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- EMDB-16113: Cryo-EM structure of the CODV-IL13-RefAb triple complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16113
タイトルCryo-EM structure of the CODV-IL13-RefAb triple complex
マップデータPre-sharpened, unmasked map of CODV-IL13-RefAb after non-uniform refinement
試料
  • 複合体: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb
    • タンパク質・ペプチド: CODV-Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CODV-Fab, light chain
    • タンパク質・ペプチド: RefAb, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-13, human
    • タンパク質・ペプチド: RefAb, heavy chain
キーワードCytosolic / bispecific / Fab / therapeutical / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / cytokine receptor binding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Fernandez-Martinez D / Kandiah E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Other government2017/1309 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the bi-specific cross-over dual variable antibody architecture by cryo-EM.
著者: David Fernandez-Martinez / Mark D Tully / Gordon Leonard / Magali Mathieu / Eaazhisai Kandiah /
要旨: Multi-specific antibodies (msAbs) are being developed as next generation antibody-based therapeutics. Knowledge of the three-dimensional structures, in the full antibody context, of their fragment ...Multi-specific antibodies (msAbs) are being developed as next generation antibody-based therapeutics. Knowledge of the three-dimensional structures, in the full antibody context, of their fragment antigen-binding (Fab) moieties with or without bound antigens is key to elucidating their therapeutic efficiency and stability. However, the flexibility of msAbs, a feature essential for their multi specificity, has hindered efforts in this direction. Cross-Over Dual Variable immunoglobulin (CODV) is a promising bispecific antibody format, designed to simultaneously target the interleukins IL4 and IL13. In this work we present the biophysical and structural characterisation of a CODV:IL13 complex in the full antibody context, using cryo-electron microscopy at an overall resolution of 4.2 Å. Unlike the 1:2 stoichiometry previously observed for CODV:IL4, CODV:IL13 shows a 1:1 stoichiometry. As well as providing details of the IL13-CODV binding interface, including the residues involved in the epitope-paratope region, the structure of CODV:IL13 also validates the use of labelling antibody as a new strategy for the single particle cryo-EM study of msAbs in complex with one, or more, antigens. This strategy reduced the inherent flexibility of the IL13 binding domain of CODV without inducing either structural changes at the epitope level or steric hindrance between the IL4 and IL13 binding regions of CODV. The work presented here thus also contributes to the development of methodology for the structural study of msAbs, a promising platform for cancer immunotherapy.
履歴
登録2022年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pre-sharpened, unmasked map of CODV-IL13-RefAb after non-uniform refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.135
最小 - 最大-0.08114001 - 0.447086
平均 (標準偏差)0.0003670783 (±0.0123683335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16113_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Final sharpened and masked map of CODV-IL13-RefAb

ファイルemd_16113_additional_1.map
注釈Final sharpened and masked map of CODV-IL13-RefAb
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the pre-sharpened, unmasked map...

ファイルemd_16113_half_map_1.map
注釈Half map B of the pre-sharpened, unmasked map of CODV-IL13-RefAb during non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the pre-sharpened, unmasked map...

ファイルemd_16113_half_map_2.map
注釈Half map A of the pre-sharpened, unmasked map of CODV-IL13-RefAb during non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb

全体名称: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb
要素
  • 複合体: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb
    • タンパク質・ペプチド: CODV-Fab, heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CODV-Fab, light chain
    • タンパク質・ペプチド: RefAb, light chain
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-13, human
    • タンパク質・ペプチド: RefAb, heavy chain

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超分子 #1: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb

超分子名称: Ternary complex of CODV-Fab with IL13 and RefAb / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CODV-Fab, heavy chain

分子名称: CODV-Fab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.907098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYSFTS YWIHWIKQRP GQGLEWIGMI DPSDGETRLN QRFQGRATLT VDESTSTAYM QLRSPTSED SAVYYCTRLK EYGNYDSFYF DVWGAGTLVT VSSGEVQLKE SGPGLVAPGG SLSITCTVSG FSLTDSSINW V RQPPGKGL ...文字列:
VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYSFTS YWIHWIKQRP GQGLEWIGMI DPSDGETRLN QRFQGRATLT VDESTSTAYM QLRSPTSED SAVYYCTRLK EYGNYDSFYF DVWGAGTLVT VSSGEVQLKE SGPGLVAPGG SLSITCTVSG FSLTDSSINW V RQPPGKGL EWLGMIWGDG RIDYADALKS RLSISKDSSK SQVFLEMTSL RTDDTATYYC ARDGYFPYAM DFWGQGTSVT VS SGGASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLG TQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEP

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分子 #2: CODV-Fab, light chain

分子名称: CODV-Fab, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.726516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD SYGQSYMHWY QQKAGQPPKL LIYLASNLES GVPARFSGSG SRTDFTLTID PVQAEDAAT YYCQQNAEDS RTFGGGTKLE IKGGGGGGGD IQMTQSPASL SVSVGDTITL TCHASQNIDV WLSWFQQKPG N IPKLLIYK ...文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD SYGQSYMHWY QQKAGQPPKL LIYLASNLES GVPARFSGSG SRTDFTLTID PVQAEDAAT YYCQQNAEDS RTFGGGTKLE IKGGGGGGGD IQMTQSPASL SVSVGDTITL TCHASQNIDV WLSWFQQKPG N IPKLLIYK ASNLHTGVPS RFSGSGSGTG FTLTISSLQP EDIATYYCQQ AHSYPFTFGG GTKLEIKGGG GGRTVAAPSV FI FPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVT HQGLSS PVTKSFNR

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分子 #3: RefAb, light chain

分子名称: RefAb, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.51002 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: YVLTQPPSVS VAPGKTARIT CGGNIIGSKL VHWYQQKPGQ APVLVIYDDG DRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISRVEAGD EADYYCQVW DTGSDPVVFG GGTKLTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ ...文字列:
YVLTQPPSVS VAPGKTARIT CGGNIIGSKL VHWYQQKPGQ APVLVIYDDG DRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISRVEAGD EADYYCQVW DTGSDPVVFG GGTKLTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADSSPVKAG V ETTTPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTEC

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分子 #4: Interleukin-13, human

分子名称: Interleukin-13, human / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.077022 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PPSTALRELI EELVNITQNQ KAPLCNGSMV WSINLTAGMY CAALESLINV SGCSAIEKTQ RMLSGFCPHK VSAGQFSSLH VRDTKIEVA QFVKDLLLHL KKLFREGQFN

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分子 #5: RefAb, heavy chain

分子名称: RefAb, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.751457 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTFTN YGLSWVRQAP GQGLEWMGWI SANNGDTNYG QEFQGRVTMT TDTSTSTAYM ELRSLRSDD TAVYYCARDS SSSWARWFFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTFTN YGLSWVRQAP GQGLEWMGWI SANNGDTNYG QEFQGRVTMT TDTSTSTAYM ELRSLRSDD TAVYYCARDS SSSWARWFFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 218792
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8blq:
Cryo-EM structure of the CODV-IL13-RefAb triple complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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