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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16440 | ||||||||||||
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タイトル | C1 reconstruction of Tanay virus particle | ||||||||||||
マップデータ | C1 reconstruction of TANAV particle | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Mosquito virus / Negevirus / Envelope (封筒) / VIRUS (ウイルス) | ||||||||||||
生物種 | Tanay virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Okamoto K / Song C / Miyazaki N / Murata K | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: C1 reconstruction of Tanay virus particle 著者: Okamoto K / Song C / Miyazaki N / Murata K | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16440.map.gz | 222.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16440-v30.xml emd-16440.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16440.png | 56.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16440.cif.gz | 3.7 KB | ||
その他 | emd_16440_half_map_1.map.gz emd_16440_half_map_2.map.gz | 193.6 MB 193.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16440 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16440 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | C1 reconstruction of TANAV particle | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.992 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map1
ファイル | emd_16440_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map2
ファイル | emd_16440_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tanay virus
全体 | 名称: Tanay virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tanay virus
超分子 | 名称: Tanay virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1489714 / 生物種: Tanay virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10282 |