EMDB-16056: Electron cryotomogram of septal region from FIB milled filament o...

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登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-16056

タイトル

Electron cryotomogram of septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN mutant

マップデータ

試料

複合体: The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN mutant

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Kieninger A / Tokarz P / Janovic A / Pilhofer M / Weiss G / Maldener I

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Subtomogram average of open state septal junctions from Nostoc PCC 7120
著者: Kieninger A / Tokarz P / Janovic A / Pilhofer M / Weiss G / Maldener I

履歴

登録	2022年10月31日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年11月23日	-
マップ公開	2022年11月23日	-
更新	2022年12月7日	-
現状	2022年12月7日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_16056.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_16056.map.gz	849.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-16056-v30.xml emd-16056.xml	8.6 KB 8.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_16056.png	225.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16056	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_16056_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_16056_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	emd_16056_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	emd_16056_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16056 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16056	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_16056.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 914.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 13.52 Å

密度

最小 - 最大	-183.93195 - 154.37904
平均 (標準偏差)	-5.8958216e-10 (±13.0436)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120...

全体	名称: The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN mutant
要素	複合体: The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN mutant

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超分子 #1: The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120...

超分子	名称: The septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN mutant タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

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試料調製

緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: BG11 broth
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細	Thin lamellae through plunge-frozen Nostoc filaments
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 3 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.058 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1500 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 nm / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 200 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.1 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用した粒子像数: 61

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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