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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16402 | |||||||||
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タイトル | GRM3C BMC shell from R. palustris, T=7 | |||||||||
マップデータ | Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial microcompartment / BMC shell / GRM3 / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris BisB18 (光合成細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Greber BJ / Ferlez BH / Kirst H / Sutter M / Nogales E / Kerfeld CA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Adv Mater / 年: 2023 タイトル: Heterologous Assembly of Pleomorphic Bacterial Microcompartment Shell Architectures Spanning the Nano- to Microscale. 著者: Bryan H Ferlez / Henning Kirst / Basil J Greber / Eva Nogales / Markus Sutter / Cheryl A Kerfeld / 要旨: Many bacteria use protein-based organelles known as bacterial microcompartments (BMCs) to organize and sequester sequential enzymatic reactions. Regardless of their specialized metabolic function, ...Many bacteria use protein-based organelles known as bacterial microcompartments (BMCs) to organize and sequester sequential enzymatic reactions. Regardless of their specialized metabolic function, all BMCs are delimited by a shell made of multiple structurally redundant, yet functionally diverse, hexameric (BMC-H), pseudohexameric/trimeric (BMC-T), or pentameric (BMC-P) shell protein paralogs. When expressed without their native cargo, shell proteins have been shown to self-assemble into 2D sheets, open-ended nanotubes, and closed shells of ≈40 nm diameter that are being developed as scaffolds and nanocontainers for applications in biotechnology. Here, by leveraging a strategy for affinity-based purification, it is demonstrated that a wide range of empty synthetic shells, many differing in end-cap structures, can be derived from a glycyl radical enzyme-associated microcompartment. The range of pleomorphic shells observed, which span ≈2 orders of magnitude in size from ≈25 nm to ≈1.8 µm, reveal the remarkable plasticity of BMC-based biomaterials. In addition, new capped nanotube and nanocone morphologies are observed that are consistent with a multicomponent geometric model in which architectural principles are shared among asymmetric carbon, viral protein, and BMC-based structures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16402.map.gz | 264.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16402-v30.xml emd-16402.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16402.png | 287.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16402.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_16402_half_map_1.map.gz emd_16402_half_map_2.map.gz | 225.8 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16402 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16402 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16402_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16402_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16402_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16402_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16402 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16402 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed (sharpened, filtered) cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.403 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unfiltered half-map
ファイル | emd_16402_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map
ファイル | emd_16402_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris ...
全体 | 名称: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18 |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris ...
超分子 | 名称: Bacterial microcompartment shell from Rhodopseudomonas palustris BisB18 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rhodopseudomonas palustris BisB18 (光合成細菌) |
分子量 | 理論値: 4 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 3 / 支持フィルム - #0 - 材質: GOLD / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 4 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #0 - 実像数: 378 / #0 - 平均電子線量: 25.0 e/Å2 #0 - 詳細: Images collected on carbon-coated holey carbon grid. #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 実像数: 724 / #1 - 平均電子線量: 25.0 e/Å2 #1 - 詳細: Images collected on carbon-coated holey gold grid. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 35638 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |