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- EMDB-16327: Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 from the SCFSKP2 E3 ligase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16327
タイトルCryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 from the SCFSKP2 E3 ligase complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric SCFSKP2 E3 Ligase complex
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
キーワードcell cycle / cyclin-dependent kinase / signalling / ubiquitinationCell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / F-box domain binding / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development ...cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / F-box domain binding / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to cell-matrix adhesion / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of cell cycle G1/S phase transition / PcG protein complex / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / ubiquitin ligase activator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RHO GTPases activate CIT / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear export / negative regulation of mitotic cell cycle / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / cellular response to antibiotic / SCF ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to lithium ion / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / ubiquitin ligase complex scaffold activity / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / PTK6 Regulates Cell Cycle / protein kinase inhibitor activity / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / inner ear development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein monoubiquitination / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Cyclin E associated events during G1/S transition / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Notch signaling pathway / positive regulation of microtubule polymerization / FLT3 Signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / regulation of cell migration / Regulation of BACH1 activity / molecular function activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / placenta development / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Iron uptake and transport / sensory perception of sound / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of cell growth / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / beta-catenin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rowland RJ / Salamina M / Endicott JA / Noble MEM
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 and MR/V029142/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 in complex with CDK2-cyclin A-p27KIP1.
著者: Rhianna J Rowland / Richard Heath / Daniel Maskell / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / James N Blaza / Jane A Endicott / Martin E M Noble / Marco Salamina /
要旨: p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals ...p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals its recruitment to the SCF (S-phase kinase associated protein 1 (SKP1)-cullin-SKP2) E3 ubiquitin ligase complex for proteasomal degradation. The nature of p27 binding to SKP2 and CKS1 was revealed by the SKP1-SKP2-CKS1-p27 phosphopeptide crystal structure. Subsequently, a model for the hexameric CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex was proposed by overlaying an independently determined CDK2-cyclin A-p27 structure. Here we describe the experimentally determined structure of the isolated CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex at 3.4 Å global resolution using cryogenic electron microscopy. This structure supports previous analysis in which p27 was found to be structurally dynamic, transitioning from disordered to nascent secondary structure on target binding. We employed 3D variability analysis to further explore the conformational space of the hexameric complex and uncovered a previously unidentified hinge motion centred on CKS1. This flexibility gives rise to open and closed conformations of the hexameric complex that we propose may contribute to p27 regulation by facilitating recognition with SCF. This 3D variability analysis further informed particle subtraction and local refinement approaches to enhance the local resolution of the complex.
履歴
登録2022年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16327.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.149
最小 - 最大-1.5415878 - 2.1927319
平均 (標準偏差)-0.0006498481 (±0.028245226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16327_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16327_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16327_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric...

全体名称: Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric SCFSKP2 E3 Ligase complex
要素
  • 複合体: Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric SCFSKP2 E3 Ligase complex
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

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超分子 #1: Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric...

超分子名称: Locally refined complex of SKP1-SKP2-CKS1-p27 from the hexametric SCFSKP2 E3 Ligase complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66 KDa

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分子 #1: S-phase kinase-associated protein 1

分子名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.679965 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPSIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

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分子 #2: S-phase kinase-associated protein 2

分子名称: S-phase kinase-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.817785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHRKHLQEIP DLSSNVATSF TWGWDSSKTS ELLSGMGVSA LEKEEPDSEN IPQELLSNLG HPESPPRKRL KSKGSDKDFV IVRRPKLNR ENFPGVSWDS LPDELLLGIF SCLCLPELLK VSGVCKRWYR LASDESLWQT LDLTGKNLHP DVTGRLLSQG V IAFRCPRS ...文字列:
MHRKHLQEIP DLSSNVATSF TWGWDSSKTS ELLSGMGVSA LEKEEPDSEN IPQELLSNLG HPESPPRKRL KSKGSDKDFV IVRRPKLNR ENFPGVSWDS LPDELLLGIF SCLCLPELLK VSGVCKRWYR LASDESLWQT LDLTGKNLHP DVTGRLLSQG V IAFRCPRS FMDQPLAEHF SPFRVQHMDL SNSVIEVSTL HGILSQCSKL QNLSLEGLRL SDPIVNTLAK NSNLVRLNLS GC SGFSEFA LQTLLSSCSR LDELNLSWCF DFTEKHVQVA VAHVSETITQ LNLSGYRKNL QKSDLSTLVR RCPNLVHLDL SDS VMLKND CFQEFFQLNY LQHLSLSRCY DIIPETLLEL GEIPTLKTLQ VFGIVPDGTL QLLKEALPHL QINCSHFTTI ARPT IGNKK NQEIWGIKCR LTLQKPSCL

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 2

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分子 #3: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

分子名称: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.679211 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSHKQIYYSD KYDDEEFEYR HVMLPKDIAK LVPKTHLMSE SEWRNLGVQQ SQGWVHYMIH EPEPHILLFR RPLPKKPKK

UniProtKB: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

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分子 #4: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

分子名称: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: DGSPNAGSVEQ(TPO)PKK / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.188303 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSNVRVSNGS PSLERMDARQ AEHPKPSACR NLFGPVDHEE LTRDLEKHCR DMEEASQRKW NFDFQNHKPL EGKYEWQEVE KGSLPEFYY RPPRPPKGAC KVPAQESQDV SGSRPAAPLI GAPANSEDTH LVDPKTDPSD SQTGLAEQCA GIRKRPATDD S STQNKRAN ...文字列:
MSNVRVSNGS PSLERMDARQ AEHPKPSACR NLFGPVDHEE LTRDLEKHCR DMEEASQRKW NFDFQNHKPL EGKYEWQEVE KGSLPEFYY RPPRPPKGAC KVPAQESQDV SGSRPAAPLI GAPANSEDTH LVDPKTDPSD SQTGLAEQCA GIRKRPATDD S STQNKRAN RTEENVSDGS PNAGSVEQ(TPO)P KKPGLRRRQT

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1110356
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2ast

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
ソフトウェア - 詳細: Particle subtraction followed by local refinement
使用した粒子像数: 136325
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: homogenous refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: local refinement
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting was performed in chimera followed by real space refinement in Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 122
得られたモデル

PDB-8byl:
Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 from the SCFSKP2 E3 ligase complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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