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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15979 | |||||||||
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タイトル | Masked refinement of the IFTB2 subcomplex within anterograde intraflagellar trains in Chlamydomonas reinhardtii cilia | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia / IFT / Intraflagellar / transport / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lacey SE / Pigino G | |||||||||
資金援助 | European Union, イタリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: The molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains. 著者: Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino / 要旨: Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15979.map.gz | 2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15979-v30.xml emd-15979.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15979.png | 42.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15979.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_15979_additional_1.map.gz emd_15979_half_map_1.map.gz emd_15979_half_map_2.map.gz | 1.2 MB 27.1 MB 27.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15979 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15979_validation.pdf.gz | 701.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15979_full_validation.pdf.gz | 700.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15979_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15979_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15979 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Masked classification of the periphery of IFTB2 complex,...
ファイル | emd_15979_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Masked classification of the periphery of IFTB2 complex, in the region corrresponding to IFT172 (WD domains) and IFT57 CH domain. Lowpass filtered to 18 angstrom and a b factor of -1300 A^2 applied. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15979_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15979_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...
全体 | 名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia |
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要素 |
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-超分子 #1: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...
超分子 | 名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: TAP (Tris-Acetate-Phosphate) Media |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Chlamydomonas reinhardtii cells applied to quantifoil grids and plunge frozen; cilia project out from cell bodies and traverse holes in the carbon film. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 2.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1.3), Warp) / 使用したサブトモグラム数: 18216 |
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抽出 | トモグラム数: 600 / 使用した粒子像数: 18216 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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