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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | FcMR binding at subunit Fcu1 of IgM pentamer | |||||||||||||||||||||
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![]() | IgM Fc receptor / IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() high-affinity IgM receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells / IgM binding / regulation of B cell receptor signaling pathway / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / cellular defense response / trans-Golgi network membrane / early endosome membrane ...high-affinity IgM receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells / IgM binding / regulation of B cell receptor signaling pathway / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / cellular defense response / trans-Golgi network membrane / early endosome membrane / lysosomal membrane / negative regulation of apoptotic process / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Chen Q / Rosenthal P / Tolar P | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Fc receptor recognition of immunoglobulin M. 著者: Qu Chen / Rajesh P Menon / Laura Masino / Pavel Tolar / Peter B Rosenthal / ![]() 要旨: Immunoglobulin Fc receptors are cell surface transmembrane proteins that bind to the Fc constant region of antibodies and play critical roles in regulating immune responses by activation of immune ...Immunoglobulin Fc receptors are cell surface transmembrane proteins that bind to the Fc constant region of antibodies and play critical roles in regulating immune responses by activation of immune cells, clearance of immune complexes and regulation of antibody production. FcμR is the immunoglobulin M (IgM) antibody isotype-specific Fc receptor involved in the survival and activation of B cells. Here we reveal eight binding sites for the human FcμR immunoglobulin domain on the IgM pentamer by cryogenic electron microscopy. One of the sites overlaps with the binding site for the polymeric immunoglobulin receptor (pIgR), but a different mode of FcμR binding explains its antibody isotype specificity. Variation in FcμR binding sites and their occupancy reflects the asymmetry of the IgM pentameric core and the versatility of FcμR binding. The complex explains engagement with polymeric serum IgM and the monomeric IgM B-cell receptor (BCR). | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 16.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 226.9 MB 226.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16151_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16151_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human FcMR/IgM-Fc complex
全体 | 名称: human FcMR/IgM-Fc complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human FcMR/IgM-Fc complex
超分子 | 名称: human FcMR/IgM-Fc complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Immunoglobulin heavy constant mu
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.343086 KDa |
配列 | 文字列: IAELPPKVSV FVPPRDGFFG NPRKSKLICQ ATGFSPRQIQ VSWLREGKQV GSGVTTDQVQ AEAKESGPTT YKVTSTLTIK ESDWLGQSM FTCRVDHRGL TFQQNASSMC VPDQDTAIRV FAIPPSFASI FLTKSTKLTC LVTDLTTYDS VTISWTRQNG E AVKTHTNI ...文字列: IAELPPKVSV FVPPRDGFFG NPRKSKLICQ ATGFSPRQIQ VSWLREGKQV GSGVTTDQVQ AEAKESGPTT YKVTSTLTIK ESDWLGQSM FTCRVDHRGL TFQQNASSMC VPDQDTAIRV FAIPPSFASI FLTKSTKLTC LVTDLTTYDS VTISWTRQNG E AVKTHTNI SESHPNATFS AVGEASICED DWNSGERFTC TVTHTDLPSP LKQTISRPKG VALHRPDVYL LPPAREQLNL RE SATITCL VTGFSPADVF VQWMQRGQPL SPEKYVTSAP MPEPQAPGRY FAHSILTVSE EEWNTGETYT CVVAHEALPN RVT ERTVDK STGKPTLYNV SLVMSDTAGT CY |
-分子 #2: Fas apoptotic inhibitory molecule 3
分子 | 名称: Fas apoptotic inhibitory molecule 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.020617 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RILPEVKVEG ELGGSVTIKC PLPEMHVRIY LCREMAGSGT CGTVVSTTNF IKAEYKGRVT LKQYPRKNLF LVEVTQLTES DSGVYACGA GMNTDRGKTQ KVTLNVHSEY EPSWEEQPMP ETPKWFHLPY LFQMPAYASS SKFVTRVTTP AQRGKVPPVH H SSPTTQIT ...文字列: RILPEVKVEG ELGGSVTIKC PLPEMHVRIY LCREMAGSGT CGTVVSTTNF IKAEYKGRVT LKQYPRKNLF LVEVTQLTES DSGVYACGA GMNTDRGKTQ KVTLNVHSEY EPSWEEQPMP ETPKWFHLPY LFQMPAYASS SKFVTRVTTP AQRGKVPPVH H SSPTTQIT HRPRVSRASS VAGDKPRTFL PSTTASKISA LEGLLKPQTP SYNHHTRLHR QRALDYGSQS GREGQG UniProtKB: Immunoglobulin mu Fc receptor |
-分子 #3: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.120586 KDa |
配列 | 文字列: MKNHLLFWGV LAVFIKAVHV KAQEDERIVL VDNKCKCARI TSRIIRSSED PNEDIVERNI RIIVPLNNRE NISDPTSPLR TRFVYHLSD LCKKCDPTEV ELDNQIVTAT QSNICDEDSA TETCYTYDRN KCYTAVVPLV YGGETKMVET ALTPDACYPD |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8bpf: |