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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16228 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / Translation / Giardia / Eukaryote / Eukaryotic / Macromolecule / tRNA | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Majumdar S / Emmerich AG / Sanyal S | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Insights into translocation mechanism and ribosome evolution from cryo-EM structures of translocation intermediates of Giardia intestinalis. 著者: Soneya Majumdar / Andrew Emmerich / Sascha Krakovka / Chandra Sekhar Mandava / Staffan G Svärd / Suparna Sanyal / 要旨: Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated ...Giardia intestinalis is a protozoan parasite that causes diarrhea in humans. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined high-resolution structures of six naturally populated translocation intermediates, from ribosomes isolated directly from actively growing Giardia cells. The highly compact and uniquely GC-rich Giardia ribosomes possess eukaryotic rRNAs and ribosomal proteins, but retain some bacterial features. The translocation intermediates, with naturally bound tRNAs and eukaryotic elongation factor 2 (eEF2), display characteristic ribosomal intersubunit rotation and small subunit's head swiveling-universal for translocation. In addition, we observe the eukaryote-specific 'subunit rolling' dynamics, albeit with limited features. Finally, the eEF2·GDP state features a uniquely positioned 'leaving phosphate (Pi)' that proposes hitherto unknown molecular events of Pi and eEF2 release from the ribosome at the final stage of translocation. In summary, our study elucidates the mechanism of translocation in the protists and illustrates evolution of the translation machinery from bacteria to eukaryotes from both the structural and mechanistic perspectives. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16228.map.gz | 446.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16228-v30.xml emd-16228.xml | 94.2 KB 94.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16228.png | 159.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16228.cif.gz | 17.1 KB | ||
その他 | emd_16228_half_map_1.map.gz emd_16228_half_map_2.map.gz | 385.6 MB 385.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16228 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) Half 1
ファイル | emd_16228_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) Half 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) Half 2
ファイル | emd_16228_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1) Half 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1)
+超分子 #1: Giardia Ribosome in PRE-T Hybrid State (D1)
+分子 #1: Ribosomal protein L2
+分子 #2: Ribosomal protein L3
+分子 #3: Ribosomal protein L4
+分子 #6: Ribosomal protein L5
+分子 #7: Ribosomal protein L39
+分子 #8: Ribosomal protein L7
+分子 #9: Ribosomal protein L7a
+分子 #10: Ribosomal protein L6
+分子 #11: Ribosomal protein L10
+分子 #12: Ribosomal protein L11
+分子 #13: Ribosomal protein L13
+分子 #14: Ribosomal protein L14
+分子 #15: Ribosomal protein L15
+分子 #16: Ribosomal protein L13a
+分子 #17: Ribosomal protein L17
+分子 #18: Ribosomal protein L18
+分子 #19: Ribosomal protein L19
+分子 #20: Ribosomal protein L18a
+分子 #21: Ribosomal protein L21
+分子 #22: Ribosomal protein L22e
+分子 #23: Ribosomal protein L23
+分子 #24: Ribosomal protein L24
+分子 #25: Ribosomal protein L23A
+分子 #26: Ribosomal protein L26
+分子 #27: Ribosomal protein L27
+分子 #28: Ribosomal protein L27a
+分子 #29: Ribosomal protein L29
+分子 #30: Ribosomal protein L30
+分子 #31: Ribosomal protein L31B
+分子 #32: Ribosomal protein L32
+分子 #33: Ribosomal protein L35a
+分子 #34: Ribosomal protein L34
+分子 #35: Ribosomal protein L29
+分子 #36: Ribosomal protein L36-1
+分子 #37: Ribosomal protein L37
+分子 #38: Ribosomal protein L38e
+分子 #39: Ribosomal protein L10a
+分子 #40: Ribosomal protein L41
+分子 #41: Ribosomal protein L44
+分子 #42: Ribosomal protein L37a
+分子 #43: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
+分子 #45: Ribosomal protein SA
+分子 #46: Ribosomal protein S2
+分子 #47: Ribosomal protein S3
+分子 #48: Ribosomal protein S3a
+分子 #49: Ribosomal protein S4
+分子 #50: Ribosomal protein S5
+分子 #51: Ribosomal protein S6
+分子 #52: Ribosomal protein S7
+分子 #53: Ribosomal protein S8
+分子 #54: Ribosomal protein S15A
+分子 #55: Ribosomal protein S9
+分子 #56: Ribosomal protein S10B
+分子 #57: Ribosomal protein S11
+分子 #58: Ribosomal protein S23
+分子 #59: Ribosomal protein S13
+分子 #60: Ribosomal protein S14
+分子 #61: Ribosomal protein S15
+分子 #62: Ribosomal protein S16
+分子 #63: Ribosomal protein S17
+分子 #64: Ribosomal protein S18
+分子 #65: Ribosomal protein S19e
+分子 #66: Ribosomal protein S20
+分子 #67: Ribosomal protein S21
+分子 #68: Ribosomal protein S24
+分子 #69: Ribosomal protein S25
+分子 #70: Ribosomal protein S26
+分子 #71: Ribosomal protein S27
+分子 #72: Ribosomal protein S28
+分子 #73: Ribosomal protein S29A
+分子 #74: Ribosomal protein S30
+分子 #4: 5.8S rRNA
+分子 #5: 5S rRNA
+分子 #44: Large Subunit rRNA
+分子 #75: Small Subunit rRNA
+分子 #76: tRNA
+分子 #77: tRNA
+分子 #78: mRNA
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |