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- EMDB-16053: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16053
タイトルSubtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant
キーワードCell-cell communication / Septal junctions / Filamentous cyanobacteria / Nostoc PCC 7120 / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 41.0 Å
データ登録者Kieninger A / Tokarz P / Janovic A / Pilhofer M / Weiss G / Maldener I
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)GRK1708 ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Other government
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: SepN is a septal junction component required for gated cell-cell communication in the filamentous cyanobacterium Nostoc.
著者: Ann-Katrin Kieninger / Piotr Tokarz / Ana Janović / Martin Pilhofer / Gregor L Weiss / Iris Maldener /
要旨: Multicellular organisms require controlled intercellular communication for their survival. Strains of the filamentous cyanobacterium Nostoc regulate cell-cell communication between sister cells via a ...Multicellular organisms require controlled intercellular communication for their survival. Strains of the filamentous cyanobacterium Nostoc regulate cell-cell communication between sister cells via a conformational change in septal junctions. These multi-protein cell junctions consist of a septum spanning tube with a membrane-embedded plug at both ends, and a cap covering the plug on the cytoplasmic side. The identities of septal junction components are unknown, with exception of the protein FraD. Here, we identify and characterize a FraD-interacting protein, SepN, as the second component of septal junctions in Nostoc. We use cryo-electron tomography of cryo-focused ion beam-thinned cyanobacterial filaments to show that septal junctions in a sepN mutant lack a plug module and display an aberrant cap. The sepN mutant exhibits highly reduced cell-cell communication rates, as shown by fluorescence recovery after photobleaching experiments. Furthermore, the mutant is unable to gate molecule exchange through septal junctions and displays reduced filament survival after stress. Our data demonstrate the importance of controlling molecular diffusion between cells to ensure the survival of a multicellular organism.
履歴
登録2022年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16053.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 333 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.52 Å/pix.
x 44 pix.
= 594.88 Å		13.52 Å/pix.
x 44 pix.
= 594.88 Å		13.52 Å/pix.
x 44 pix.
= 594.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-3.3169231 - 3.378061
平均 (標準偏差)0.0028940183 (±0.69066525)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ444444
Spacing444444
セルA=B=C: 594.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16053_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16053_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant

全体名称: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant
要素
  • 複合体: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant

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超分子 #1: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant

超分子名称: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: BG11 broth
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Thin lamellae through plunge-frozen Nostoc filaments

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 41.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 118
抽出トモグラム数: 22 / 使用した粒子像数: 418
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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