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万見
- EMDB-16014: Subtomogram average of complete IFTB complex (before focussed ref... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16014
タイトルSubtomogram average of complete IFTB complex (before focussed refinements of IFTB1/2) for consensus map generation
マップデータ
試料
  • 複合体: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
キーワードCilia / IFT / Intraflagellar / transport / PROTEIN TRANSPORT
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.1 Å
データ登録者Lacey SE / Foster HE / Pigino G
資金援助European Union, イタリア, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Other government イタリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains.
著者: Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino /
要旨: Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly.
履歴
登録2022年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16014.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.7692622 - 1.2987226
平均 (標準偏差)0.000962352 (±0.05811611)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 848.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16014_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16014_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16014_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...

全体名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
要素
  • 複合体: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia

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超分子 #1: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...

超分子名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP (Tris-Acetate-Phosphate) Media
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Chlamydomonas reinhardtii cells applied to quantifoil grids and plunge frozen; cilia project out from cell bodies and traverse holes in the carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1.3), Warp) / 使用したサブトモグラム数: 18216
抽出トモグラム数: 600 / 使用した粒子像数: 18216
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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