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- EMDB-16433: Cryo-EM structure of NADH bound SLA dehydrogenase RlGabD from Rhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16433
タイトルCryo-EM structure of NADH bound SLA dehydrogenase RlGabD from Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRD1565
マップデータPostprocess map
試料
  • 複合体: Tetrameric assembly of RlGabD
    • タンパク質・ペプチド: Succinate semialdehyde dehydrogenase
  • リガンド: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: water
キーワードSulfolactaldehyde dehydrogenase NADH GabD / OXIDOREDUCTASE
生物種Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Sharma M / Meek RW / Armstrong Z / Blaza JN / Alhifthi A / Li J / Goddard-Borger ED / Williams SJ / Davies GJ
資金援助 英国, オーストラリア, 6件
OrganizationGrant number国
Royal SocietyRP/EA/180016 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W003805/1 英国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT2000517 オーストラリア
The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research オーストラリア
The Australian Cancer Research Fund オーストラリア
The Brian M. Davis Charitable Foundation Centenary Fellowship オーストラリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of sulfolactate synthesis by sulfolactaldehyde dehydrogenase from .
著者: Jinling Li / Mahima Sharma / Richard Meek / Amani Alhifthi / Zachary Armstrong / Niccolay Madiedo Soler / Mihwa Lee / Ethan D Goddard-Borger / James N Blaza / Gideon J Davies / Spencer J Williams /
要旨: Sulfolactate (SL) is a short-chain organosulfonate that is an important reservoir of sulfur in the biosphere. SL is produced by oxidation of sulfolactaldehyde (SLA), which in turn derives from ...Sulfolactate (SL) is a short-chain organosulfonate that is an important reservoir of sulfur in the biosphere. SL is produced by oxidation of sulfolactaldehyde (SLA), which in turn derives from sulfoglycolysis of the sulfosugar sulfoquinovose, or through oxidation of 2,3-dihydroxypropanesulfonate. Oxidation of SLA is catalyzed by SLA dehydrogenases belonging to the aldehyde dehydrogenase superfamily. We report that SLA dehydrogenase GabD from the sulfoglycolytic bacterium SRDI565 can use both NAD and NADP as cofactor to oxidize SLA, and indicatively operates through a rapid equilibrium ordered mechanism. We report the cryo-EM structure of GabD bound to NADH, revealing a tetrameric quaternary structure and supporting proposal of organosulfonate binding residues in the active site, and a catalytic mechanism. Sequence based homology searches identified SLA dehydrogenase homologs in a range of putative sulfoglycolytic gene clusters in bacteria predominantly from the phyla Actinobacteria, Firmicutes, and Proteobacteria. This work provides a structural and biochemical view of SLA dehydrogenases to complement our knowledge of SLA reductases, and provide detailed insights into a critical step in the organosulfur cycle.
履歴
登録2023年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocess map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 257.152 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 257.152 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 257.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.14261316 - 0.2378539
平均 (標準偏差)-0.000007917815 (±0.008815544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 257.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16433_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfMap2

ファイルemd_16433_half_map_1.map
注釈HalfMap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfMap1

ファイルemd_16433_half_map_2.map
注釈HalfMap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric assembly of RlGabD

全体名称: Tetrameric assembly of RlGabD
要素
  • 複合体: Tetrameric assembly of RlGabD
    • タンパク質・ペプチド: Succinate semialdehyde dehydrogenase
  • リガンド: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Tetrameric assembly of RlGabD

超分子名称: Tetrameric assembly of RlGabD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: Succinate semialdehyde dehydrogenase

分子名称: Succinate semialdehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii SRDI565 (根粒菌)
分子量理論値: 52.697355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTERRTLALK DPALLTDKAF VAGAWIGAPD GKSIAVTDPF DGALIANVPD LGQAVVAQAI DAAAEAQKLW ERRTAKERAQ VLKRWYDLI VENADDLALI LTTEQGKPLA EARGEVVSNA AYLEWFAEEA KRIDGDIIPG PNAGQRIMVL KQPVGVCAAI T PWNFPNGM ...文字列:
MTERRTLALK DPALLTDKAF VAGAWIGAPD GKSIAVTDPF DGALIANVPD LGQAVVAQAI DAAAEAQKLW ERRTAKERAQ VLKRWYDLI VENADDLALI LTTEQGKPLA EARGEVVSNA AYLEWFAEEA KRIDGDIIPG PNAGQRIMVL KQPVGVCAAI T PWNFPNGM ITRKAGPALA AGCSMILKPA SQTPLSALAL AVLAERAGVP KGVFSVVTGE AKPIGLEFCH NPRIAKITFT GS TGVGRWL MKEAAGGIKR LSLELGGNAP FIVFDDADLD AAVEGAMISK FRNAGQTCVC ANRIYVQESV AAAFTERLLA KVS GLSLGR GTDAGVSQGP LIDEKAVAKM EEHIADAMAN GGTVLTGGKR SVLGGTFFEP TVVTGVTQTM KVAKEETFAP LAPI ISFKH ENDVIAMAND SEFGLASYFY AKDMARIWRV AEALEAGMVG VNTGMIANEM APFGGIKQSG TGREGSKYGI EGFLE LKYV ALGGMLEHHH HHH

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分子 #2: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAI
分子量理論値: 665.441 Da
Chemical component information

ChemComp-NAI:
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 330 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris, 300mM NaCl, pH7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 240000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 437107
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 75165
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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