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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Triangle 1 v1 for DNA ORIGAMI TRAPS FOR LARGE VIRUSES | |||||||||||||||
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![]() | DNA origami / high-order assemblies / antivirals / virus trapping / DNA | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||||||||
![]() | Monferrer A / Kohler F / Sigl C / Schachtner M / Peterhoff D / Asbach B / Wagner R / Dietz H | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA ORIGAMI TRAPS FOR LARGE VIRUSES 著者: Monferrer A / Kohler F / Sigl C / Schachtner M / Peterhoff D / Asbach B / Wagner R / Dietz H | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 23.4 MB 23.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 577 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 576.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16236_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16236_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : DNA Origami
全体 | 名称: DNA Origami |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA Origami
超分子 | 名称: DNA Origami / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: scaffold DNA single-strand
超分子 | 名称: scaffold DNA single-strand / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: 8064 bases |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: staple ssDNA oligonucleotides
超分子 | 名称: staple ssDNA oligonucleotides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: chemically synthesized |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |