[日本語] English
万見
- EMDB-16383: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 S-trimer (3 RBDs up) in complex with ne... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16383
タイトルCryo-EM map of SARS-CoV-2 S-trimer (3 RBDs up) in complex with neutralizing sherpabody TriSb92
マップデータSARS-CoV-2 S-trimer in complex with Sb92 inhibitor, filtered to local resolution
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Sb92
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Huiskonen JT / Rissanen I / Hannula L
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland336492 フィンランド
Academy of Finland342988 フィンランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Intranasal trimeric sherpabody inhibits SARS-CoV-2 including recent immunoevasive Omicron subvariants.
著者: Anna R Mäkelä / Hasan Uğurlu / Liina Hannula / Ravi Kant / Petja Salminen / Riku Fagerlund / Sanna Mäki / Anu Haveri / Tomas Strandin / Lauri Kareinen / Jussi Hepojoki / Suvi Kuivanen / ...著者: Anna R Mäkelä / Hasan Uğurlu / Liina Hannula / Ravi Kant / Petja Salminen / Riku Fagerlund / Sanna Mäki / Anu Haveri / Tomas Strandin / Lauri Kareinen / Jussi Hepojoki / Suvi Kuivanen / Lev Levanov / Arja Pasternack / Rauno A Naves / Olli Ritvos / Pamela Österlund / Tarja Sironen / Olli Vapalahti / Anja Kipar / Juha T Huiskonen / Ilona Rissanen / Kalle Saksela /
要旨: The emergence of increasingly immunoevasive SARS-CoV-2 variants emphasizes the need for prophylactic strategies to complement vaccination in fighting the COVID-19 pandemic. Intranasal administration ...The emergence of increasingly immunoevasive SARS-CoV-2 variants emphasizes the need for prophylactic strategies to complement vaccination in fighting the COVID-19 pandemic. Intranasal administration of neutralizing antibodies has shown encouraging protective potential but there remains a need for SARS-CoV-2 blocking agents that are less vulnerable to mutational viral variation and more economical to produce in large scale. Here we describe TriSb92, a highly manufacturable and stable trimeric antibody-mimetic sherpabody targeted against a conserved region of the viral spike glycoprotein. TriSb92 potently neutralizes SARS-CoV-2, including the latest Omicron variants like BF.7, XBB, and BQ.1.1. In female Balb/c mice intranasal administration of just 5 or 50 micrograms of TriSb92 as early as 8 h before but also 4 h after SARS-CoV-2 challenge can protect from infection. Cryo-EM and biochemical studies reveal triggering of a conformational shift in the spike trimer as the inhibitory mechanism of TriSb92. The potency and robust biochemical properties of TriSb92 together with its resistance against viral sequence evolution suggest that TriSb92 could be useful as a nasal spray for protecting susceptible individuals from SARS-CoV-2 infection.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16383.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 S-trimer in complex with Sb92 inhibitor, filtered to local resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.21
最小 - 最大-0.8595966 - 1.855372
平均 (標準偏差)0.0010489178 (±0.028650466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_16383_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_16383_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_16383_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_16383_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody

全体名称: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Sb92
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike in open conformation with bound sherpabody
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 124.497945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG N FKNLREFV ...文字列:
PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG N FKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLV RDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SSSGWTAGAA AY YVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNLCPFGEVF NAT RFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQTGKIADY NYKL PDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGY QPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDAVRDP QTLEIL DIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEHVNN SYECDIP IG AGICASYQTQ TNSPRRARSV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGD S TECSNLLLQY GSFCTQLNRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKRS FIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTASA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL D PPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HV TYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNNTVYDPLQ PEL DSFK

-
分子 #2: Sb92

分子名称: Sb92 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.644364 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EEYIAVGDFF STDPADLTFK KGEILLVIER GTSAGDGWWI AKDAKGNEGL VPRTYLEPYS

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris pH 8 + 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 5996 / 平均電子線量: 1.375 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0) / 使用した粒子像数: 150665
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Initial fitting of non-RBD regions of the S-trimer, RBDs and Sb92s was done in ChimeraX, and then Coot was used to adjust the linker regions between RBDs and S.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8c1v:
SARS-CoV-2 S-trimer (3 RBDs up) bound to TriSb92, fitted into cryo-EM map

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る