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- EMDB-15980: IFTA complex in anterograde Intraflagellar transport trains (Chla... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15980
タイトルIFTA complex in anterograde Intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
マップデータ
試料
  • 複合体: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 121
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 139
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport particle protein 140
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 144
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
キーワードCilia / IFT / Intraflagellar / transport / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / ciliary plasm / non-motile cilium / motile cilium / axoneme / RNA processing / ciliary basal body / cilium
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / : / : / : / : / : / WDR19 second beta-propeller ...Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / : / : / : / : / : / WDR19 second beta-propeller / IFT140 first beta-propeller / IFT140 second beta-propeller / WDR19 first beta-propeller / WDR35 second beta-propeller / IF140 C-terminal TPR domain / WDR35/TULP4 N-terminal / Tetratricopeptide repeat / : / IFT121, second zinc finger domain / : / IFT80/172/WDR35/WDR19 TPR domain / : / IF140/IFT172 TPR domain / Intraflagellar transport protein 122 homolog / : / : / IFT122 second beta-propeller / IFT122 first beta-propeller / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 121 / Intraflagellar transport protein 139 / Intraflagellar transport protein 144 / Intraflagellar transport protein 122 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.7 Å
データ登録者Lacey SE / Foster HE / Pigino G
資金援助European Union, イタリア, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Other government イタリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains.
著者: Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino /
要旨: Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 727.2 Å		6.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 727.2 Å		6.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 727.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.2906342 - 2.1218252
平均 (標準偏差)-0.00015293066 (±0.09767275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 727.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15980_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focussed refinement on a single IFTA repeat. Resolution...

ファイルemd_15980_additional_1.map
注釈Focussed refinement on a single IFTA repeat. Resolution 18.6A, bfactor -2000.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focussed refinement on right half of a single...

ファイルemd_15980_additional_2.map
注釈Focussed refinement on right half of a single IFTA repeat. Resolution 19A, bfactor -2000.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Focussed refinement on left half of a single...

ファイルemd_15980_additional_3.map
注釈Focussed refinement on left half of a single IFTA repeat. Resolution 19A, bfactor -2000.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15980_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15980_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains ...

全体名称: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
要素
  • 複合体: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 121
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 139
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport particle protein 140
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 144
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog

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超分子 #1: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains ...

超分子名称: One IFTA repeat from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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分子 #1: Intraflagellar transport protein 121

分子名称: Intraflagellar transport protein 121 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 136.267359 KDa
配列文字列: MFIYLSKKIA IPNNVKLRCI SWNTDQGWIA CGGESGLLKV LRLDGTTSKD VKGKKEGGAP GGNLSLNQTL EGHNGAVICV CWNNAFQKL TTSDEFGLII VWMLHKGMWF EEMINNRNKS VVKDMKWTSN GEKICIVYED GAVIVGSVDG NRLWGKELGM D LALVEWSP ...文字列:
MFIYLSKKIA IPNNVKLRCI SWNTDQGWIA CGGESGLLKV LRLDGTTSKD VKGKKEGGAP GGNLSLNQTL EGHNGAVICV CWNNAFQKL TTSDEFGLII VWMLHKGMWF EEMINNRNKS VVKDMKWTSN GEKICIVYED GAVIVGSVDG NRLWGKELGM D LALVEWSP DGRLLLFATP GGECHVYDGN GNGVAKVPLY CNEGYAGASK IIGVEWYDGV EGYAEPNCPV LAICLDNGRM QL MRYESDD NAVCIDTGIK PVKVKWNMNG TILAVAGFQM SSAVADGREL WMVQFYNHNG EHLRTLRVPG GGISGISWEG NGL RLALSV DSYVYFANVR PDYKWGYFCN TLVYAFNRPD RSEHCVMFWD TKNNDKYPKY VRKLVAIQAF GDFCVLATKG ENPG EHILI LCNAIGSPVD SKYIEVEPKY LAITNYHVIA ANDEVVYVWQ FRTSFSKVLS TDINAVKRKD VREKMFSVDD SNPAL SDRS PESFRNMTTQ TTDPIACVTA CDSVLMIGRA SGVVNRYSLP HLTLDAQHVL RCRPQMLALN CNLSKMSIID INGVLT FFD LTAKAPGGGA NTMGEHLSFE RKDAWDMRWA DDNPELFAMM EKTRMYIFRG LDPEEPVTSS AYLCSFHDLE ITAAFLD DI MQQPDQPDLE FMVMYETRSL RDTRELLKSA SVDDAYAFVD SNSHPRLWRN LAEHALEQLD FTTADKAFVR CADYQGIQ F VKHLGKLDDK AKQRAEVAVY FKRFDEAEQL YMRMDRPDLA IDMRMRLGDW FKVERLIRES SGDDAQLLNA HNKIGQYYS DRHKWGKAAQ YYAQAKNSEM LVECFYALED FVALGRLMDA LPDGSPLLAN IGEKFQSVGL CNEGVTAFLK AGDTKRAIDC CVLLNQWDQ AVQLAQAHNF PQIEQLLAKY ANHLLEKEKV MDAIELYRKA NHSMEAARLL QDLAKKCADQ KVHPLRVKKL Y VLAALEIE KFKKRTLDMA GPDKTAATLL GTGGTATMAA TAAQTLAGLM TLESAVSGEA GVDSAWRGAE AYHFWLLAHR QL YAGNVDL AMRTALHLRE YEDLLDPVEI YSFLALAAFY NQFFGQCSKA FIKLESMPSI PNDKRESFAD LAMSIFLKHP PAD PRALRE TREKKAPGGG AMAGNSLDAL LEDLGGGREQ VCVASGRIVR DGNVVRCKVC KHLSITHELH GAAVCPLCHA ALPV SGGGA PGRGMSAKGG AMAQMYGAY

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 121

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分子 #2: Intraflagellar transport protein 139

分子名称: Intraflagellar transport protein 139 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 152.227688 KDa
配列文字列: MADRVLALVH YYAREGYFRH VQTVCNEVLK KRPGDGVLTF WRAYGLLMEG NTADAMRDLS SIQGNSDLEL AVAAAQLLGH ESAKVPDHD AIIDLQAKLE IEERTASDQP CLHLASFYLY TKSKERARGL VERVLRNQPD MVPAQVLLGW IIISQQQDDE Y DMLFDESE ...文字列:
MADRVLALVH YYAREGYFRH VQTVCNEVLK KRPGDGVLTF WRAYGLLMEG NTADAMRDLS SIQGNSDLEL AVAAAQLLGH ESAKVPDHD AIIDLQAKLE IEERTASDQP CLHLASFYLY TKSKERARGL VERVLRNQPD MVPAQVLLGW IIISQQQDDE Y DMLFDESE LDDALSHFEQ AVEHDHNDLQ ALLGKAKIME LKKQLGPCLD VLTEINVRFG WFVPALVEKT RMLMMLGDWE QV TETLQRV LAADQQNIMA QAWNCMISLT REGNNKQAAK QLQDLFSSMN RQEPKNAELF FRVARPFGRL ACSDPTLLGI TYL MADRAA QLRPEMAAYV VEAAAQKLMM DETTNATERF TQALQLDELN LEANAGALEA QIMAGELEEA AGQIMFLEDM FTNA AAAGG GKRKGRGTGD MDDDPDMADP SLGTSSDNPT LLYLKGLLAW KQGMPSEGLG LLERSIAALF SAAADFHGPS LELYA ALNP ARITAVVRLL LQSIGGEPRA PTEAPSPLIS KVTRALDLLN KQAPALQESA LLHARALYLN GNLDGALRKA GEILRM NPE ESSAHLLICS VYVAQDKPEL AVSALDQAVS SNFAIRETPL YHVVQAKVLV ANNKLDDAKR VLESAMNLPG VRTALTV QQ RARLGRKVVE PTLHERATVY LLLADVLARQ SKIPDAPEAK KYIQDAIREF EGTSEEVRVT VADCELAIAR GDVEGALK K LRRIPKESPH YVKARMAMAD IYLRHRKDKA AYIKCYMDLV DHTPDYDSYC MLGEAFMQIQ EPEKAVRAFE SALEFSPKD VDLITRCARA LVTSHDYQRA IDYYTKAIAN ARGGAQHALQ LELGNLLVRL RQYPAATAAI NKALERNRDG LPATENLQLD VEAWSMLAK VHKGKLEMEG YSQAQSRALE LQKQLLLKLR GELPEAVALQ RERTAAICFD LAEQSKRARQ FDRAMELYME A LRHHDTHV PSMLAVAKLH LANGDTDACQ AQCVTLLKHD PDNEEASIML AELMFHKEHY DTAIYHFQQL LERSPNHYGA LA QLILLLR RAGRLEDVPR YFALAEAGSP KAVMDPGYHY CKGIYNRYIN NPREALKELN LARKDTRWGS QAILHMVEIY LNP DNDAVW EEKENADTPE SRQAVATARS LLKQVRGADT TTQRYRVLES YAIMAGKDKN EIEASLNVLL DLANQDPNNV PVLL AMATG FMMLKQTPKA RNQLKRVQKI QYKPDEAEEF ERSWLLLADI HIQGGKYDLA QDLCQKCLKY NKSCAKAWEI MGQIM EREQ AYKDAADHYE NAWKHENQAS AQVGFKLAFN YLKARRYVEA VDVCHKVIKA FPDYPKIRKE ILEKARMGLK P

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 139

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分子 #3: Intraflagellar transport particle protein 140

分子名称: Intraflagellar transport particle protein 140 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 157.426641 KDa
配列文字列: MEIYYTTKIS GRAGVIAGWS KAPGYPSLLA VALSPNAVGI YNEEGRPLDP NNEANIKNVR GTECAKIAWH PLLPLLAIGW KDGAISFWN AEERKLEEDS KIHRNTISSM TWTASGDRLI TGDENGRISM WKTDRLMRPI HVVAYDEPGA VIRHTVVGLP E EMPDTNSQ ...文字列:
MEIYYTTKIS GRAGVIAGWS KAPGYPSLLA VALSPNAVGI YNEEGRPLDP NNEANIKNVR GTECAKIAWH PLLPLLAIGW KDGAISFWN AEERKLEEDS KIHRNTISSM TWTASGDRLI TGDENGRISM WKTDRLMRPI HVVAYDEPGA VIRHTVVGLP E EMPDTNSQ VVVAFYVADA QERAVVKWCN DQGYSGVVVE MSEGVHTLVH YPERDQLLVV GSSCTLNVLT RDEQLGTWVT AS KMKFATG TGEAATGLQV AWAGNHTLAS ASEKDNVVRM YNFDTEDNYV LNLEQDSGLV SRVVCLAYDD RYNLLAVGTT DGR VMMYKF NQPNLNLEPV LDFAKCWEMQ PAFFVGNRAL AMEWGPFPRL MVVACNDAIN VCRKTMLSYK FRDGVAIMQV AVDR VVLEN LEVEPQRPPG RLQLQDMQLL GLDLSKGLLL VWDGERAEVY KVTETNDIMP ASQFETTSRC MAINNDSVYR AAENK VEVV NMAGTVKQTL MFDDNHGSPT SMDVARDYLA VVTSANIVRI LKVAGREAKP HAGPAPLCPP ELKDWKVMAM RANGNG NLV AALVVGPEPA RAVRLVVWCG ETNTHHVHDF TPEGRQPVQL MFDTVEPKLL VVQCTPVFTE ANVDERPHGD AAHVVDC AI IFVDPDKGIL LQEYQPIHTG GATACIGSCA PHLLTNKKSM VQPAPGSGAF QPFTSNVSKA IMTSFQGMQD SDDKTRRA L LDFSFNLATG NMDEAFRSVK AIKNPAVWEN MAHMCIRNKR LDVAEHCLSN MEHARGARAL REAKSIEEAD ARVATVAVH LGMIEDAKKL YIACERYDLL NQLYRACGQW DKALEVAEKN DRIHLKSTHY AYGQFMERQG DMEGARKHYE AAGCGLVEVP RMLFEAEKF TELQNYIQAN DSRELILWWG KYLESLGEYA KALDCYRKAG DSLSMVRIHC FQRDWKAAED EVTNSADNAA S FHLARQYE ASGRIPEAIR YYTLAKRYSH GVRLAKTHEL DSDLMNLALK STPAVMIDTA DYLFAKGQHE KAATLYMKGG KL SKAVEMC FQAQLFDVLQ HITDDMTPEK SDPNLYNKCA EFFMGFGHND KAVKMLIAAQ QYGRALELCV EHDVSITEEM ADS MTPDKN AAVSADERNN VICRIAKVAK RQGNFQLAAK KYTQAGDKVK AMKALLRGGD AEKIIFFAGV SRQKDIYLMA ANYL QTLNW HSDPELMKHI ISFYTKAAAW ESLASFYEAC AQIEVDEYRD YEKALQAMRE AAKYVAKSKN DDRDARVGVI NDRIA VAEQ FVAARQLIGS NPQEALRVCD ELLRAIPPNS QDLEAGIRIG DVYALMVEYW YEARNPNEAY KAIEAMRRRG IILSPY LDT RMVEDIYRSL GVALDMAEER RGPANLGLRE SDAGAFVEEE VADEDD

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #4: Intraflagellar transport protein 144

分子名称: Intraflagellar transport protein 144 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 150.972844 KDa
配列文字列: MKKLFGVGPD LLGDGKVLFE WSPKGNFLAA AGSKRKVNIF DRNGRLYDEV HFPPAEYPNP DGRACAAAQM QWDPAGEQLA ILPAGNTHV FIWLAGNKEV QKIESEFKTQ EFSCMAWSRN GMYLGVATVK GNVMMYNARE RKKTPLVGKH TKKIVAAAWN K DNIMALAG ...文字列:
MKKLFGVGPD LLGDGKVLFE WSPKGNFLAA AGSKRKVNIF DRNGRLYDEV HFPPAEYPNP DGRACAAAQM QWDPAGEQLA ILPAGNTHV FIWLAGNKEV QKIESEFKTQ EFSCMAWSRN GMYLGVATVK GNVMMYNARE RKKTPLVGKH TKKIVAAAWN K DNIMALAG QDKTVTLTDG VTGDTIKTFH LKDVPMDLCV SDKKEDGYSR REENTYSLNI NRKTLYIMQC TAEGDRPLEL AF LDTYGPI MKHSWFGDGY ILLGYKNGYV AVVSSHSREI SEEVHSGKYL DTLTDVTYCA SLGRVAMAGA NCVRVLDANA DYN EIKGDA VDLDANQAIE KVGWTKDGQV LTVGTHNGYM HSFLASLPMV YDFHGTRVLY LTSLLEMTLL DVSRRQTVAR IELE NEPAF CGLGPSHAAV GMNNQAAFYS LGEKVGKVVQ RREYLGTITA IKLNETQAAV LTGGHVVVHP ISVEAGHAPD ELDVV IPGP GQPANITCVA LTPTFVITGS RTGTLSYYLS PDVTPVNEFR HDDGGIVRLF PQATGARLVF EDDKGALHLF NPVNDH VVA VPYTGRAETV MWDTSDTNVM VIGDGTALHS FLYVPVSLTG PQVQDLGKQA VPATHTPLTV CNGVVGCRLK SGAMDNV TL ESHKMLQPGD AVARAAPAKR FAAALKLYKL RDAVECAKQL RQVESWRTLA LAALDVLDID TAINAYREIG DASMVLSL E RVRQHEDRNL LSAHIMVLLE KDYGQAQELF LRSSVPRAAL EMRMDLKHWT DALKLAEQLD PDAIATICKE HGAMLEMTG EYSNAKSHYQ QALDALAVSV GPAQPDLEAA CKAGIARTTL QLGDLRQGRQ LAMQLNSQTL FKECALILEG LQQLTEAAEM YERAGQFER AASIYIQTKN FAAAAPLMAR ISSSKLQLQF AKAKEAEGRW QEAAAAYEAA GDMDAVVRLC LERLSQPQRA Y AIVRKTQS VEAANQLSRF CLQSQDFGGA VEFLLMAGQM DQAFDIAMGH NEMDTFARIV AASAKPVDYQ RIAQYYESRG EY DKAADMW SKCDQAPRAV QLYLKVGTNP ALEKAVQVVE QTRSHQLGVL VLDYVNEEKD GTTRDEFRFK LNIAMGQFAE AAR DALEMA RFEQEEGNYR VAHDKLFGTV KQLEALNTKP PGELLRALML LHSYTLVKSL IAINDHTTAA RMLVRVARNI SKFP KHIVP ILTSTVIECH RANLKKTAFE YASMLMRPEY RDQVAVKYKK KIELMVRKPE KDPEELEEPL ADCPFCNMPG PETEL QCIS CQNILPFDLA TGKRMVLSDW AECPGCKFPA SASQFIRIIS AEGRCPMCND PVDLAHVRKV QDPLTKIKQQ QAQQTN ASG GGAS

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 144

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分子 #5: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 139.382922 KDa
配列文字列: MRTVVAWQET PPEKDGVRNV CYDLCFKPDG SQVVAGIGNR VLVYDAADGD LLHALKGHKD SIYCVAYAQN GKRFASGGAD KTVIIWTSK AEGILKYTHN DAIQCLSYNP VTQQLASATG SDVGLWSPEQ KSVAKHKVAS RICSISWTAD GAYLALGCFD G VISIRDKG ...文字列:
MRTVVAWQET PPEKDGVRNV CYDLCFKPDG SQVVAGIGNR VLVYDAADGD LLHALKGHKD SIYCVAYAQN GKRFASGGAD KTVIIWTSK AEGILKYTHN DAIQCLSYNP VTQQLASATG SDVGLWSPEQ KSVAKHKVAS RICSISWTAD GAYLALGCFD G VISIRDKG GSEKHRIETG PSPVWSICWN PVETNVLCAG CFDGVLKFYM MSGQQKSKDR ELAFDPLCVS YFSSGEYITV SG TDKTVHL YTRDGTYLTK IADRDSWVWA VRPRPKHNFV AVGTEGGGIA MFQLIFSTVH GLYQDRYAYR DQMTDVIIQH LIT EQKVRI KCKDYVKKIA VYKDKLAVQL QNKVVIYELA NADDFDMHYQ SATKIQQKLD CNLLVVTSHH VILCQEKKLQ LYNF DGVKE REWVLDSVIR YIKVVGGPPR REGLLVGLKS GAILKIFVDN PFPIPLIKHT ASVRCLDLSA SRNKLAVVDE NAKVL VYNL ITKELVFEES NANSVAWNSE FEDMFCYSGN GMLSIKTGDF PLHQQKLQGF VVGFKGSKIF CLHYVSMQTI DVPQSA SMY RYLERKDFES AYRVACLGVT EADWKQLALE ALQALNLEVA RKAFIRIRDV RFVELVNRTE AGRKAGTSEQ LLLAEIM AF QGRYQEAARL FTQAGAVDRA MEMFSDLRQF DEAKKWAEEF AASGRGDQRS VQELINRQAE WSEEVKNYDA AAEMYIKA K KYDRAIAILA KHQWWDKLIG VVRQLDKTDA RCLGMCAGHF RRAPHFAYAK ETLLKMDDTK GLITLYVEAE KWDDAFLLL HAHPECRQDV YLPYAKWLSN QDRFDEARLA YQEGGFPSLA TRILEQLCAN AVVETRYADA AFYYYQLAME ALKSIKNPPS NMAPSDRSA LERFTELYDR AEVYYAYEVV HKSVHSPFRT THPDTLFNAS RFLLMRLLPP REVPLGVSVV NVVYVLAKQA V EAGAFKLA RFAYNKLQTL VLPAAWQAEV DLASVVIRSK PFSDKEDLLP VCWRCSTTNP LLNTQGDYCI NCGAPFIRSF VT FEHLPVV EFELEPGVDD EEAGRLLGED AGMEAARRER KAERQAKAAE VGGNMLRLDQ NEIDRMDDAF AAQMMVPNTT IRV DRAMLR RLKTAEVMVR TWPNPVIPKQ YFRVMDQEVP LCCGPCGHFF EQDEFEMAAL ERGTAPFSRT TVRGEGLAPG EDAE DEGAG GNKLGGPLGS ARGPIGGASK ARMSVPFQQG RPLV

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 122 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP (Tris-Acetate-Phosphate) Media
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Chlamydomonas reinhardtii cells applied to quantifoil grids and plunge frozen; cilia project out from cell bodies and traverse holes in the carbon film.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1.3), Warp) / 使用したサブトモグラム数: 3897
抽出トモグラム数: 600 / 使用した粒子像数: 3897
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8bda:
IFTA complex in anterograde intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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