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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16085 | |||||||||
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タイトル | Munc13-SNAP25 cryo-ET dataset, synapse tomo Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102) | |||||||||
マップデータ | Synapse Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Neuronal synapse / Presynaptic terminal / Tethering / SNARE complex / CELL ADHESION | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Papantoniou C / Lucic V | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Munc13- and SNAP25-dependent molecular bridges play a key role in synaptic vesicle priming. 著者: Christos Papantoniou / Ulrike Laugks / Julia Betzin / Cristina Capitanio / José Javier Ferrero / José Sánchez-Prieto / Susanne Schoch / Nils Brose / Wolfgang Baumeister / Benjamin H Cooper ...著者: Christos Papantoniou / Ulrike Laugks / Julia Betzin / Cristina Capitanio / José Javier Ferrero / José Sánchez-Prieto / Susanne Schoch / Nils Brose / Wolfgang Baumeister / Benjamin H Cooper / Cordelia Imig / Vladan Lučić / 要旨: Synaptic vesicle tethering, priming, and neurotransmitter release require a coordinated action of multiple protein complexes. While physiological experiments, interaction data, and structural studies ...Synaptic vesicle tethering, priming, and neurotransmitter release require a coordinated action of multiple protein complexes. While physiological experiments, interaction data, and structural studies of purified systems were essential for our understanding of the function of the individual complexes involved, they cannot resolve how the actions of individual complexes integrate. We used cryo-electron tomography to simultaneously image multiple presynaptic protein complexes and lipids at molecular resolution in their native composition, conformation, and environment. Our detailed morphological characterization suggests that sequential synaptic vesicle states precede neurotransmitter release, where Munc13-comprising bridges localize vesicles <10 nanometers and soluble -ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein 25-comprising bridges <5 nanometers from the plasma membrane, the latter constituting a molecularly primed state. Munc13 activation supports the transition to the primed state via vesicle bridges to plasma membrane (tethers), while protein kinase C promotes the same transition by reducing vesicle interlinking. These findings exemplify a cellular function performed by an extended assembly comprising multiple molecularly diverse complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16085.map.gz | 1.2 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16085-v30.xml emd-16085.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16085.png | 244.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16085 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16085_validation.pdf.gz | 552.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16085_full_validation.pdf.gz | 551.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16085_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16085_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16085 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16085 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Synapse Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 17.56 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Synaptosome
全体 | 名称: Synaptosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Synaptosome
超分子 | 名称: Synaptosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Central nervous system excitatiory synapse from a Munc13-1/2 double homozygous knockout mouse (Munc13 -/- -/-) |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57 B6/N / 器官: brain / 組織: hippocampus / Organelle: excitatory synapse |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 300.0 mM / 構成要素 - 式: HBM / 構成要素 - 名称: Hepes-buffered medium 詳細: 140 mM NaCl, 5 mM KCl, 5mM NaHCO3, 1.2 mM NaH2PO4-H2O, 1 mM MgCl26-H2O, 10 mM Glucose, 10 mM Hepes, 1.2 mM CaCl2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Portable manual plunger made at Max Planck Institute of Biochemistry. |
詳細 | Synaptosomal fraction (P2) was obtained from DIV 28-30 hippocampal organotypic slices. These hippocampal organotypic slices were obtained from E18 mice. |
Cryo protectant | None |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aurion / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
ソフトウェア | 名称: SerialEM |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 60 |
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