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- EMDB-16179: Deconvolved dual-axis CSTET tomogram of a WI-38 fibroblast cell a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16179
タイトルDeconvolved dual-axis CSTET tomogram of a WI-38 fibroblast cell at 850 nm thick part
マップデータDeconvolved dual-axis CSTET tomogram of a WI38 fibroblast cell
試料
  • 細胞: WI-38 fibroblast
キーワードMitochondria-ER contact / whole cell tomography / UNKNOWN FUNCTION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kirchweger P / Mullick D / Elbaum M
資金援助 オーストリア, イスラエル, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundJ4449-B オーストリア
Israel Science Foundation1696/18 イスラエル
European Union (EU)IMpaCT (grant no.857203)European Union
European Research Council (ERC)101055413European Union
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Correlating cryo-super resolution radial fluctuations and dual-axis cryo-scanning transmission electron tomography to bridge the light-electron resolution gap.
著者: Peter Kirchweger / Debakshi Mullick / Prabhu Prasad Swain / Sharon G Wolf / Michael Elbaum /
要旨: Visualization of organelles and their interactions with other features in the native cell remains a challenge in modern biology. We have introduced cryo-scanning transmission electron tomography ...Visualization of organelles and their interactions with other features in the native cell remains a challenge in modern biology. We have introduced cryo-scanning transmission electron tomography (CSTET), which can access 3D volumes on the scale of 1 micron with a resolution of nanometers, making it ideal for this task. Here we introduce two relevant advances: (a) we demonstrate the utility of multi-color super-resolution radial fluctuation light microscopy under cryogenic conditions (cryo-SRRF), and (b) we extend the use of deconvolution processing for dual-axis CSTET data. We show that cryo-SRRF nanoscopy is able to reach resolutions in the range of 100 nm, using commonly available fluorophores and a conventional widefield microscope for cryo-correlative light-electron microscopy. Such resolution aids in precisely identifying regions of interest before tomographic acquisition and enhances precision in localizing features of interest within the 3D reconstruction. Dual-axis CSTET tilt series data and application of entropy regularized deconvolution during post-processing results in close-to-isotropic resolution in the reconstruction without averaging. The integration of cryo-SRRF with deconvolved dual-axis CSTET provides a versatile workflow for studying unique objects in a cell.
履歴
登録2022年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16179.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 788 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Deconvolved dual-axis CSTET tomogram of a WI38 fibroblast cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
40.84 Å/pix.
x 197 pix.
= 8045.48 Å		40.84 Å/pix.
x 1024 pix.
= 41820.16 Å		40.84 Å/pix.
x 1024 pix.
= 41820.16 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 40.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-19553.00800000000163 - 65358.5
平均 (標準偏差)64878.315999999998894 (±65.303985999999995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-137
サイズ10241024197
Spacing10241024197
セルA: 41820.16 Å / B: 41820.16 Å / C: 8045.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : WI-38 fibroblast

全体名称: WI-38 fibroblast
要素
  • 細胞: WI-38 fibroblast

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超分子 #1: WI-38 fibroblast

超分子名称: WI-38 fibroblast / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DMEM growth media
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Home made / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 1.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア:
名称詳細
IMOD (ver. 4.12.10)
PRIISM/IVE (ver. 4.7.2)Deconvolved using core2_decon

使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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