EMDB-16133: Tomogram of a late endosome of A549 cell infected with influenza ...

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16133

• タイトル: Tomogram of a late endosome of A549 cell infected with influenza A virus (Figure 6O)

試料

• 細胞: A549 cell stably overexpressing IFITM3

• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
• データ登録者: Klein S / Chlanda P

資金援助

ドイツ, 1件

Organization	Grant number	国
German Research Foundation (DFG)	SFB1129	ドイツ

• 引用: ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023; タイトル: IFITM3 blocks influenza virus entry by sorting lipids and stabilizing hemifusion.; 著者: Steffen Klein / Gonen Golani / Fabio Lolicato / Carmen Lahr / Daniel Beyer / Alexia Herrmann / Moritz Wachsmuth-Melm / Nina Reddmann / Romy Brecht / Mehdi Hosseinzadeh / Androniki Kolovou / Jana Makroczyova / Sarah Peterl / Martin Schorb / Yannick Schwab / Britta Brügger / Walter Nickel / Ulrich S Schwarz / Petr Chlanda / ; 要旨: Interferon-induced transmembrane protein 3 (IFITM3) inhibits the entry of numerous viruses through undefined molecular mechanisms. IFITM3 localizes in the endosomal-lysosomal system and specifically affects virus fusion with target cell membranes. We found that IFITM3 induces local lipid sorting, resulting in an increased concentration of lipids disfavoring viral fusion at the hemifusion site. This increases the energy barrier for fusion pore formation and the hemifusion dwell time, promoting viral degradation in lysosomes. In situ cryo-electron tomography captured IFITM3-mediated arrest of influenza A virus membrane fusion. Observation of hemifusion diaphragms between viral particles and late endosomal membranes confirmed hemifusion stabilization as a molecular mechanism of IFITM3. The presence of the influenza fusion protein hemagglutinin in post-fusion conformation close to hemifusion sites further indicated that IFITM3 does not interfere with the viral fusion machinery. Collectively, these findings show that IFITM3 induces lipid sorting to stabilize hemifusion and prevent virus entry into target cells.

履歴

登録	2022年11月13日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年4月19日	-
マップ公開	2023年4月19日	-
更新	2023年4月26日	-
現状	2023年4月26日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_16133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 714.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 8.013 Å

密度

最小 - 最大	-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)	-1.6142397 (±16.064835)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin -278 278 -143 サイズ 1920 1364 286 Spacing 1364 1920 286
セル	A: 10929.731 Å / B: 15384.959 Å / C: 2291.7178 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

試料の構成要素

全体 : A549 cell stably overexpressing IFITM3

• 全体: 名称: A549 cell stably overexpressing IFITM3

要素

• 細胞: A549 cell stably overexpressing IFITM3

超分子 #1: A549 cell stably overexpressing IFITM3

• 超分子: 名称: A549 cell stably overexpressing IFITM3 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Homo sapiens (ヒト)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 電子線トモグラフィー法
• 試料の集合状態: cell

試料調製

• 緩衝液: pH: 7.4
• 凍結: 凍結剤: ETHANE
• 切片作成: 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 nA / 集束イオンビーム - 時間: 600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 6000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm; 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is ThermoFisher Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k); 平均電子線量: 3.0 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

画像解析

• 最終 再構成: ソフトウェア - 名称: SerialEM / 使用した粒子像数: 41