[日本語] English
万見
- EMDB-16085: Munc13-SNAP25 cryo-ET dataset, synapse tomo Munc13 DKO 102 (id: m... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16085
タイトルMunc13-SNAP25 cryo-ET dataset, synapse tomo Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102)
マップデータSynapse Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Synaptosome
キーワードNeuronal synapse / Presynaptic terminal / Tethering / SNARE complex / CELL ADHESION
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Papantoniou C / Lucic V
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)LU 1819/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Munc13- and SNAP25-dependent molecular bridges play a key role in synaptic vesicle priming.
著者: Christos Papantoniou / Ulrike Laugks / Julia Betzin / Cristina Capitanio / José Javier Ferrero / José Sánchez-Prieto / Susanne Schoch / Nils Brose / Wolfgang Baumeister / Benjamin H Cooper ...著者: Christos Papantoniou / Ulrike Laugks / Julia Betzin / Cristina Capitanio / José Javier Ferrero / José Sánchez-Prieto / Susanne Schoch / Nils Brose / Wolfgang Baumeister / Benjamin H Cooper / Cordelia Imig / Vladan Lučić /
要旨: Synaptic vesicle tethering, priming, and neurotransmitter release require a coordinated action of multiple protein complexes. While physiological experiments, interaction data, and structural studies ...Synaptic vesicle tethering, priming, and neurotransmitter release require a coordinated action of multiple protein complexes. While physiological experiments, interaction data, and structural studies of purified systems were essential for our understanding of the function of the individual complexes involved, they cannot resolve how the actions of individual complexes integrate. We used cryo-electron tomography to simultaneously image multiple presynaptic protein complexes and lipids at molecular resolution in their native composition, conformation, and environment. Our detailed morphological characterization suggests that sequential synaptic vesicle states precede neurotransmitter release, where Munc13-comprising bridges localize vesicles <10 nanometers and soluble -ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein 25-comprising bridges <5 nanometers from the plasma membrane, the latter constituting a molecularly primed state. Munc13 activation supports the transition to the primed state via vesicle bridges to plasma membrane (tethers), while protein kinase C promotes the same transition by reducing vesicle interlinking. These findings exemplify a cellular function performed by an extended assembly comprising multiple molecularly diverse complexes.
履歴
登録2022年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16085.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Synapse Munc13 DKO 102 (id: m13_dko_102)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.56 Å
密度
最小 - 最大-15000.019000000000233 - 15000.019000000000233
平均 (標準偏差)680.202300000000037 (±563.933300000000031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-46
サイズ928928400
Spacing928928400
セルA: 16295.68 Å / B: 16295.68 Å / C: 7024.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Synaptosome

全体名称: Synaptosome
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Synaptosome

-
超分子 #1: Synaptosome

超分子名称: Synaptosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Central nervous system excitatiory synapse from a Munc13-1/2 double homozygous knockout mouse (Munc13 -/- -/-)
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57 B6/N / 器官: brain / 組織: hippocampus / Organelle: excitatory synapse

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 300.0 mM / 構成要素 - 式: HBM / 構成要素 - 名称: Hepes-buffered medium
詳細: 140 mM NaCl, 5 mM KCl, 5mM NaHCO3, 1.2 mM NaH2PO4-H2O, 1 mM MgCl26-H2O, 10 mM Glucose, 10 mM Hepes, 1.2 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Portable manual plunger made at Max Planck Institute of Biochemistry.
詳細Synaptosomal fraction (P2) was obtained from DIV 28-30 hippocampal organotypic slices. These hippocampal organotypic slices were obtained from E18 mice.
Cryo protectantNone
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 60

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る