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万見
- EMDB-16450: Production of antigenically stable enterovirus A71 virus-like par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16450
タイトルProduction of antigenically stable enterovirus A71 virus-like particles in Pichia pastoris as a vaccine candidate.
マップデータ
試料
  • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol
キーワードEVA71 / Enterovirus / VLP / rsVLP / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kingston NJ / Snowden JS / Stonehouse NJ / Rowlands DJ / Hogle JM
資金援助 英国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P022626/1 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI 169457-0 米国
Leverhulme Trust 英国
Wellcome Trust204825/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust102174/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Production of antigenically stable enterovirus A71 virus-like particles in as a vaccine candidate.
著者: Natalie J Kingston / Joseph S Snowden / Agnieszka Martyna / Mona Shegdar / Keith Grehan / Alison Tedcastle / Elaine Pegg / Helen Fox / Andrew J Macadam / Javier Martin / James M Hogle / David ...著者: Natalie J Kingston / Joseph S Snowden / Agnieszka Martyna / Mona Shegdar / Keith Grehan / Alison Tedcastle / Elaine Pegg / Helen Fox / Andrew J Macadam / Javier Martin / James M Hogle / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse /
要旨: Enterovirus A71 (EVA71) causes widespread disease in young children with occasional fatal consequences. In common with other picornaviruses, both empty capsids (ECs) and infectious virions are ...Enterovirus A71 (EVA71) causes widespread disease in young children with occasional fatal consequences. In common with other picornaviruses, both empty capsids (ECs) and infectious virions are produced during the viral lifecycle. While initially antigenically indistinguishable from virions, ECs readily convert to an expanded conformation at moderate temperatures. In the closely related poliovirus, these conformational changes result in loss of antigenic sites required to elicit protective immune responses. Whether this is true for EVA71 remains to be determined and is the subject of this investigation. We previously reported the selection of a thermally resistant EVA71 genogroup B2 population using successive rounds of heating and passage. The mutations found in the structural protein-coding region of the selected population conferred increased thermal stability to both virions and naturally produced ECs. Here, we introduced these mutations into a recombinant expression system to produce stabilised virus-like particles (VLPs) in . The stabilised VLPs retain the native virion-like antigenic conformation as determined by reactivity with a specific antibody. Structural studies suggest multiple potential mechanisms of antigenic stabilisation, however, unlike poliovirus, both native and expanded EVA71 particles elicited antibodies able to directly neutralise virus . Therefore, the anti-EVA71 neutralising antibodies are elicited by sites which are not canonically associated with the native conformation, but whether antigenic sites specific to the native conformation provide additional protective responses remains unclear. VLPs are likely to provide cheaper and safer alternatives for vaccine production and these data show that VLP vaccines are comparable with inactivated virus vaccines at inducing neutralising antibodies.
履歴
登録2023年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 236.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 396 pix.
= 360.36 Å		0.91 Å/pix.
x 396 pix.
= 360.36 Å		0.91 Å/pix.
x 396 pix.
= 360.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.21993715 - 0.34813076
平均 (標準偏差)0.0010591206 (±0.024705295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ396396396
Spacing396396396
セルA=B=C: 360.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16450_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16450_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16450_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus A71

全体名称: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: (2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol

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超分子 #1: Enterovirus A71

超分子名称: Enterovirus A71 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: rsVLP expressed in Pichia pastoris / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Enterovirus A71 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.705754 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GDRVADMIES SIGNSVSRAL TQALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGEVPALQAA EIGASSNTSD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLEG TTNPNGYANW DIDITGCAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGQVVPQ LLQYMFVPPG A PIPESRES ...文字列:
GDRVADMIES SIGNSVSRAL TQALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGEVPALQAA EIGASSNTSD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLEG TTNPNGYANW DIDITGCAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGQVVPQ LLQYMFVPPG A PIPESRES LAWQTATNPS VFVKLTDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHKQEK DLEYGACPNN MMGTFSVRTV GS SKSKYAL VVRIYMRMKH VRAWIPRPMR NQNYLFKANP NYAGDSIKPT GTSRNAITTL

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein (Fragment)

分子名称: Genome polyprotein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 35.25327 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGSQVSTQRS GSHENSNSAT EGSTINYTTI NYYKDSYAAT AGKQSLKQDP DKFANPVKDV FTEMAAPLKS PSAEACGYSD RVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDDDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTETG V FGQNAQFH ...文字列:
MGSQVSTQRS GSHENSNSAT EGSTINYTTI NYYKDSYAAT AGKQSLKQDP DKFANPVKDV FTEMAAPLKS PSAEACGYSD RVAQLTIGN STITTQEAAN IIVGYGEWPS YCSDDDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDTKL WEKSSKGWYW KFPDVLTETG V FGQNAQFH YLYRSGFCIH VQCNASKFHQ GALLVAILPE YVIGTVAGGT GTEDSHPPYI QTQPGADGFE LQHPYVLDAG IP ISQLTVC PHQWINLRTN NCATIIVPYM NTLPFDSALN HCNFGLLVVP ISPLDFDQGA TPVIPITITL APMCSEFAGL RQA VTQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.558369 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRDGPWQST MLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRDGPWQST MLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV IPWISNTHYR AHARDGVFDY YTTGLVSIWY QTNYVVPIGA PNTAYIIALA AAQKNFTMKL CKDTSHMLQT AS IQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: (2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol

分子名称: (2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SQS
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SQS:
(2S,3R,4E)-2-aminooctadec-4-ene-1,3-diol / (2S,3R)-2-アミノ-4-オクタデセン-1,3-ジオ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 31.08 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3vbs

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 11789
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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