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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16076 | |||||||||
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タイトル | Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | origami / capsid / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumpula E-P / Seitz I / Kostiainen MA / Huiskonen JT | |||||||||
資金援助 | European Union, フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023 タイトル: DNA-origami-directed virus capsid polymorphism. 著者: Iris Seitz / Sharon Saarinen / Esa-Pekka Kumpula / Donna McNeale / Eduardo Anaya-Plaza / Vili Lampinen / Vesa P Hytönen / Frank Sainsbury / Jeroen J L M Cornelissen / Veikko Linko / Juha T ...著者: Iris Seitz / Sharon Saarinen / Esa-Pekka Kumpula / Donna McNeale / Eduardo Anaya-Plaza / Vili Lampinen / Vesa P Hytönen / Frank Sainsbury / Jeroen J L M Cornelissen / Veikko Linko / Juha T Huiskonen / Mauri A Kostiainen / 要旨: Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have ...Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have advantages in the development of new vaccines and delivery systems. However, current tools to direct the assembly process in a programmable manner are exceedingly elusive. Here we introduce a modular approach by demonstrating DNA-origami-directed polymorphism of single-protein subunit capsids. We achieve control over the capsid shape, size and topology by employing user-defined DNA origami nanostructures as binding and assembly platforms, which are efficiently encapsulated within the capsid. Furthermore, the obtained viral capsid coatings can shield the encapsulated DNA origami from degradation. Our approach is, moreover, not limited to a single type of capsomers and can also be applied to RNA-DNA origami structures to pave way for next-generation cargo protection and targeting strategies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16076.map.gz | 375.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16076-v30.xml emd-16076.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16076_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16076.png | 165.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16076_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16076.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_16076_half_map_1.map.gz emd_16076_half_map_2.map.gz | 475.6 MB 475.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16076 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16076_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16076_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16076_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
全体 | 名称: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
超分子 | 名称: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス) |
-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.336252 KDa |
配列 | 文字列: MSTVGTGKLT RAQRRAAARK NKRNTRVVQP VIVEPIASGQ GKAIKAWTGY SVSKWTASCA AAEAKVTSAI TISLPNELSS ERNKQLKVG RVLLWLGLLP SVSGTVKSCV TETQTTAAAS FQVALAVADN SKDVVAAMYP EAFKGITLEQ LAADLTIYLY S SAALTEGD ...文字列: MSTVGTGKLT RAQRRAAARK NKRNTRVVQP VIVEPIASGQ GKAIKAWTGY SVSKWTASCA AAEAKVTSAI TISLPNELSS ERNKQLKVG RVLLWLGLLP SVSGTVKSCV TETQTTAAAS FQVALAVADN SKDVVAAMYP EAFKGITLEQ LAADLTIYLY S SAALTEGD VIVHLEVEHV RPTFDDSFTP VY UniProtKB: Coat protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial model pdb:1cwp was first manually adjusted to density in ISOLDE and then refined in PHENIX |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-8bi4: |