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- EMDB-16297: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16297
タイトルCryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (inward-facing conformation) - no nucleotides/substrates added
マップデータCryo EM map of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (inward-facing conformation) - no nucleotides/substrates added
    • タンパク質・ペプチド: Human ATP-binding cassette sub-family C member 4
キーワードABC transporter / ABCC4 / MRP4 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / platelet degranulation / prostaglandin transport / leukotriene transport / prostaglandin transmembrane transporter activity ...15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / platelet degranulation / prostaglandin transport / leukotriene transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / urate transport / glutathione transmembrane transporter activity / urate transmembrane transporter activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / xenobiotic transmembrane transport / prostaglandin secretion / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / ABC-type xenobiotic transporter / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / Azathioprine ADME / ABC-type xenobiotic transporter activity / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / cilium assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Platelet degranulation / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ATP-binding cassette sub-family C member 4 / : / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Bloch MB / Pape TH / Raj I / Taylor NMI
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Other government デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic basis of substrate transport by the multidrug transporter MRP4.
著者: Magnus Bloch / Isha Raj / Tillmann Pape / Nicholas M I Taylor /
要旨: Multidrug resistance-associated protein 4 (MRP4) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter expressed at multiple tissue barriers where it actively extrudes a wide variety of drug compounds. ...Multidrug resistance-associated protein 4 (MRP4) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter expressed at multiple tissue barriers where it actively extrudes a wide variety of drug compounds. Overexpression of MRP4 provides resistance to clinically used antineoplastic agents, making it a highly attractive therapeutic target for countering multidrug resistance. Here, we report cryo-EM structures of multiple physiologically relevant states of lipid bilayer-embedded human MRP4, including complexes between MRP4 and two widely used chemotherapeutic agents and a complex between MRP4 and its native substrate. The structures display clear similarities and distinct differences in the coordination of these chemically diverse substrates and, in combination with functional and mutational analysis, reveal molecular details of the transport mechanism. Our study provides key insights into the unusually broad substrate specificity of MRP4 and constitutes an important contribution toward a general understanding of multidrug transporters.
履歴
登録2022年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo EM map of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.5594593 - 1.3843709
平均 (標準偏差)0.00041304075 (±0.045476552)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16297_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs

ファイルemd_16297_half_map_1.map
注釈Half map 1 of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs

ファイルemd_16297_half_map_2.map
注釈Half map 2 of wild type human MRP4 in minimal nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype huma...

全体名称: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (inward-facing conformation) - no nucleotides/substrates added
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (inward-facing conformation) - no nucleotides/substrates added
    • タンパク質・ペプチド: Human ATP-binding cassette sub-family C member 4

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超分子 #1: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype huma...

超分子名称: Cryo-EM structure of minimal nanodisc-reconstituted wildtype human MRP4 (inward-facing conformation) - no nucleotides/substrates added
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human ATP-binding cassette sub-family C member 4

分子名称: Human ATP-binding cassette sub-family C member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPVYQEVKP NPLQDANLCS RVFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGFWDKEVL RAENDAQKPS LTRAIIKCYW KSYLVLGIFT LIEESAKVIQ PIFLGKIINY F ENYDPMDS VALNTAYAYA TVLTFCTLIL AILHHLYFYH VQCAGMRLRV ...文字列:
MLPVYQEVKP NPLQDANLCS RVFFWWLNPL FKIGHKRRLE EDDMYSVLPE DRSQHLGEEL QGFWDKEVL RAENDAQKPS LTRAIIKCYW KSYLVLGIFT LIEESAKVIQ PIFLGKIINY F ENYDPMDS VALNTAYAYA TVLTFCTLIL AILHHLYFYH VQCAGMRLRV AMCHMIYRKA LR LSNMAMG KTTTGQIVNL LSNDVNKFDQ VTVFLHFLWA GPLQAIAVTA LLWMEIGISC LAG MAVLII LLPLQSCFGK LFSSLRSKTA TFTDARIRTM NEVITGIRII KMYAWEKSFS NLIT NLRKK EISKILRSSC LRGMNLASFF SASKIIVFVT FTTYVLLGSV ITASRVFVAV TLYGA VRLT VTLFFPSAIE RVSEAIVSIR RIQTFLLLDE ISQRNRQLPS DGKKMVHVQD FTAFWD KAS ETPTLQGLSF TVRPGELLAV VGPVGAGKSS LLSAVLGELA PSHGLVSVHG RIAYVSQ QP WVFSGTLRSN ILFGKKYEKE RYEKVIKACA LKKDLQLLED GDLTVIGDRG TTLSGGQK A RVNLARAVYQ DADIYLLDDP LSAVDAEVSR HLFELCICQI LHEKITILVT HQLQYLKAA SQILILKDGK MVQKGTYTEF LKSGIDFGSL LKKDNEESEQ PPVPGTPTLR NRTFSESSVW SQQSSRPSL KDGALESQDT ENVPVTLSEE NRSEGKVGFQ AYKNYFRAGA HWIVFIFLIL L NTAAQVAY VLQDWWLSYW ANKQSMLNVT VNGGGNVTEK LDLNWYLGIY SGLTVATVLF GI ARSLLVF YVLVNSSQTL HNKMFESILK APVLFFDRNP IGRILNRFSK DIGHLDDLLP LTF LDFIQT LLQVVGVVSV AVAVIPWIAI PLVPLGIIFI FLRRYFLETS RDVKRLESTT RSPV FSHLS SSLQGLWTIR AYKAEERCQE LFDAHQDLHS EAWFLFLTTS RWFAVRLDAI CAMFV IIVA FGSLILAKTL DAGQVGLALS YALTLMGMFQ WCVRQSAEVE NMMISVERVI EYTDLE KEA PWEYQKRPPP AWPHEGVIIF DNVNFMYSPG GPLVLKHLTA LIKSQEKVGI VGRTGAG KS SLISALFRLS EPEGKIWIDK ILTTEIGLHD LRKKMSIIPQ EPVLFTGTMR KNLDPFNE H TDEELWNALQ EVQLKETIED LPGKMDTELA ESGSNFSVGQ RQLVCLARAI LRKNQILII DEATANVDPR TDELIQKKIR EKFAHCTVLT IAHRLNTIID SDKIMVLDSG RLKEYDEPYV LLQNKESLF YKMVQQLGKA EAAALTETAK QVYFKRNYPH IGHTDHMVTN TSNGQPSTLT I FETAL

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 8513 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2349508
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2) / 使用した粒子像数: 175885
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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