL TNLRDPAQCD IIDMLHSIQY LPLDKTLFLR AQNFGTLCET FPDIKESIML YQEQVLCGGK LSPEDLHCVH SY VVQHVLK VEASSSTIAV SPSLKRSISE CQVGGFVRSR QKVAGDEHDA VNEEDHPMKV YVTLDKEAKP YYLLIYRALH ITL CLFLNA DQVAPKQDLY DDLHAYMAPQ LTSLARDISS ELTKEAVGAA GQDNSSGNSE TAPKYLFINE QSLQHHTNFQ RHLP QGLPR NVLSIIADLA NGSGKAEMES APAEEVQVKT TNDYWIVKRR CNYRQYYVIL CNSKATLLDV TQEARRIFEQ ELTDD VFFD KDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDK

UniProtKB: Vacuolar fusion protein CCZ1 homolog

-
分子 #3: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

分子名称: Vacuolar fusion protein MON1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 59.904152 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVEQTSVRS DTNSTCEYLD AEGDPESPNL YQEADPDQEA EQQNHSIISE LRDGLGTMRD NSALSPEPGQ ENKGLAASVE SLALSTSTS AKTEDSIGGG LEEEYDYQHD SLWQGQKKHI FILSEAGKPI FSLHGNEDKL ATLFGVIQAL VSFVQMGQDA I TSIHAGGI ...文字列:
MEVEQTSVRS DTNSTCEYLD AEGDPESPNL YQEADPDQEA EQQNHSIISE LRDGLGTMRD NSALSPEPGQ ENKGLAASVE SLALSTSTS AKTEDSIGGG LEEEYDYQHD SLWQGQKKHI FILSEAGKPI FSLHGNEDKL ATLFGVIQAL VSFVQMGQDA I TSIHAGGI KFAFMQRSSL ILVAASRSNM SVQQLQLQLG DVYNQILSIL TYSHMTKIFE RRKNFDLRRL LSGSERLFYN LL ANDSSSA KVSNNIFTFL TNSIRVFPLP TTIRSQITSA IQSNCSKIKN LVFAVLIANN KLIALVRMKK YSIHPADLRL IFN LVECSE SFKSSENWSP ICLPKFDMNG YLHAHVSYLA DDCQACLLLL SVDRDAFFTL AEAKAKITEK LRKSHCLEAI NEEL QQPFN AKLYQQVVGI PELRHFLYKP KSTAQLLCPM LRHPYKSLTE LERLEAIYCD LLHRIHNSSR PLKLIYEMKE REVVL AWAT GTYELYAIFE PVVDKATVIK YVDKLIKWIE KEYDVYFIRN HATF

UniProtKB: Vacuolar fusion protein MON1 homolog

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5931 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 390520
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 129
得られたモデル

PDB-8c7g:
Drosophila melanogaster Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る