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- EMDB-16312: In situ outer dynein arm from Chlamydomonas reinhardtii in the po... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16312
タイトルIn situ outer dynein arm from Chlamydomonas reinhardtii in the post-power stroke state
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: In situ outer dynein arm
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 3種
キーワードaxoneme / outer dynein arm / post power stroke / dynein / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal dynein complex / outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / dynein complex / myosin II complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding ...axonemal dynein complex / outer dynein arm / outer dynein arm assembly / dynein light chain binding / cilium movement / dynein heavy chain binding / dynein complex / myosin II complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / motile cilium / microtubule-based movement / dynein intermediate chain binding / microtubule-based process / cell projection / microtubule / cilium / calcium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / AAA+ lid domain / : / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 ...: / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / AAA+ lid domain / : / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / EF hand domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / IPT/TIG domain / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / ig-like, plexins, transcription factors / Kelch-type beta propeller / IPT domain / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Thioredoxin / : / Thioredoxin domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / EF-hand domain pair / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin E-set / WD domain, G-beta repeat / Thioredoxin-like superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Dynein-1, subspecies f / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain ...Thioredoxin / Dynein light chain tctex-type 1 protein / Dynein intermediate chain 2 / Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative / Dynein-1, subspecies f / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain / Dynein light chain 4A / Dynein light chain 2A / Dynein axonemal light chain 1 / Dynein heavy chain, outer arm protein / Dynein light chain roadblock-type 2 protein / Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative / Dynein light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.3 Å
データ登録者Zimmermann NEL / Noga A / Obbineni JM / Ishikawa T
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNF310030_192644 スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: ATP-induced conformational change of axonemal outer dynein arms revealed by cryo-electron tomography.
著者: Noemi Zimmermann / Akira Noga / Jagan Mohan Obbineni / Takashi Ishikawa /
要旨: Axonemal outer dynein arm (ODA) motors generate force for ciliary beating. We analyzed three states of the ODA during the power stroke cycle using in situ cryo-electron tomography, subtomogram ...Axonemal outer dynein arm (ODA) motors generate force for ciliary beating. We analyzed three states of the ODA during the power stroke cycle using in situ cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and classification. These states of force generation depict the prepower stroke, postpower stroke, and intermediate state conformations. Comparison of these conformations to published in vitro atomic structures of cytoplasmic dynein, ODA, and the Shulin-ODA complex revealed differences in the orientation and position of the dynein head. Our analysis shows that in the absence of ATP, all dynein linkers interact with the AAA3/AAA4 domains, indicating that interactions with the adjacent microtubule doublet B-tubule direct dynein orientation. For the prepower stroke conformation, there were changes in the tail that is anchored on the A-tubule. We built models starting with available high-resolution structures to generate a best-fitting model structure for the in situ pre- and postpower stroke ODA conformations, thereby showing that ODA in a complex with Shulin adopts a similar conformation as the active prepower stroke ODA in the axoneme.
履歴
登録2022年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16312.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.49 Å/pix.
x 74 pix.
= 628.26 Å		8.49 Å/pix.
x 74 pix.
= 628.26 Å		8.49 Å/pix.
x 74 pix.
= 628.26 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.797381 - 1.2221855
平均 (標準偏差)0.014285774 (±0.1958702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ747474
Spacing747474
セルA=B=C: 628.26 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16312_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16312_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ outer dynein arm

全体名称: In situ outer dynein arm
要素
  • 細胞器官・細胞要素: In situ outer dynein arm
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, outer arm protein
    • タンパク質・ペプチド: Outer arm dynein beta heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Dynein intermediate chain 2
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain roadblock-type 2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain tctex-type 1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 2A
    • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 1
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 4A
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: In situ outer dynein arm

超分子名称: In situ outer dynein arm / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Dynein heavy chain, outer arm protein

分子名称: Dynein heavy chain, outer arm protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 534.400938 KDa
配列文字列: MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH ...文字列:
MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH SNKFSSEVRE AINLMSPGTE HFKLDYEAIS GLSESEKMQH YEMKFNEWIN LISSQLNDDS EVRKDEKDAG PA TELIYWR SRMQKITNWS EQLKSKDFQI VKASLQRHKN HDNQRPRGDE SLSKLMMEYN RLDLLLTDKL NEAKDNVKYL TTL EKFIEP LYNGTPQQII DTLPALMNAI KMIHTIARFY NTTDKMTGLF IKITNQMIKN CKDRILNKKD NGDNPSLYKM IWEQ DPAEL IEVLGSCIKL YCEYKKCYND TKEKVADMPK GKTFDFSDAQ IFGKFDTFVR RLQKLIEIFS NIQQFNALAK HNLEG MDVL TNKFKKIIDD FKKKGHNLLD TANNKFDRDW VEFNVEISHL DGELQNFIDN NFNRFRNIEY SLKLLHKFQS TIKRDS LKH NLTSRYNAIL HNYATELDTI QRVFQDQKSN PPLVRNMPPE AGKIIWARHL FQKITGPINI FPENVINSTE IRRYYGS YN TLGKQLTIYE MWFYQDWVNK IEQSKAALQA TLIVRHDENK KLYVNFDLEI MQLIREAKCL DRQGIEIPES ARIILLQE D KFKTYYNELL YALKEYERIN SKIKPICKNL LLPHIEDLDL KLRPGMVTLT WTSMNIESYL YYVHQGLKKL EQLIINVND IIENRIENNL KTVSKVVLVH LPQDTKPLSL DSFVQLQEEY INSKTDFLTS KNVEVERAVD DLLQTIMLYP LDPHVDPVLP EETKRIKRY YFWYFYQALL NSTQNSLNAM KYRVCGKKIP GANTLQNLKP FFQVEVQLNG DKVTLNPSLQ EIQKSINRAA T AVLRCSKH LYNWDQQNKD STDKATFYDM IACDKEIVKV ILLLTGSIQG TKNKVNEFLS GFTKFEWLCK ESIQESIKKF SK NGPTLQN YEDQLKKFSQ IEEEIEKIVP TYKIGAMELM THNICTSLST WAKEWKLQYS QDLHKRARQL LDSLTEQTKM LST KLSKPV KDIDSLGYVM ETLEQIRKEQ AEIDMKFNPV QEMYSLLDNY LPGGITDKDE MDARSLLRRN WDILIQQAEI KGKE YQHKQ AIYLKELKQS IKDFTNQVSI FRRDYEKNGP MVEGISPAEA MERLRRFEDE YDVKYQMYKI NARGENLFGL QNQKY PELE KTDAEIKNLN KLYNLYDSVI KNIQQFKEKS WQDVSKDDLA KMEEDAGKYG EQCSRLPKDL KEWQAYRDLK NYIDSL REQ LPLIISLKKP SIMPRHWEKI KEITNTKLNY ENPDQFYIEE IMGAKLLDFR EDIEDITESA DKQLKIRTGL DEINLYW ND MQFQFGIWGK RDVPCMLNGL IVGTILERLE EDQLQLSTFN SQRHVTPFKA EVENLIRTFS DVNDTLDMWV KVQKLWTS L EPVFTGGDIA RQMPLQAKQF QGIDKNWMKI MEKAVETKKV IPCCQNDMLK DFLPDLNRKL EDCQKMLEAY LEGKRKKFP RFYFVSNPTL LKILSQGSEP TSIQEDFEKL FDAITKVTFE SAKDKKNPAL KQITQIQQVI GRNEENISLT GYYVKCEGNI EDWLKKLEQ NMQQTLKDIA SAAAQQVFQV GLKEFVSSQA SQIALLGLQI LWTSKVNEGL ERLSRNERNA MDIKRNEIKE H MNILSSMC LEDLNGAVER TKVETLVTIQ VHQKDISMDL 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ELSRIFKGIL TCKKDTINDA PKS MKIKPE LFLVGLWRHE AERVLADKLV NNKDKDTVMG YIQEVSLESF SQIENEILEK YSSEKTFLFC DFLRPDVINE DGII EEEAP KIYEAIDSLT ELRKRCNFLL SFYNDRNPSK KMPLVLFDDA LKHLLRISRI IRQPRSSGLL VGVGGSGKQS LTRLA GFIG KNLIQQIIVT KTYSDKDLKE DIKKGFDDAG HLGKQVTFLM TDSEVKKEEF LEYINMVLST GEIPNLLAKD EREVWL GDI SQAYCKEKNL GNIDPPQSEL WTYFVDRVRD NFHIMLCFSP VGQKFRERAR KFPALFNECT IDWFLPWPEE ALVSVAE TF IKNFDKLDTK EETKQELMKH MGNVHLMVNE ICDEYYQKMR RQVYVTPKSF LSYLNSYKTL YIEKYDELDQ QEESFKIG L NKIQEATITI NQMEISLKEE EIQLNEATEK TNQLLANLDK ESKKANQKGE EVAATNKQCE IQAEQISKEK EEAERELEA ALPALRRAQE AVDSIESKDI VELKANKKPL DIIKYIMDAV LVFFKARLIP IQIEERVFNK KEGKAVLFLK ESYDESGIQT LGDMNFMKK LKEFEKDSIN EETIELLEPY LNQSEDWFND TFATKASKAA AGILKWAFAI YEYHQKSKIV KPKRIQVAIA E GRQAIALK ELEKAREDLA QIQAYIKNLK DVYTKQMEEK NELEMKAAKT KKKINTARTL ITSLSGEKDR WGKGAQDISD QK RKLVGNV SLSTAFISYC GPFNAEYRNK LAQQRFVVDM KKRGVPVTPG LELTSFLIDD ATIGEWNLQG LPKDDLSIQN GIM VTNSAR YPLFIDPQGQ GQNWIRNKLS ASIIPERCIT TLSHPKFKDM FLKYCMESGL TLIVENIENE VDPMMDPVLE RQII VKGKT QFVNVAGTEM ELSKEFKLFM TCRLANPSFS PELSAKTTII DFTVTQSGLE QQLLGKVISK EQKALEDSLN QLLAD VNQN QKDLQRLDKN LLERLINSQG NLLDDTELMD VLNNTKTQAK EVAAKLIDAE IKTKEINEKR EQYRPVAIRG SAIYFT MIE VSLVNWMYNS SLEQFLKLFI ESIDLSEKAQ LPSNRVKNII SFLTFHVYRY VNRGLFEKDK ITFILMMAFK ILTTAGT IS SGDVSLFLKS GDALDIKSER QKQISYLEDN QWLNILALSK HTFSGQTLPF FKELPDLISR SENQWRNWID KNDPENFP I PDFAESINQE KEIGSFISLC LVRSLRNDRT LIATQNFISN VLGKEFTDPI SYPIEGIWQE SSNMDPVLFL LSAGADPTS SIDELAKKKK KFPCEKVSMG EGQERVARQV IMKGFVEGGW VILQNCHLGL KFMEEIETLV SPINQIHEDF RLWITCEQHP KFPLGLLQK TLKVTNEPPK GLKAGLYKTF TTIITQEFID KVDHSNWRSL IFTICFLHSI VIERKKFGPL GWCVPYEYNY S DLEASLLY IEKYLTNLMS TPQPNSHNLP ISMNVVRYMI CEVQYGGRIT DDLDRELFIT YGETYLKDGI FGNDYFFYDI MV DGSGQKF KYRIPQNPSA ELIKYQEYIA KVPTVDNPEV FGLHSNADLT FRLKESKEMI NTVMETRPKD SSVGGGKTRE EIV QDKAKD MLKNLPPDYN DVEVRELVSK LGGPNPKTST ERGMTVPLNI FLYQEVTRMQ RVIGLVRKTL QDTILAIDGQ IIMT PEILE AINAIYDAKV PNSWLYDPSG AEISWLLPNL GSWSTSLSDR NKQLNDWLRS GQRPILFWLT GFFNPQGFLT GMKQE VTRN HKKKDGKGGE AWSLDDVVYS TTVKEREKEK DIEQPPAEGV YIKGLYLEGC KWSKNGLDDS DPKKIFADLP ILHVSA INK KKTNEQDRMS NTYLCPVYKY PKRTDKYLIF RVGLPCEGSN NPSHWKLRGV ALLCSTE

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分子 #2: Outer arm dynein beta heavy chain

分子名称: Outer arm dynein beta heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 530.182375 KDa
配列文字列: MGDHSQKDSP EDFIINRLSQ ALGIQKEKIK KSLETQQDDK GEVTNKDEFQ GFIQQDNSTN ILWVSGQSEK CTFYYGQLPP IDKFKKKGI AVIKLGLHKL TNENVAKDVV VVEITNNLLE HLNSVFNEIM SPVMQNPLNQ QGWTDLVAKD LMEKFNNYVA Q VYVLLGQI ...文字列:
MGDHSQKDSP EDFIINRLSQ ALGIQKEKIK KSLETQQDDK GEVTNKDEFQ GFIQQDNSTN ILWVSGQSEK CTFYYGQLPP IDKFKKKGI AVIKLGLHKL TNENVAKDVV VVEITNNLLE HLNSVFNEIM SPVMQNPLNQ QGWTDLVAKD LMEKFNNYVA Q VYVLLGQI KGKTMLPLPS HKLTSSDTTP DKDKAHVFEG SIITWTKQIK NVLKLEPEQL LKYGNDPGPL AEIEFWQNKR DN LNLIDSQ LKSVEVQNIL HFLDNNKSTY TTPFTKLQAE VKKARLEANE NYRYLFTLKD LFSKLQESQP SDFPTLYELF IPI MHTILL IYNKSKTYNQ PPRLVVLIRE ICNAIISNAQ AFVDKDTIFS LIDSKETTEA CDKLQVTLDV CSKFKDAYFE YKAK AGGNW KLTSNALFVR LDSFLERCQD ILHLTNTIVQ FNKLEKIELG GTKGKTLTES IAQIFKEFEE AVQAFTSVSY DIMNI AEKK FDDDFYEFRS KIKELERRLA SVITQGFDDY DTIYGRFKLL DNFEGLLTRP IIADELEKKH IVLLEMYKQD LKQVQS IFL EGKQFVDSMH ENAPLFLNMP PIAGALTWCK SLRDRIQEPI EKLAQLGQGI TEREEYKDVQ KLYTSITKSI KDYEDQK IL SWEKEVEDSS QDKLKQTLLC KDENDLIKVN FDPSLVRLLK EVKYFLLLRL EVPTTAKDIY TKAETYRTQI VALDMIVD N YNHIKTCLLP VEEPLVKKKI QDMEEEVKPG IEEIRWKSTN IDQFISKSKS IVDQLFETVN KMKDSLQKIH KSLANFNVK IIERKNRPMS PDDYDQFLKA IFSNKLTIVK DNGNQIQKLV KEVLDAVKAD KKQNSWKNYN DYVNVIVIEG ISTAIQTALL HLNEQINPV FIKRNDISPL FDIRLELGQS GIQFDPEIGE SSNQLTVRNT IRNWINDFFN IAGTIQRLDT TMPGDFLQEI R SFFEIKQC LAMITQNLEW IENECNQFRA RFDTYSYLWT EDEQISFNRF LDENEPKDED GKGGDDDEGE NTEKQNPLLK GC RAKIPNL DLFDEKITHL KAIQQEISRI KTPEDISWLR INLQPMKTAL DARVTRWIRV YTDFLVNQFR TTQKNLLDFI EKT KDGIKK NPADHENLHD KKLLMSVMKV ISDVKDVEPR REGIITRMKE MVTKLKKHNV PITEKGTDDP LQQIDNANSN FIEI YGRVF KVKADIIPLQ AEETQNIKRD LDIFMKEVES FRKEFMQKLP FDYTESMGYE NINNAYDTIM VYYHKLTAIE GRALE YNNL EKLFELQKSN YKQLKDCMND LKNLKTMWDA IALIHFQYND WKTKPWRQIK ADILLDTNKT LGTQIKNLPK EIRNFK GYN VIVEKVKNMG TVLPLVSALH SEFMEDRHWS QLKQITGTVF DHNSLSFYFE DILALNLYKY ENTVNEIVDV AQKEAKI EK KLKNIEQWWS KQVFEFTEYK ETKTFASLDN MMEVLDQHSL DLMGMKSQGK YVEFFYDRVE DWREKLGRVD VVVNEWLK V QKNWKILYNI FLLSEDIRMQ LPEDTKVFEG VDKEFKDMMS EVSANPSVVE ACTIERRDVL VGWSQAIKKC EKALNDYLE QKKKSFPRFY FLSNQSLLTI LSNGQNAPKV CEYLGDCFDG LKTLTFEPPA NPAETSKVGI GMISKDDEKV PFSSKFICEG AVEHWLLNL EFRMRETLQE ILEGAKNTAD LWDSGDKPRE EWVEGYNAQI ALLTTTIVWT EDVGRAFEDL AGGSETAMKE C QKLIEVRL ENLIKKVRGD LHILERWKII NIITIDVHSR DVVEKFVIQK VSEAESFAWL SQLKFYWENK PDSDMHLRQT LR FPWEKDK NKNKCIIRIV DWFRFYSYEY IGNAIRLVIT PLTDRCYITL TQALNLTMGG APAGPAGTGK TETTKDLGRA IGI PVMVFN CSDQMNKDSM AQIFMGLSQS GAWGCFDEFN RISIEVLSVV STQVKCVLDA LKEKKTKFSF VEEGEIQLQD TVGF FITMN PGYAGRTELP ENLKALFRSC AMVVPDLALI CENMLMSEGF TMARVLSRKF VSLYMLSREL LSKQKHYDWG LRAVK SVLR QAGKLKRGDP DMPEDPLLMR ALRDFNMPKI VTDDKVIFRR LIGDLFPKLD PPTKQNPELK KIVQDTTKKD MGLVAE ELF VTKVVQLAEI LEVRHCCFVI GPPGSGKTCV WKTLIKSYIN SGEDAEYDTL NPKAVTSDEL FGAYTKTKEW KNGVIAV IM KNQVKNEEKY KATHMHKWSV LDGDIDPEWI ESLNTVMDDN KVLTLVSNDR IFLTPQMRLI FEISNLRNAT PATVSRAG V LFINETDIGW MPYMNSWLER SQINILKQQK EMANMPEYPV IDDVAKSVFY RCFQSYFEQN IDVHDKNRVR HICPMVDIA MIQTICTILD ALLIQHLPKL KQMKEEDEKQ ALEAFFIFAG LWAIGGPVGG GQDDSKDMKE FNTVWKGAAK VKFPEQGLCY DYYYDINEN KWNTWKVEDY LPNDQPLFSK IYVATIHTTR LRYMIDIHLQ RRKPILFIGS AGTGKTAVVR DYLNSTRPEQ V SHKTINFS SFTDSLALQK NIESMVEKKN GRNYGSATNK VLICFIDDFN MPYVDKYGTQ SPIQLLRLIL DYGSIFNREQ LE ERKFLQD LLFFGCLNQK SGSFTVDLRL QRNFSVFSMY TPSSDVIKTI FGSILNAHLS TIDDKAQKMA FKLVEATYFT FDK ILKNTT AFAPSAKRFH YQFNFRELAR VCEGICRTTP GQYSGGDQGK LVRLWAHEMK RTFEDRFIAN EHVEFFRRYL TEAI SKCIG EFPETENPIA EPLIFTGFVA AHQGLDQQYT QCTIPVLKRV LDDKLEEYNE VKAQMNLVLF QQAMEHVSRI CRILD MPGN NALLVGVGGS GKQSLCRLST FINGFEIDQL VVTASFTIND LRNNLQEIYK KIAKPNSIAR VFMITDSQIK EEQFLI PIN DMLNSGWIFD LFPKEDMDSL VSGVRNEAKG EGVDVNNLTA LTSYFLDKIR KNLKVVLCFS PVGDTMRIRS RKFPGII NN TSIDWFHPWP HEALIDVAFR FLEEIEFPTE EIRQSISLNM AKVHSSIDTA NEKFLKLERR YNYTTPKSFL ELIDFYKK L LTEKRETIQR QIQRYEMGLN ILAETQNKVQ GLQEELKVKM VEVNKQREET DILIEKVGKE SALAEEEQTI ANAEEEKTN VAAAEAEKIS KEATEALAEA LPALRSAEAA VDCLKKPHVT EMKNLGSPPA GVIVTARVVL ILFNQGITLN DPDEKVWKKA VTFMNNPQA FIDKVKSFDG ENIEPNIIEQ SNKIIQDPSK KFNEKDMAGQ SYAASKLCAW AVNIVTFNKI FKQVKPLQDA Q KQANEILE EKKKELAIVK QRVAELNARV NSLKRQLEEA EARKMIVEQD AARCQSRLSA AENLVNGLAG ENKRWTQNVK FL KENIKSM IGDSLLASAF VSYIGAFSAK LRLELWKNTW LPDIIEKGIP ITEGIEPLKI LTTEAIKSKW KNEGLPADPM SLE NAAIIT ACARWPLIID PQLQGSTWIR GKQGENLTTI SLSQPKWLGA LTSSISSGRA VLIEGIQQEI DATLDPLLQR 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+
分子 #3: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protei...

分子名称: Dynein-1-alpha heavy chain, flagellar inner arm I1 complex protein, putative
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 475.554406 KDa
配列文字列: MPQPLVWTQL KQTGTTQPTA RSGHTIITVG KTHIMFGGLD NDKNNYKDGK IAPNNQVFTL KLTQNNCEWR QIACQGDVPL PRCYHASCA ISADKMLVFG GSYTSNLRFN DTYILKTTSY QWSKPANQIS GGEPKNAESK IGAPQPRYGH SATFFEGKVY I FGGHGGIN ...文字列:
MPQPLVWTQL KQTGTTQPTA RSGHTIITVG KTHIMFGGLD NDKNNYKDGK IAPNNQVFTL KLTQNNCEWR QIACQGDVPL PRCYHASCA ISADKMLVFG GSYTSNLRFN DTYILKTTSY QWSKPANQIS GGEPKNAESK IGAPQPRYGH SATFFEGKVY I FGGHGGIN YQRLAFNDLY VLETENFEWT RLEPKGNPPD PRGGHSAAMM ANKPQLMIFG GWSFTSQYSN IMIYDIEKDE WV DPEIAHE IPKWNLSGIM APSIPSWKYF IFGGSVGSFE EGGNRTNSRF VDDSFVLDID TLSWSSINLE ADETSKAVCK PRP RESASI FYDSGESRAI VFGGWANNWL NDLWALNVST ITGPPYAIFS IKPALGPLTG KTKVLIEGDG FKDTQNISVK FSGG KLEKE VNGTFVNEKE ISCETPTFDY PRSVEVTVCM NKGDYTITKS AFTYYLNTKA DKTIAYGPGL LTENLIGVQT TIVIQ ARNK NDQNRESGSD EFVVTIRNPA KIKKEEEVKE GDKANTKNTI KEDEEEEGED EEENKKKKEA EKAAAEKAAA EKAAEE EQG EAVDPSLVPF NIVDNDDGSY FIQFTSEEEA VLEIDIKFKD ENNELHSIRG NPFRCGFVKG SKPNNNDLTG SAVMNYI SK QLKDIQEFIE NTKENIEIRN KNIRENVSEL INVMINLEKV RVKNDDDVLT LDTVEEMLNF LKKKDFGKDS DIKKCKKL Q EEWKNLAKMA QAVKKDIQNP VKTESDKTKE NIKKFEEITL KEYANSLKKE SFFIYKTGVS ESFKRIGEVK QKVDEFEVQ LNQYEDFARM FEFPDAVIGS KKLMEQIRTD VSSVEKLWVR IEISEKTMDE YKKMKWGSIN SMDMEDEIKK LRKALTDLRG IDKRSNAFI GITEELKKWA TFLPLLGELK DPSMNSEDGR HWKKLKDLVK KEFDVSQELM LEIIWDLKLF DYKDGIEEIT D QAKQELKM EKALKKIIDF WRDIEFELVQ HKNTDIHTLK MSEENFETLE DHQLQINNML LSKYVAYFEK EVEKWKYDLG SV YDVVQLL LEVQKTWSFL ENLFIQSEEV KRELPNESAQ FVGIDKDMKE IMQKGCDIKN CLKFCTIEGM LKRLENIQAQ LKV CEKALN EFLDSKRRAF PRFYFVSVND LLDILSNGNS PAKINRHMSK IFQAIDNLQL KEDSSGGRPT ALKMISCVGT EEVD FSSPR LLQGKVESYL KDVIDTMIGT LKSVANSSFK NFQSMTRKEW LKSDPSQITL LVNNIIWSKA VEDCFLKLQS GDINA MKLF LDESIKQLTE LIGMVQGDLS KPLRQKIMCL ITIDTHSRDV VHRLINEHVR KAEEFQWQSQ LKFYWVDNDA KIKIAD ARF VYNYEYLGNG PRLVITPLTD RIYVTATQAL HLKMGCAPAG PAGTGKTETT KDLANALAKA CYVFNCSSEM NYESMGN IY KGLASSGCWG CFDEFNRLLP EVLSVCSVQF KAVTDAIKQN VERFIIEGDE ISLDPTCGVF ITMNPGYLGR AELPEGLK A LFRPITVVVP DLELICENML MAEGFIEAKI LAKKFVTLYM LCRDLLSKQL HYDWGLRAIK SVLVVAGGFK RSEPEIAEQ ALLMRALRDF NIPKIAFQDL YVFHGLLGDL FPGINIKPKK DLDFEKIITD VCIENKLDPD PEFVLKVVQL SELLAIRHCV FVMGPPGAG KSTTWKILAK AQDKTNKKTT LIDIDPKVVS TKDFYGYNLP SKEWKDGLFS KMLRSLAEQP DTNPKWICLD G DLDANWIE SMNSVMDDNK ILTLANNERI PLKPHMRALF EIRDLRFATP ATVSRAGILY ISDEVGYQWR SYVKSWIKQE FS QDQEMSK NLDTLFGKYV PDTLDHIKKH CRFLVPVSPI SQVISICKSL QTLLKGDVKN LEYLFVYALI WAIGGALAEK DSI DYRKDF STWWKGAWKT AVKFPSKGTI FDYYVDQSGD SSKFVEWSKR LENKEFDPQV ETMGNITVNT IETLATTEFI KSYL MVKHP SLLIGNSGCG KTQLAKGILK EIVQAKPENY AYQLINFNYY TDSTYLQGQI EQTLEKKAGR QYGPPGKVQL IYFID DLNM PQLDAYDTQT AIALLRQLAD YGHFYDVSKL ALKDIINTQV LAAMNPSAGS FFVNPRYQRH FWTISIPFPD NESLSL IYI TFLNGHLKRF KSTIQEYSNI IVRASLMLHQ AVTQNFRKTA INFHYEFNLR HMSNVFQGLL LSDPNKFTEP DKLIKLW IH ECERTYGDRL VSTDNLKTYK ENIFDIVKKS FSKFNFSRYF GNNPENLIYC NFIAGINSDR FYDQMPNNEM EKHISEAL K EYNDNNAFMG LVLFEDAMKH VCRICRIVLP SSGHALLVGV GGSGKQSLSK LASFIMGYTT FSITISATYS MVDLRNDLQ QLYFKCGPKE EGILFLFTEG QITNERFLVY INDLLSSGEI AELYTLDEKE AMINQVRAKV KGEGKPDTRE NCWNWFIDQV KKNLHMAIC FSPVGDMRRR ARQFPALVNC TVIDWFQPWP YEALFNVAKS FLEPVDLGDD KVREAVVKFM PFSFTLVNDL G LKLLEQER RYAYTTPKSF LELISLFTNM LAQKRESLER NKERYETGLV KLKETAEQVA IIEVEVKEKQ VEAEAKKKEA DA FAEVVGR EKDKVEKENS KATIEADKCG LIKQNVEAQK SSTQQDLDAA QPLVEQAKSA LNSISKKDFQ QAKSFASPPA GVP EVFAAT IYLLAGYFNE AIEIDKNKKP KDVSWKSSLK LMKSPEEFME KLLNFKDVVD ANQVPAANVN IVKNQYLNMP SFTP EQMAS KSAAAKGICS WVVNIVKYYD VIQDVEPKRK ALKEATEQLE EATVKLNEVE EVVRKLNEEL NKLKAENDKA IAERN AAIS EAERCARRLN LAQRLVTALS SENERWGKSI IQLEDQLKLM VGDVLVASSF VSYSGPFNKK FRNIMINQNF MKFMKE HTI PMSPDPNPIK ILTDESTIAL WNKQKLPSDS VSIENGTILT NSARYPLMID PQLQGITWIR EKEKANNLKI LRLGSKN IN RDLELSIENG YSAIIENMNE RIDAILMPII ARSFIKRGKN KIIKFAGKDL ILHPNFKLFL HTKLSNPHYP PEIQAEAA L INFTVTEAGL GDQLLSLVVA RERPDLAKMK IELITQQNDF KIKLKDLEDE LLYKLANAKG DILDDIELIE NLEYSKKLS VEIAEKVAAA KITEAKINET SENYRPAASR GALFYFLLSD LSKVHSFYKY SLESFIVVIN RAIDAISENK IYGKTTMVPY GDETYASNQ HEKEEEEEEE EHQQAQQQQN QEEQQEQKDE ENKGPVEEEQ PEGENKGPVE EEGAEGQNEG PVEEENAENQ E GEGEEEGE KQQKAKDSDE PMSPRSLKKR VDELIESLTY TAYQTTRRGL FESHKLIVAA MLCLRVLLRS EELNSDEVDH LI IGKVDVN PTPMPDALKS FLNDNIWAAC KALETIHQFQ GFCQSLETDV LQWKKWYSEE KAETADLPKA FKELSKFHRL LLL RALRPD RLPSALSQFV HDKMGERYIE QPPFNIFETF QETSKTVPIF FVLFPGVDPT PDVERVAATF DVSANNGRFI NISM GQGQE DRAKKALFDC AQKGHWIMLQ NVHLMQSWLY GLNGLEGFLE SVFASPKTHP NFRVFISSEP PNVLLPLMQI IPESI LQGS LKIANEAPQY LKANLRRAYN KFDQEFLDKC DKKPTEFKSC LFALCFFHSL MLGRKKFGTQ GWSRVYNFND GDLTIC ADV LYNYLSKYDQ VPWDDLRYIF GEIMYGGHIT DDWDRRTNRT YLKVLIRSEL LQQNFNLAPQ FKSPDPSKFD YEAYRKY IE EKLPIESPQM FGMHPNAEIG YLTQTCDQVF NTILEVQGGS SGGGASKKDD GVMVTLTDFK TRCPHDFNML LIEEKVKE K TPYIVVCLQE CERMNGLLKE IKTSLEDLRL GLTGALNMTD AMESLQQSLS FNKVPDTWEK KAYFSKKPLS SWFADLIER NIQLQEWCKE LVTPTSLCIS YLFNPMSYLT AIMQFTARAQ GLPLDGITIQ TNVTAMKGPE DVVNPAENGA YIHGLFLEGA AWEIGGQGQ DGYLIEQKPK ELHPKMPVIN AVAVPLDKKK KNGQYDCPTY VTSARGQTFV FTANLNMESD DSDPNKWILS G TCMLMSDD

+
分子 #4: Dynein intermediate chain 2

分子名称: Dynein intermediate chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 76.685891 KDa
配列文字列: MPPKQTKVVA SRKTVMPISR AGRAQIRRKD SNTQNNMNDQ GMEDEEIDQQ REGMKNQYEQ LTAQELNEDM PSKMLEPKNP QAPKNITVY DYYTRKFKTD ELVDQMIVHF SMDGDYIWKE SNEYKTQEEI RDTKKALIKE AMRKQESEEP GANHDEEAIK Q TLRNKFNY ...文字列:
MPPKQTKVVA SRKTVMPISR AGRAQIRRKD SNTQNNMNDQ GMEDEEIDQQ REGMKNQYEQ LTAQELNEDM PSKMLEPKNP QAPKNITVY DYYTRKFKTD ELVDQMIVHF SMDGDYIWKE SNEYKTQEEI RDTKKALIKE AMRKQESEEP GANHDEEAIK Q TLRNKFNY NTRECQTINP SIRERGVSTE PPPSDTICGN ITQWEIFDAY YAEIMKDHQI ENKKKKEVDQ DKKQDQSMYS TS FKRCCKI MERMVVQNDQ EDKYHDYRYY WSQGDNLEAG KNEGHLLPIW RFSNEKQRKK NVTSICWNPL YPDLFAVSLG SYD FTKQRM GLICLYSLKN TTHPEYAFNC EAGVMCLDFH PKSAALLAVG LYDGTVLVYD IRNKHKKPIY QSTVRNQKHT DPVW QVKWN PDTSKNYNFY SISSDGRVMN WILMKNKLEP EEVILLRLVG KNEEESTLIG LACGLCFDFN KFEPHIFLVG TEEGK IHKC SRAYSGQYQE TYNGHLLAVY KVKWNNFHPR TFISASADWT VRIWDSKYTS QIICFDLSMM VVDAVWAPYS STVFAC ATM DKVQVYDLNV DKLNKLAEQK IVKQPKLTNL SFNYKDPILL VGDSHGGVTL VKLSPNLCKS GPEIKQTEDK KAMEEFK NV KIEDYEREKM ENLLA

+
分子 #5: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative

分子名称: Flagellar outer dynein arm intermediate protein, putative
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 77.178062 KDa
配列文字列: MAEYFTYSKK RKEFNNPINF QDTETRYGGI QNQVVNINQY VQRNPNFIDL DNIAELSEHS VNTERVKTGD RGMSHKEGGW PGNVDPNEA QETGRFKKRI EKDTSFPQAV KDLKEGVEKC IYQNNQIDLL EEYFEGETSE HVVENLSSKT LMLFKDEKEI C KRSVSEIS ...文字列:
MAEYFTYSKK RKEFNNPINF QDTETRYGGI QNQVVNINQY VQRNPNFIDL DNIAELSEHS VNTERVKTGD RGMSHKEGGW PGNVDPNEA QETGRFKKRI EKDTSFPQAV KDLKEGVEKC IYQNNQIDLL EEYFEGETSE HVVENLSSKT LMLFKDEKEI C KRSVSEIS WHPEGPTKVA VSYAIMRFQQ MPEKMPTQAY VWDLLNPNSP EIKLMSPSAV TNISYNQKIP DQIGGGCYNG LL AVWDGRK GENPIMISPV ENSHYEPVTH FHWLMSKTGS ECVTTSTDGK VMWWDTRKFE AGPVEKLNII EGLGENEEII GGT ALEYNV EAGPSKFLIG TESGSILTAN KKLKKPVEIT TRYGLDQGRH LGPVYSINRS NQNPKYFLSV GDWSCKIWVE DLKT PIIRT KYHGSYLSDG CWSPTRSGAF FLVRRDGWMD VWDYYYRQNE IAFSHKVSDS PLTCIKINQT GGAYHNSGKL CAIGD QDGT VTILELCDSL YTMQPKEKDI INEMFEREYR KEKNLETIKK QQELAKRQVQ KDMGSQKEKW EKKKLEMIET AEASFH ENL AKNPVNEEEF NELDSPSEKR KKTNQNQGRE QEEQSREEQE ASGNFNQQQQ QQQEEEQQQE GEQQHHQNQE HQNGQGH EN GQEEGEENGE EGNQQENEGQ EENEQQQE

+
分子 #6: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

分子名称: Dynein light chain roadblock-type 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 14.751817 KDa
配列文字列:
MAQDINADDQ LKQLSALEGA NGYVIFNESG IPLKRHEKSI SHEKAVHIAA LVSDLWNVSK KVIQRDLKTP ENDIEVIRLR TKHSYEYII TQSGDFTMLA IQLCGKAIEE AKKAAAAAAA AAVVQEENKE KEKK

+
分子 #7: Dynein light chain roadblock-type 2 protein

分子名称: Dynein light chain roadblock-type 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 18.490188 KDa
配列文字列:
MIYKTSKEIQ KSDQRIIQQR VENSIINNQI YQKSLKRKTS KRKVRHQANK KNFQKEMSEV EDTLNRIKTH KTVLGYLIVN SEGGVVRGA FKDEEESKNI ANSIPLLTKK ARSVVRDLDP TNDLVFLRIQ TKLNEIMVAP DDEFSLIVIQ TKGEKRDEND

+
分子 #8: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 10.780357 KDa
配列文字列:
MSHLDKVQPV IKNSDMSVEM QKEVEEVAKK AIDYCNTDKE IATFIKDDFR SRYHGTWHCI VGRNFGSFVT FERSYYIYLY VGQLAILLF KTG

+
分子 #9: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 12.348086 KDa
配列文字列:
MEQEKAVTDM DINELRKLMI GKAIINSSDM QGDLLQEAQD VIQSGIENNS APVLNIEAAC KYIKENLDKK FGPTWQCIIG EGYAYDVTV QNNTLLFMFY NGNLAVLIFK S

+
分子 #10: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 11.435072 KDa
配列文字列:
QQYKTFMGAR VLWPPECADD ILEGAIRETQ DALKKFEIAR EGQKIAEHLK KYMDDHFDPY WHVFFGKNFG CQAVHNKNRF IYFYIEKTA FLMYQT

+
分子 #11: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 10.973408 KDa
配列文字列:
MGDHANEQII DMPENSEMKS MKNDAFSQAK FAVENYKFEN KISSHIKKFF DEKYGPNWHC VVGKHFNAYV SYDSKNFIFF YEGQLAILL YRKG

+
分子 #12: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 12.516457 KDa
配列文字列:
MSDSDSDEGR VVEEPLPPHI IRFNDMAQHL LKKVIRQADV LIKENPQGLE KDIALNLVKF VKSQPEFKIG DGEWQCIIGK NFGCSLTFD ANVLAFFDLL PSRKSILLFK SG

+
分子 #13: Dynein light chain

分子名称: Dynein light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 10.453167 KDa
配列文字列:
MNHEPEVKAT DMEEDMIKRV KEIAINAVKE YKQEKQIAHY IKYEFDKIDG YGWNCIVGRN FGSHIIHQTK KYIFFKINEL CLLLWKA

+
分子 #14: Dynein light chain tctex-type 1 protein

分子名称: Dynein light chain tctex-type 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 13.202817 KDa
配列文字列:
MGDTDKEYIS EEVQKAIDDS VKQVFGIKDD SSQVTITYNK DKVNLWTQQI IDYTIRGLNK LGKHFKYCVT AILQQTNHAG ISVQITAYQ DTNTDGSLIQ CYEINDIYAI VSVFAMAV

+
分子 #15: Dynein light chain 2A

分子名称: Dynein light chain 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 15.60812 KDa
配列文字列:
MKGTYLYLNI YKRKREASLI TLNYIKNRFY PSKIQKIIKE LFEDRLKGVE YDPNNANQLS ERLVLELREK IKRGKVPRYK IGVQVVFGE IKGQGLRIAS KCLWDVQNDN YASYTYTSEK VYCTGIVFGC YFE

+
分子 #16: Thioredoxin

分子名称: Thioredoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 14.256472 KDa
配列文字列:
MSKKQKKEIT TTVTSEDHFM TFYNENNKKL IVVDVYPGWS GPCTAMYPTY NQLMISIDDF EKRIDILLLD QDKLVTYKND KFHATCQPK FLFISEGKII DEVLGTNIPV FIEKVNKYIP LSY

+
分子 #17: Dynein light chain 1

分子名称: Dynein light chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 22.851654 KDa
配列文字列: MSKGTTCQKA IVNWEAANPG KNPSEAEEIK LIFQIPPIEK MDGPVLNTLT KCKKLSLSSN SIDKMISLNM LRNLEILSLS RNVIKKISG LEDIGGTLRQ LWLSYNFIEK LDGLNNCSVL QTLYIGNNRI KNWEELDKLK DLPELENVLF YGNPIYEQVK E DPKLIVLK ...文字列:
MSKGTTCQKA IVNWEAANPG KNPSEAEEIK LIFQIPPIEK MDGPVLNTLT KCKKLSLSSN SIDKMISLNM LRNLEILSLS RNVIKKISG LEDIGGTLRQ LWLSYNFIEK LDGLNNCSVL QTLYIGNNRI KNWEELDKLK DLPELENVLF YGNPIYEQVK E DPKLIVLK KLPTLKNVDG YIIDDSVLEK VKQIADIPIS AKQL

+
分子 #18: Dynein light chain 4A

分子名称: Dynein light chain 4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 17.822795 KDa
配列文字列:
MASEVMNLSE EDIQFCQKAF SDYDEDGLGA IKVSDLKLAL ENIGCSLSEN DLFKMISEVD EKNTGLIKFS DFLNIYYKQK YANLGDDDQ DLVDAFVAMG GNADTTGSVD ANRLIQIVKE EFEMTIDIVG LIREIDKDGS GEIEYEEFKL LLKSGFANEG N

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #20: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 9 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2131
抽出トモグラム数: 8 / 使用した粒子像数: 3167
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8bx8:
In situ outer dynein arm from Chlamydomonas reinhardtii in the post-power stroke state

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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