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- EMDB-16416: HB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) complexed with EPCR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16416
タイトルHB3VAR03 apo headstructure (PfEMP1 A) complexed with EPCR
マップデータ
試料
  • 複合体: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR
    • タンパク質・ペプチド: PfEMP1
  • タンパク質・ペプチド: Endothelial protein C receptor
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPlasmodium falciparum / Cerebral Malaria / PfEMP1 / EPCR / Cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / host cell surface receptor binding / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelial protein C receptor / : / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain ...Endothelial protein C receptor / : / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PfEMP1 / Endothelial protein C receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Raghavan SSR / Lavstsen T / Wang KT
資金援助 デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research9039-00285A デンマーク
LundbeckfondenR344-2020-934 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Endothelial protein C receptor binding induces conformational changes to severe malaria-associated group A PfEMP1.
著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo ...著者: Sai Sundar Rajan Raghavan / Louise Turner / Rasmus W Jensen / Nicolai Tidemand Johansen / Daniel Skjold Jensen / Pontus Gourdon / Jinqiu Zhang / Yong Wang / Thor Grundtvig Theander / Kaituo Wang / Thomas Lavstsen /
要旨: Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum ...Severe Plasmodium falciparum malaria infections are caused by microvascular sequestration of parasites binding to the human endothelial protein C receptor (EPCR) via the multi-domain P. falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) adhesion ligands. Using cryogenic electron microscopy (Cryo-EM) and PfEMP1 sequence diversity analysis, we found that group A PfEMP1 CIDRα1 domains interact with the adjacent DBLα1 domain through central, conserved residues of the EPCR-binding site to adopt a compact conformation. Upon EPCR binding, the DBLα1 domain is displaced, and the EPCR-binding helix of CIDRα1 is turned, kinked, and twisted to reach a rearranged, stable EPCR-bound conformation. The unbound conformation and the required transition to the EPCR-bound conformation may represent a conformational masking mechanism of immune evasion for the PfEMP1 family.
履歴
登録2022年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 349.44 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 349.44 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 349.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-3.727024 - 5.6941657
平均 (標準偏差)-0.00015084808 (±0.06068787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 349.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16416_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16416_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16416_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR

全体名称: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR
要素
  • 複合体: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR
    • タンパク質・ペプチド: PfEMP1
  • タンパク質・ペプチド: Endothelial protein C receptor
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR

超分子名称: Multidomain PFEMP1 A complexed with EPCR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 175 KDa

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分子 #1: PfEMP1

分子名称: PfEMP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 145.158766 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列: MASSASKFSK IVVGNETHKS ARNVLEGFAK DIKGKASIDA EKHAYSLKGN LKDAKFNHDF FKIKSDMPGN PCYLDFAFHS NTPGNQREY RHPCARSMNK NLFNLEGAVC TNSKIKGNEE KINGAGACAP YRRRHICDLN LEHIDVHNVQ NIHDLLGNVL V TAKYEGES ...文字列:
MASSASKFSK IVVGNETHKS ARNVLEGFAK DIKGKASIDA EKHAYSLKGN LKDAKFNHDF FKIKSDMPGN PCYLDFAFHS NTPGNQREY RHPCARSMNK NLFNLEGAVC TNSKIKGNEE KINGAGACAP YRRRHICDLN LEHIDVHNVQ NIHDLLGNVL V TAKYEGES IVEKHPNRGS SEVCTALARS FADIGDIIRG KDLYLGHEQG NNKLEARLKT IFQNIKNKNK SPLDKLSLEQ VR EYWWALN REDVWKALTC FADGSEEYFI QSSDKEHSFS SEYCGHEQGN VPTNLDYVPQ FLRWFDEWAD DFCRIKKIKL ENV KNACRD EKKRKYCSLN GFDCTQTIWK KGVLHRSNEC TGCLVKCNPY EIWLGNQREA FRKQKEKYEN EIKTYVHDTG ISNS NINNE YYKEFYKILK NNNYETANEF IKLLNEGRYC NKKEKIEEEE DIDFTNTNEK GTFYRSDYCQ VCPDCGVECK NETCT PKTV IYPDCGKNEK YEPPGDAKNT EINVINSGDK EGYIFEKLSE FCTNENTENI NNYEQWKCYY DNKKNNNKCK MEINIA NSK LKNKVTSFDE FFDFWVRKLL IDTIKWETEL TYCINNTDKF WCNKCNKNCV CFDKWVKQKE DEWTNIMKLF TNKHDIP KK YYLNINDLFD SFFFQVIYKF NEGEAKWNEL KENLKKQIAS SKANNGTKDS EAAIKVLFNH IKEIATICKD NNTNEGCD P SVDSKTNSCG KNTKAGSDKV ISVKQIAQYY KRIAHKQLNE RGSRSALKGD ASKGTYKKNG TPSNLKEICE ITAKHSNDS RRDGEPCTGK DGGQVRVRTK IGTPWTKIVE INKTSYKEVF LPPRRQHMCT SNLEHLNTGN KGLKDGKLAI HSLLGDVLLA AKEQANFIK NKYKRQKASN GFKDKGTICR AIRYSYADLG DIIKGTDLWE ANPGEKNTQR RLKTVFGIIK KNMPGIKDNQ K YKDDEKNN PPYKLLREDW WEANRDQVWQ AMKCAMKNGI TCGSSDHTPL DDYIPQKLRW LTEWAEWYCK AQSKEYEKLK EK CKECKGN DQCTQDTPDC EKCKAACKKY GKNIKTWEDQ WKVISSKYKE LYKQAEIYAG NGGPGYYNTK VQEEDKPVVD FLY NLYLQN GGKKGPPPDT HPSKSVTAPL KQVATVDTPS TVYSTPEGYI HQEAAMDCKQ QHVFCDDNSG GKDDNKQYAF RHQP HDYDE ALRCDQRDKP PPESKKVEKA KKEKDENDDG GSHHHHHHGG GSAHIVVDAY KPTK

UniProtKB: PfEMP1

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分子 #2: Endothelial protein C receptor

分子名称: Endothelial protein C receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.471928 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda granulovirus (ウイルス)
配列文字列:
QRLHMLQISY FRDPYHVWYQ GNASLGGHLT HVLEGPDTNT TIIQLQPLQE PESWARTQSG LQSYLLQFHG LVRLVHQERT LAFPLTIRC FLGCELPPEG SRAHVFFEVA VNGSSFVSFR PERALWQADT QVTSGVVTFT LQQLNAYNRT RYELREFLED T CVQYVQKH

UniProtKB: Endothelial protein C receptor

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 505000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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