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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomogram acquired on a cryo-FIB lamella of a retinal pigment epithelial (RPE1) cell | |||||||||
![]() | Reconstructed cryo-electron tomogram acquired on RPE1 cryo-FIB lamella | |||||||||
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![]() | Actin stress fiber / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Mahamid J / Goetz SK | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020 タイトル: Tailoring cryo-electron microscopy grids by photo-micropatterning for in-cell structural studies. 著者: Mauricio Toro-Nahuelpan / Ievgeniia Zagoriy / Fabrice Senger / Laurent Blanchoin / Manuel Théry / Julia Mahamid / ![]() ![]() 要旨: Spatially controlled cell adhesion on electron microscopy supports remains a bottleneck in specimen preparation for cellular cryo-electron tomography. Here, we describe contactless and mask-free ...Spatially controlled cell adhesion on electron microscopy supports remains a bottleneck in specimen preparation for cellular cryo-electron tomography. Here, we describe contactless and mask-free photo-micropatterning of electron microscopy grids for site-specific deposition of extracellular matrix-related proteins. We attained refined cell positioning for micromachining by cryo-focused ion beam milling. Complex micropatterns generated predictable intracellular organization, allowing direct correlation between cell architecture and in-cell three-dimensional structural characterization of the underlying molecular machinery. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 361.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 342.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 2 GB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 778.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 778.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstructed cryo-electron tomogram acquired on RPE1 cryo-FIB lamella | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.481 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : RPE1 cytosol with actin stress fiber
全体 | 名称: RPE1 cytosol with actin stress fiber |
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要素 |
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-超分子 #1: RPE1 cytosol with actin stress fiber
超分子 | 名称: RPE1 cytosol with actin stress fiber / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
Cryo protectant | None |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 120 / 集束イオンビーム - 温度: 88 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Thermo Fisher Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: ![]() |
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