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万見
- EMDB-16453: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16453
タイトルSARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs
マップデータStructure map obtained after DeepEMhancer post-processing in cryosparc.
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 17T2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 17T2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 17T2 Fab light chain
キーワードComplex SARS-CoV-2 Spike S 17T2 / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Modrego A / Carlero D / Bueno-Carrasco MT / Santiago C / Carolis C / Arranz R / Blanco J / Magri G
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Other private
Generalitat de Catalunya スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A monoclonal antibody targeting a large surface of the receptor binding motif shows pan-neutralizing SARS-CoV-2 activity.
著者: Leire de Campos-Mata / Benjamin Trinité / Andrea Modrego / Sonia Tejedor Vaquero / Edwards Pradenas / Anna Pons-Grífols / Natalia Rodrigo Melero / Diego Carlero / Silvia Marfil / César ...著者: Leire de Campos-Mata / Benjamin Trinité / Andrea Modrego / Sonia Tejedor Vaquero / Edwards Pradenas / Anna Pons-Grífols / Natalia Rodrigo Melero / Diego Carlero / Silvia Marfil / César Santiago / Dàlia Raïch-Regué / María Teresa Bueno-Carrasco / Ferran Tarrés-Freixas / Ferran Abancó / Victor Urrea / Nuria Izquierdo-Useros / Eva Riveira-Muñoz / Ester Ballana / Mónica Pérez / Júlia Vergara-Alert / Joaquim Segalés / Carlo Carolis / Rocío Arranz / Julià Blanco / Giuliana Magri /
要旨: Here we report the characterization of 17T2, a SARS-CoV-2 pan-neutralizing human monoclonal antibody isolated from a COVID-19 convalescent individual infected during the first pandemic wave. 17T2 is ...Here we report the characterization of 17T2, a SARS-CoV-2 pan-neutralizing human monoclonal antibody isolated from a COVID-19 convalescent individual infected during the first pandemic wave. 17T2 is a class 1 VH1-58/κ3-20 antibody, derived from a receptor binding domain (RBD)-specific IgA memory B cell, with a broad neutralizing activity against former and new SARS-CoV-2 variants, including XBB.1.16 and BA.2.86 Omicron subvariants. Consistently, 17T2 demonstrates in vivo prophylactic and therapeutic activity against Omicron BA.1.1 infection in K18-hACE2 mice. Cryo-electron microscopy reconstruction shows that 17T2 binds the BA.1 spike with the RBD in "up" position and blocks the receptor binding motif, as other structurally similar antibodies do, including S2E12. Yet, unlike S2E12, 17T2 retains its neutralizing activity against all variants tested, probably due to a larger RBD contact area. These results highlight the impact of small structural antibody changes on neutralizing performance and identify 17T2 as a potential candidate for future clinical interventions.
履歴
登録2023年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 454.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure map obtained after DeepEMhancer post-processing in cryosparc.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 492 pix.
= 420.66 Å		0.86 Å/pix.
x 492 pix.
= 420.66 Å		0.86 Å/pix.
x 492 pix.
= 420.66 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034
最小 - 最大-0.001696685 - 1.9730217
平均 (標準偏差)0.0012242051 (±0.023971394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ492492492
Spacing492492492
セルA=B=C: 420.66 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A obtained in the non-uniform refinement in cryosparc.

ファイルemd_16453_half_map_1.map
注釈Half map A obtained in the non-uniform refinement in cryosparc.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B obtained in the non-uniform refinement in cryosparc.

ファイルemd_16453_half_map_2.map
注釈Half map B obtained in the non-uniform refinement in cryosparc.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T...

全体名称: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs
    • 複合体: Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: 17T2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 17T2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 17T2 Fab light chain

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T...

超分子名称: SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Trimer in complex with three 17T2 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Spike glycoprotein

超分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

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超分子 #3: 17T2 Fab

超分子名称: 17T2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
配列文字列: MPRGPVAALL LLILHGAWSC VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HVISGTNGTK RFDNPVLPFN DGVYFASIEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列:
MPRGPVAALL LLILHGAWSC VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HVISGTNGTK RFDNPVLPFN DGVYFASIEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI IVREPEDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QTLLALHRSY LTPGDSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGVAGFNC YFPLRSYSFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLKG TGVLTESNKK FLPFQQFGRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQGVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEYVNN SYECDIPIGA GICASYQTQT KSHGSASSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLKRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKYFG GFNFSQILPD PSKPSKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFKGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTASALGKL QDVVNHNAQA LNTLVKQLSS KFGAISSVLN DIFSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GVVFLHVTYV PAQEKNFTTA PAICHDGKAH FPREGVFVSN GTHWFVTQRN FYEPQIITTD NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ LVPRGSGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLHHHHHH

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分子 #2: 17T2 Fab heavy chain

分子名称: 17T2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKAPVFTFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQNFQERVTI TTDMSTGTVY MELSGLRSED TAMYYCAAPY CNRTTCYDGF DLWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKAPVFTFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGNTNY AQNFQERVTI TTDMSTGTVY MELSGLRSED TAMYYCAAPY CNRTTCYDGF DLWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH TCPPCPAPEL LGGPSVFLFP PKPKDTLMIS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV HNAKTKPREE QYNSTYRVVS VLTVLHQDWL NGKEYKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS REEMTKNQVS LTCLVKGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT PPVLDSDGSF FLYSKLTVDK SRWQQGNVFS CSVMHEALHN HYTQKSLSLS PGK

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分子 #3: 17T2 Fab light chain

分子名称: 17T2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSINRLE PEDFAMYYCQ HYGGLSRWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSINRLE PEDFAMYYCQ HYGGLSRWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio generation using cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124570
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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