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- EMDB-16307: Subtomogram average of an intracellular microtubule filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16307
タイトルSubtomogram average of an intracellular microtubule filament
マップデータSubtomogram average of an intracellular microtubule filament
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule
キーワードMicrotubule / Cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Sharp TH / Last MGF
資金援助European Union, オランダ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)759517European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.KLEIN.291 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)VI.Vidi.193.014 オランダ
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Selecting optimal support grids for super-resolution cryogenic correlated light and electron microscopy.
著者: Mart G F Last / Maarten W Tuijtel / Lenard M Voortman / Thomas H Sharp /
要旨: Cryogenic transmission electron microscopy (cryo-TEM) and super-resolution fluorescence microscopy are two popular and ever improving methods for high-resolution imaging of biological samples. In ...Cryogenic transmission electron microscopy (cryo-TEM) and super-resolution fluorescence microscopy are two popular and ever improving methods for high-resolution imaging of biological samples. In recent years, the combination of these two techniques into one correlated workflow has gained attention as a promising route towards contextualizing and enriching cryo-TEM imagery. A problem that is often encountered in the combination of these methods is that of light-induced damage to the sample during fluorescence imaging that renders the sample structure unsuitable for TEM imaging. In this paper, we describe how absorption of light by TEM sample support grids leads to sample damage, and we systematically explore the importance of parameters of grid design. We explain how, by changing the grid geometry and materials, one can increase the maximum illumination power density in fluorescence microscopy by up to an order of magnitude. Finally, we demonstrate the significant improvements in super-resolution image quality that are enabled by the selection of support grids that are optimally suited for correlated cryo-microscopy.
#1: ジャーナル: Selecting optimal support grids for super-resolution cryogenic correlated light and electron microscopy
年: 2022
タイトル: Selecting optimal support grids for super-resolution cryogenic correlated light and electron microscopy
著者: Sharp TH / Last MGF / Voortman LM / Tuijtel MW
履歴
登録2022年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of an intracellular microtubule filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.75 Å/pix.
x 180 pix.
= 495. Å		2.75 Å/pix.
x 180 pix.
= 495. Å		2.75 Å/pix.
x 180 pix.
= 495. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.960396 - 5.9285374
平均 (標準偏差)-0.0021971029 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-90
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 495.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16307_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of a subtomogram average of an...

ファイルemd_16307_half_map_1.map
注釈Half map of a subtomogram average of an intracellular microtubule filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of a subtomogram average of an...

ファイルemd_16307_half_map_2.map
注釈Half map of a subtomogram average of an intracellular microtubule filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule

全体名称: Microtubule
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule

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超分子 #1: Microtubule

超分子名称: Microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Intracellular cytoskeletal filmanent composed of alpha and beta tubulin
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: U2OS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Filaments were picked from inside vitrified cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3 / 平均露光時間: 0.35 sec. / 平均電子線量: 1.62 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.6923 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 1120
抽出トモグラム数: 7 / 使用した粒子像数: 1599 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: 24 MT filaments were picked manually. Particles were picked along the filaments automatically.
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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