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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16032 | |||||||||
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タイトル | Structure of mouse heavy chain apoferritin solved by subtomogram averaging of 100 tilt series in Warp/M | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Apoferritin / Subtomogram averaging / STA / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Obr M / Yang W / Karia D / Koh FA / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of mouse heavy chain apoferritin solved by subtomogram averaging of 10 tilt series in Warp/M 著者: Obr M / Yang W / Karia D / Koh FA / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16032.map.gz | 23 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16032-v30.xml emd-16032.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16032_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16032.png | 154.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16032.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_16032_half_map_1.map.gz emd_16032_half_map_2.map.gz | 110.9 MB 110.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16032 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16032 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16032.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.729 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16032_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16032_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ferritin heavy chain
全体 | 名称: Ferritin heavy chain |
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要素 |
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-超分子 #1: Ferritin heavy chain
超分子 | 名称: Ferritin heavy chain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
詳細 | Tilt series acquired with Hagen scheme +-48 degrees with 3 increment |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 / 詳細: Imaged with TFS Selectris X and Falcon 4i |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |