[日本語] English
万見
- EMDB-16187: Wild tye immature Gag Structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16187
タイトルWild tye immature Gag Structure
マップデータmerged map
試料
  • ウイルス: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードHIV-1 / Immature Gag / Wild type (野生型) / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Zhu Y / Chen L / Hardenbrook N / Zhang P
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The Effect of Inositol Hexakisphosphate on HIV-1 Particle Production and Infectivity can be Modulated by Mutations that Affect the Stability of the Immature Gag Lattice.
著者: Alex B Kleinpeter / Yanan Zhu / Donna L Mallery / Sherimay D Ablan / Long Chen / Nathan Hardenbrook / Adolfo Saiardi / Leo C James / Peijun Zhang / Eric O Freed /
要旨: The assembly of an HIV-1 particle begins with the construction of a spherical lattice composed of hexamer subunits of the Gag polyprotein. The cellular metabolite inositol hexakisphosphate (IP6) ...The assembly of an HIV-1 particle begins with the construction of a spherical lattice composed of hexamer subunits of the Gag polyprotein. The cellular metabolite inositol hexakisphosphate (IP6) binds and stabilizes the immature Gag lattice via an interaction with the six-helix bundle (6HB), a crucial structural feature of Gag hexamers that modulates both virus assembly and infectivity. The 6HB must be stable enough to promote immature Gag lattice formation, but also flexible enough to be accessible to the viral protease, which cleaves the 6HB during particle maturation. 6HB cleavage liberates the capsid (CA) domain of Gag from the adjacent spacer peptide 1 (SP1) and IP6 from its binding site. This pool of IP6 molecules then promotes the assembly of CA into the mature conical capsid that is required for infection. Depletion of IP6 in virus-producer cells results in severe defects in assembly and infectivity of wild-type (WT) virions. Here we show that in an SP1 double mutant (M4L/T8I) with a hyperstable 6HB, IP6 can block virion infectivity by preventing CA-SP1 processing. Thus, depletion of IP6 in virus-producer cells markedly increases M4L/T8I CA-SP1 processing and infectivity. We also show that the introduction of the M4L/T8I mutations partially rescues the assembly and infectivity defects induced by IP6 depletion on WT virions, likely by increasing the affinity of the immature lattice for limiting IP6. These findings reinforce the importance of the 6HB in virus assembly, maturation, and infection and highlight the ability of IP6 to modulate 6HB stability.
履歴
登録2022年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16187.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16187.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈merged map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 219 pix.
= 293.46 Å		1.34 Å/pix.
x 219 pix.
= 293.46 Å		1.34 Å/pix.
x 219 pix.
= 293.46 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.93
最小 - 最大-4.9944487 - 11.5662565
平均 (標準偏差)0.05650698 (±0.56058025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ219219219
Spacing219219219
セルA=B=C: 293.46002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_16187_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_16187_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HIV-1 06TG.HT008

全体名称: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
超分子 #1: HIV-1 06TG.HT008

超分子名称: HIV-1 06TG.HT008 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 587638 / 生物種: HIV-1 06TG.HT008 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

抽出トモグラム数: 41 / 使用した粒子像数: 114401
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 114401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る