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万見
- EMDB-16300: Subtomogram average of double-stranded RNA of chikungunya virus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16300
タイトルSubtomogram average of double-stranded RNA of chikungunya virus spherules, class 3
マップデータSubtomogram average of double-stranded RNA of chikungunya virus spherules, class 3
試料
  • 複合体: dsRNA of chikungunya spherule
キーワードvirus / alphavirus / chikungunya / RNA
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 57.47 Å
データ登録者Laurent T / Carlson LA
資金援助 フランス, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C フランス
Swedish Research Council2018-05851 スウェーデン
Swedish Research Council2021-01145 スウェーデン
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: The organization of double-stranded RNA in the chikungunya virus replication organelle.
著者: Timothée Laurent / Lars-Anders Carlson /
要旨: Alphaviruses are mosquito-borne, positive-sense single-stranded RNA viruses. Amongst the alphaviruses, chikungunya virus is notable as a large source of human illness, especially in tropical and ...Alphaviruses are mosquito-borne, positive-sense single-stranded RNA viruses. Amongst the alphaviruses, chikungunya virus is notable as a large source of human illness, especially in tropical and subtropical regions. When they invade a cell, alphaviruses generate dedicated organelles for viral genome replication, so-called spherules. Spherules form as outward-facing buds at the plasma membrane, and it has recently been shown that the thin membrane neck that connects this membrane bud with the cytoplasm is guarded by a two-megadalton protein complex that contains all the enzymatic functions necessary for RNA replication. The lumen of the spherules contains a single copy of the negative-strand template RNA, present in a duplex with newly synthesized positive-sense RNA. Less is known about the organization of this double-stranded RNA as compared to the protein components of the spherule. Here, we analyzed cryo-electron tomograms of chikungunya virus spherules in terms of the organization of the double-stranded RNA replication intermediate. We find that the double-stranded RNA has a shortened apparent persistence length as compared to unconstrained double-stranded RNA. Around half of the genome is present in either of five conformations identified by subtomogram classification, each representing a relatively straight segment of ~25-32 nm. Finally, the RNA occupies the spherule lumen at a homogeneous density, but has a preferred orientation to be perpendicular to a vector pointing from the membrane neck towards the spherule center. Taken together, this analysis lays another piece of the puzzle of the highly coordinated alphavirus genome replication.
履歴
登録2022年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16300.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 489.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of double-stranded RNA of chikungunya virus spherules, class 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.58 Å/pix.
x 50 pix.
= 429. Å		8.58 Å/pix.
x 50 pix.
= 429. Å		8.58 Å/pix.
x 50 pix.
= 429. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.81
最小 - 最大-1.8279384 - 2.700182
平均 (標準偏差)0.0000041361222 (±0.29390293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-25-25-25
サイズ505050
Spacing505050
セルA=B=C: 429.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_16300_half_map_1.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map

ファイルemd_16300_half_map_2.map
注釈Half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dsRNA of chikungunya spherule

全体名称: dsRNA of chikungunya spherule
要素
  • 複合体: dsRNA of chikungunya spherule

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超分子 #1: dsRNA of chikungunya spherule

超分子名称: dsRNA of chikungunya spherule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 57.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 192
抽出トモグラム数: 2 / 使用した粒子像数: 905
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 150 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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