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- EMDB-15977: IFTB1 subcomplex of anterograde intraflagellar transport trains (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15977
タイトルIFTB1 subcomplex of anterograde intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
マップデータ
試料
  • 複合体: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
キーワードCilia / IFT / Intraflagellar / transport / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle B binding / intraciliary transport particle / intraciliary transport involved in cilium assembly / intraciliary transport particle B / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / intraciliary transport / regulation of cilium assembly / axoneme assembly / axonemal microtubule ...intraciliary transport particle B binding / intraciliary transport particle / intraciliary transport involved in cilium assembly / intraciliary transport particle B / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / intraciliary transport / regulation of cilium assembly / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / protein localization to cilium / non-motile cilium / motile cilium / ciliary membrane / post-transcriptional regulation of gene expression / ciliary base / beta-tubulin binding / microtubule organizing center / kinesin binding / axoneme / cilium assembly / centriole / tubulin binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of protein stability / apical part of cell / protein transport / microtubule binding / cytoskeleton / protein stabilization / ciliary basal body / cilium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat protein 26 / Clusterin-associated protein-1 / Intra-flagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport protein 20 / Clusterin-associated protein-1 / Intra-flagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport complex B, subunit 20 / Intraflagellar transport complex B protein 46 / Intraflagellar transport protein 74 / Tetratricopeptide repeat protein 30 ...Tetratricopeptide repeat protein 26 / Clusterin-associated protein-1 / Intra-flagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport protein 20 / Clusterin-associated protein-1 / Intra-flagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport complex B, subunit 20 / Intraflagellar transport complex B protein 46 / Intraflagellar transport protein 74 / Tetratricopeptide repeat protein 30 / : / : / : / Intraflagellar transport complex B protein 46 C terminal / IFT80 second beta-propeller / IFT52 central domain / IFT52 GIFT domain / Intraflagellar transport protein 81 / IFT81, calponin homology domain / IFT81, N-terminal domain superfamily / Intraflagellar transport 81 calponin homology domain / Intraflagellar transport protein 52 homolog / TRAF3-interacting protein 1, N-terminal / TRAF3-interacting protein 1, C-terminal domain / TRAF3-interacting protein 1, N-terminal domain superfamily / : / Microtubule-binding protein MIP-T3 CH-like domain / Microtubule-binding protein MIP-T3 C-terminal region / Intraflagellar transport protein 52, C-terminal domain / TRAF3-interacting protein 1 / Tetratricopeptide repeat / : / IFT80/172/WDR35/WDR19 TPR domain / : / IF140/IFT172 TPR domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Class I glutamine amidotransferase-like / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 46 / Intraflagellar transport protein 80 / Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 56 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport protein 172 / Intraflagellar transport protein 81 ...Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 46 / Intraflagellar transport protein 80 / Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 56 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Intraflagellar transport protein 57 / Intraflagellar transport protein 172 / Intraflagellar transport protein 81 / Intraflagellar transport protein 74 / Intraflagellar transport particle protein IFT20 / Osm-6-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Lacey SE / Foster HE / Pigino G
資金援助European Union, イタリア, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
Other government イタリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains.
著者: Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino /
要旨: Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 775.68 Å		3.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 775.68 Å		3.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 775.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.466
最小 - 最大-0.38829696 - 1.3724803
平均 (標準偏差)0.0042394185 (±0.044678286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 775.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...

全体名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
要素
  • 複合体: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
    • タンパク質・ペプチド: IFT88
    • タンパク質・ペプチド: Osm-6-like protein
    • タンパク質・ペプチド: IFT70
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 46
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 56
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 81
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 74
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 80
    • タンパク質・ペプチド: Clusterin-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 57
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport particle protein IFT20
    • タンパク質・ペプチド: IFT54
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 172

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超分子 #1: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains...

超分子名称: Two IFTB repeats from anterograde intraflagellar transport trains within native Chlamydomonas reinhardtii cilia
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: IFT88

分子名称: IFT88 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 86.418125 KDa
配列文字列: MSYGGTEEDD LYGGYDEQSN PLAGSGGAAF KALGADGAPP GTAMMGPPGT AMKSFVPGTA MRGGTAMQQD PSLARPMTSN RGAGFTSAP NKKFDPLNRS MGSTLGSSGG GAMLVARKGD TSPEEQARGM EKTVHELLEK SAADAAKNDI NSALENAMEA K KNERKLCR ...文字列:
MSYGGTEEDD LYGGYDEQSN PLAGSGGAAF KALGADGAPP GTAMMGPPGT AMKSFVPGTA MRGGTAMQQD PSLARPMTSN RGAGFTSAP NKKFDPLNRS MGSTLGSSGG GAMLVARKGD TSPEEQARGM EKTVHELLEK SAADAAKNDI NSALENAMEA K KNERKLCR FREQNNMADQ INLELMYAVD FNLAHMYHMN KNYSEALNLY TAIVRNKNFP QSGWLRVNMG NIHFEQKKYP SA IKMYRMA LDQISATAKE VRFKIMRNIG LSFVRMGQYP DALQSFATVM DNVPDHQTGY NLVMCNYALS DREGMKNAFI KLL KVSPPS EMDDDDDDDP MGDDDMQVMT MDDGLKDEMR KRNTIITRLI VKAAQLISEK VDRANGFEGG FMWCCEQLRD AGYT KLANE VELAKATRFM GQKQFDKAVG VFKDFEKKEP RVKARAATNL AFLYFLEGET DQADKYSEMA LKSDRYNARA YVNKG CVLV ERGDLEGARS LFNEAAGIDP YCVEAIYNLG LVSQRLNELP YALAAFKKLH NMVPDNVEVI HQIATTYDMM GDFKNA VKW FELLTSLVSN DPGVLARLGA IHARFDDEAK ALHYYQESHR VYPVNMDVIS WLGAYHVKSE VYEKAMPFFD LASKIQP QE VKWALMVASC YRRTNNLPAA LGKYKQIHTQ HPDNVECLRY LVHLCSELGR RAEAAEYMTK LKKAEKAAVP EATTAAAP A AAAAGSGMGG MGGLDDDIGS SAVSAQNRGK KMLVKEHMGG GGGKDNDDWG NEQLGDDLLP M

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Osm-6-like protein

分子名称: Osm-6-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 50.453184 KDa
配列文字列: MEEPGAEEVR ILFSTAKGES HTHKAGFKQL FRRLRSTYRP DKVDKDDFTL DTLRSAHILV LGGPKEKFTA PEVDMLKKFV KNGGSILIL MSEGGEEKAG TNINYFLEQF GMSVNNDAVV RTTHYKYLHP KEVLISDGIL NRAVITGAGK SLNSNDDDEF R VSRGPQAF ...文字列:
MEEPGAEEVR ILFSTAKGES HTHKAGFKQL FRRLRSTYRP DKVDKDDFTL DTLRSAHILV LGGPKEKFTA PEVDMLKKFV KNGGSILIL MSEGGEEKAG TNINYFLEQF GMSVNNDAVV RTTHYKYLHP KEVLISDGIL NRAVITGAGK SLNSNDDDEF R VSRGPQAF DGTGLEYVFP FGATLSVQKP AVPVLSSGKI AYPMNRPVGA VWAQPGYGRI AVLGSCAMFD DKWLDKEENS KI MDFFFKF LKPHSKIQLN DIDAEEPDVS DLKLLPDTAS LADKLKGCLQ EIDDVPRDWT SLFDDSLFKF DTGLIPEAVS LYE KLGVKK GQLNLIPPSF ETPLPPLQPA VFPPTIREPP PPALELFDLD ESFASETNRL ASLTNKCHGE EDLEYYIMEA GHIL GLKLQ ENANAKHVLS EVFRRIAQYK MGSLGLGQTL DSMGQTLPAA NQFGDQFEL

UniProtKB: Osm-6-like protein

+
分子 #3: IFT70

分子名称: IFT70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 74.248609 KDa
配列文字列: MAFFQQPARP IAEGQYTQTI YTLIKEQKFA EAIQHLQYQL QNVPESRAAL SLLGYCYYYT GQYDMASQMY EQLVTLYPSN EDYKLYYAQ SLYKGGMYPE ASKAVVKVEG HQKAVTTLLV ACSYEQDDLT GCRRQLDKCA PEDPDTMVNT GCIMFKEGKF E AARQKFND ...文字列:
MAFFQQPARP IAEGQYTQTI YTLIKEQKFA EAIQHLQYQL QNVPESRAAL SLLGYCYYYT GQYDMASQMY EQLVTLYPSN EDYKLYYAQ SLYKGGMYPE ASKAVVKVEG HQKAVTTLLV ACSYEQDDLT GCRRQLDKCA PEDPDTMVNT GCIMFKEGKF E AARQKFND AVQALGYQPE LLYNIALCYY KTKQFGPALK HLAEIIEKAV REHPELSVGS NTDGMEVRSV GNSQTLKETA LI EAFNLKA AIEYTMKNVE AAKEALTDMP PRAEEELDPV TLHNSALINM DSDPTGGFKK LNFLLQSPPF PPETFANLLL LYC KPSHGF YDLAADVLAE NPQYAGKLLS PDLYDYLQAA IGRYKSPEEA FRRFDELATR HVEQLRRLTK QIQDARIARD NDAI KRAIN EYDEALEAYI PGLMAMASIY WDMELYSNVE KIFRQSAEFC SEHEVWKLNV AHTFFMQDNH YKEAIRYYEP VVKKN ADNL LGVTAIVLAN LCVSYIMTSQ NEEAEELMRK VEKEEERSSM QDPDKPCFHL CIINLVIGTL YCAKGNYEFG VSRIIK SLE PYDKKLETDT WYYAKRCFLA LIENLAKHMI VLKDSSFTEI MAFLNEAEKH GKDIRVVFNE GKHQSRTIAS EARMLKK MF LKLRD

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: Intraflagellar transport protein 46

分子名称: Intraflagellar transport protein 46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 37.97641 KDa
配列文字列: MDDSMDYPDR DGDDLDQFQG TARSQVVQNQ PHDEEVNLSE SESFAGADEP PAAPRDASLI ESHDMDEGPA APARTLSPTG YEAGKHAPG GIANSDEAPP GAYNAQEYKH LNVGEDVREL FSYIGRYKPQ TVELDTRIKP FIPDYIPAVG GIDEFIKVPR P DTKPDYLG ...文字列:
MDDSMDYPDR DGDDLDQFQG TARSQVVQNQ PHDEEVNLSE SESFAGADEP PAAPRDASLI ESHDMDEGPA APARTLSPTG YEAGKHAPG GIANSDEAPP GAYNAQEYKH LNVGEDVREL FSYIGRYKPQ TVELDTRIKP FIPDYIPAVG GIDEFIKVPR P DTKPDYLG LKVLDEPAAK QSDPTVLTLQ LRQLSKEAPG AKADMVGRLE HTDENKAKKI QQWIASINDI HKAKPAATVN YS KRMPEIE ALMQEWPPEV ETFLKTMHMP SGDVELDIKT YARLVCTLLD IPVYDDPVES LHVLFTLYLE FKNNPIFRQH MEM ENKLDG MSGGGGGMMG GGADVLGL

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 46

+
分子 #5: Intraflagellar transport protein 56

分子名称: Intraflagellar transport protein 56 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 63.485508 KDa
配列文字列: MFYSKSRPQH AARTNVAQAA ANEKPKVPEL EEFLTKRDYL GAIALLSFRR HANRNDLKNL EWLAYCYFHY GEHDKALVIY KELLQHEDP DPMFFVYSAA CLYYMGMYKE AEEQALQGPK CALQTRILFH SAQRQGNDDK LMAYHGQLTD SIEDQLTLAS I HYQRSHFQ ...文字列:
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UniProtKB: Intraflagellar transport protein 56

+
分子 #6: Intraflagellar transport protein 81

分子名称: Intraflagellar transport protein 81 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 77.186484 KDa
配列文字列: MGDVSYIVDS LGLPPFSYQM SLLSFTEKGP QELLQLLSDV FSTISPKHQK VDVAKEVPDQ TADRLIGFLK IIKYRPNVQD PLLFRQLVA AGDRETLYQI LRWVVPQAQL LEKRAFVGYY LSFPDMPEEF NFDPDIMELK EEIKAMQQEF IELHKSSDAI K TLSKDTQA ...文字列:
MGDVSYIVDS LGLPPFSYQM SLLSFTEKGP QELLQLLSDV FSTISPKHQK VDVAKEVPDQ TADRLIGFLK IIKYRPNVQD PLLFRQLVA AGDRETLYQI LRWVVPQAQL LEKRAFVGYY LSFPDMPEEF NFDPDIMELK EEIKAMQQEF IELHKSSDAI K TLSKDTQA LKNKIKSLEE EKERLGEKVE RAKGAVDKLP DRSSYMEVCT NLRKQQDEEV NLSTAIQTQR ALQEKAEASY HR AAARLRE LQTSYQEGSA GKLLETLNED VKNLRAQVNE RYPKEVEKRQ KRQAALSEAL ASGISTEMDL QRLQHQATAL HNQ ITEIQE RKVAQDKARQ GDKAYLQLRQ AQQMATVSAR KKEELGAKQE RLQEKKTALT AQLDKLNAEG GGSGAVFSEE EWRT KYESM KSKLPIYKKM KKELGDLEAE VFVLAHTEEL LASQEGGLLE KVKRLEKQQG ISGFTETAQH LEKVSEAKSQ MDEEK GMTL IEISRTVEEI NNAINQRKQQ LAPQIKKLRS VRQDFAEFEA KYLEKKTAYD NVVATFEART SALEGEVSGL KAEVSE NET KYHMLHCQLH ITDQNIKKVT SGPAAERLRD KYEAKVKEAE DSTKALRDRQ REIKDTHSTG LSQIDIMNDM LRLLQLK LN LARGIAVDMS QYGGGGGAAG GANGGMAGQT YDTGSANVLQ L

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 81

+
分子 #7: Intraflagellar transport protein 74

分子名称: Intraflagellar transport protein 74 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 71.648398 KDa
配列文字列: MDRPSSRGAL ALGAGGLGKA PTGGAVQQPD RPMTGQRGAA PAGPMRAPAG ASIIGAGPPG TAMRGGPGPA GGPPGTAYKR MGTASQRPG TGQQAAAAAA AARAGQQLQV ENRPITNHGV SGMKTAAAGV GRQVLDKNYF MNELRQKRME IAQVTSNMKS D LEALERKQ ...文字列:
MDRPSSRGAL ALGAGGLGKA PTGGAVQQPD RPMTGQRGAA PAGPMRAPAG ASIIGAGPPG TAMRGGPGPA GGPPGTAYKR MGTASQRPG TGQQAAAAAA AARAGQQLQV ENRPITNHGV SGMKTAAAGV GRQVLDKNYF MNELRQKRME IAQVTSNMKS D LEALERKQ AQYNSMDKRA SDLSKEVKIL QEALADYNTV LDKVGSQAPV YVIQQEFAAL KDRNEQQRKR VDEVLTERLN LE SKAKQAE SKMSEIQASM DQRLNSMPPS QRNEYTTLVA EQQQLQADSK RFEEVLDELD KALQASEGEL ARNPFKQRSL QLQ EQIRAL TEKKYELTEE ERQSKRSPEE LRADLMAKIK RDNTEVEQMT QQIRELQDQI KKMEERVKSL GGATSGAAAA EEKA NREKF EELLAKERDL NNFMDGFPSR KAAKMQEKQQ KEDGIVGVLE KMVKMQGIIG SNLPSQKKYK EMQDELEYKK MQLEN TQTT QERLKEELTM RRTELEKIDT LEDKIKLELT QLAERQEAME KEMGEFGSVE DIQRKANAAR ERMEGLRSVL LKRKDL LRS IVAERGLKFQ AKRAQLQDHN LQVQLEKMEA KLKNLSAGVF EMDEFIKAKE SETNYRQLAS NIAALVDDLN VHVKKAV V

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 74

+
分子 #8: Intraflagellar transport protein 80

分子名称: Intraflagellar transport protein 80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 85.782609 KDa
配列文字列: MRLKVKQSSA NVHSELTAAV GWNVWNELFT CSDDQTIHKW NMLGEPEQKV STLDAYFTDM HWYPVSSKKT QAGGTDVFAV ACTDGSVKI LSRTGRVEKS IEGHKGACIS LRWSYDGTAL ATAGEDGSVK IWSRNGMLRS TLAQADSPVY SIVWAYDCDQ L CYCTGSNV ...文字列:
MRLKVKQSSA NVHSELTAAV GWNVWNELFT CSDDQTIHKW NMLGEPEQKV STLDAYFTDM HWYPVSSKKT QAGGTDVFAV ACTDGSVKI LSRTGRVEKS IEGHKGACIS LRWSYDGTAL ATAGEDGSVK IWSRNGMLRS TLAQADSPVY SIVWAYDCDQ L CYCTGSNV VIKSLSSNAK QNAWKAHDGV VLKVDWSPIN HLIITGGEDC KYKVWDSFGR LLFQSGLFDY PVTSVAWAPS GE LFAVGGF NTLQLCDRMG WAYSKIHLND TGSIMTLSWT ADSTQLAGGG GSGGVVFGQV VDLALEDGKM QVTVVDDMRI VVN DILNEN ADELPEFRDR VIKVSLGYGY LIVATATQCH VYNTTNLGTP HIFDLKDTVT LLLQAERHFL LLDNSAGIQI YTYE GRQIC NPRFQGLRTE LLNAQMITLS NDTIAVLDQQ ASGTTVRFFD TAQGRPVGEP WQHTLEVKEI ALSQAGTIND RQLIV IDRN RDLYLLPVMK RHVAKLAAMC DSARWHDSTA MLSAMVDQRL CVWYYPSEVY VDKDLLAKTR YTKSDSDFGK SAQIQL FAG NRCLVRRSDG VLVSAATSPY PAVLYDMIRK QQWDKATRLC RFIKDPTMWA TLAAMAMAAK ELNTAEVAFA AIDEVDK TH FVRKVKQIPT EEGRNAELAV YRRKPEEGES ILLQAGLVFR AIKLNIKLFN WERALDLATQ HKQHQDTVLW YRQQFLKN A KLAESITRFM QMNESVVVDQ AAVKKKIEEE RIKESQRPGA KRYV

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 80

+
分子 #9: Clusterin-associated protein 1

分子名称: Clusterin-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 49.733469 KDa
配列文字列: MSFRELRSFT EVMKALGYPR LISMENFRVP NFELVADCLY WLVHRYYPGV EIADDISTES DRVKFLQSVA QVMLTKARMK LNIKRLYAA DGNAVKELLK LASLLYKATS KAGDMDDDAA EAIDVANSLK GFNPKEIKGL AAEIIKAGAG LYDALGQEPE L REHRARAV ...文字列:
MSFRELRSFT EVMKALGYPR LISMENFRVP NFELVADCLY WLVHRYYPGV EIADDISTES DRVKFLQSVA QVMLTKARMK LNIKRLYAA DGNAVKELLK LASLLYKATS KAGDMDDDAA EAIDVANSLK GFNPKEIKGL AAEIIKAGAG LYDALGQEPE L REHRARAV AGHVDTDFVE RSIREAIAQV EDNIRSLENQ MEDLERNEKT LDNKIEKKKQ ELERQEKRLS TLQSVRPAYM DE YERLQGE LNGLYQSYLD RFRNLEFLEN ELEAYYQAEQ EKMEAQERRL KKMQKRLKEE ELRILRGEQE VDEANMNFDD DDM DLSEDG EHEEAEEGED EDYGAGGQKA TMRRDQFGGQ GGGGGGGRQQ GGGRNVMGNL DGDFDDEASI DEDDNTDGGE VSRQ GSQAG GMGGGGGYGG GGGYMNGGGM DDDENNLIQD DDEDDNDF

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #10: Intraflagellar transport protein 57

分子名称: Intraflagellar transport protein 57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 51.298414 KDa
配列文字列: MSSKRGGRSS LAKAPEEAVN GEAFAPEASP PPPGDDGDAG GEDGGAPAPP PPPATKGGPV AVGRSLEIQT TPDVCMEMLA DKLKLLNYE ADFCRKKKPY RKPLSRLYFA VPLANSSEQF FYFTSLATWL LGLAGVELPA PKEFDDPNLT CQNILGAVKK L GFAPPSYH ...文字列:
MSSKRGGRSS LAKAPEEAVN GEAFAPEASP PPPGDDGDAG GEDGGAPAPP PPPATKGGPV AVGRSLEIQT TPDVCMEMLA DKLKLLNYE ADFCRKKKPY RKPLSRLYFA VPLANSSEQF FYFTSLATWL LGLAGVELPA PKEFDDPNLT CQNILGAVKK L GFAPPSYH PTKLTVGNGK EVVGVLDGLV DFVLERRHHK YSRPAYGNDG QPEEGVQLDD EAEAAAMEGA DELAMPAQNQ AD DDEEEEG VYVDPGRGDA AGPGTGASAA MDAEKAVLVS KVDPTLWKIE LERVAPKLRI TIAADSKDWR SHLDEAHQHK EVI SKAWPD SKTSLERLRA DLNGTLEKLQ TREKFLNEQA ESLMQQYRAA RTTFTDVQET YNRKTEAVAD RNQEMHRIGE TLEE VKAMM DEKGSNIADA TPVARIKTAI KQLNKELHDM EVRIGVVSHT LLQLSLRNKR LLQAQAALSD EEED

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 57

+
分子 #11: Intraflagellar transport particle protein IFT20

分子名称: Intraflagellar transport particle protein IFT20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 15.658664 KDa
配列文字列:
MDAVDRGVYF DEDFHVRILD VDKYNASKSL QDNTNVFINN IQNMQGLVDK YVSAIDQQVE RLEAEKLKAI GLRNRVAALS EERKRKQKE QERMLAEKQE ELERLQMEEQ SLIKVKGEQE LMIQKLSDSS SGAAYV

UniProtKB: Intraflagellar transport particle protein IFT20

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分子 #12: IFT54

分子名称: IFT54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 54.437715 KDa
配列文字列: MCDNWQATID TLQGASPVFD KPKLSQKLLE KPPFRFLHDV VTAVQQATGF APGLYQGDEL DGKAIQEKDA KVAYLKKIIE VVSMVLGEQ CPARPNKIVA GLEPENTNIF LQMLGRACQK GNGAKAVQKV LGGGGAEPAP AKEEAPPPEK KPEKKEKKEE K PAEKSRAE ...文字列:
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UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #13: Intraflagellar transport protein 172

分子名称: Intraflagellar transport protein 172 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 197.851172 KDa
配列文字列: MQLRYFKSIL PPADQYQKIT SLTWAPNNSR LAAVSTDKVV YLFDENGEKR DKFKTKAAEA NNPNTYIIRA MAFSPDSTKL AIAQSDNIV FIYRLVDPDT GAEKKSICNK FPQACAVTSL VWPKDRPNEV VFGLADGKVR LGMLKNNKSY TCYAHPENSY V VALASSLN ...文字列:
MQLRYFKSIL PPADQYQKIT SLTWAPNNSR LAAVSTDKVV YLFDENGEKR DKFKTKAAEA NNPNTYIIRA MAFSPDSTKL AIAQSDNIV FIYRLVDPDT GAEKKSICNK FPQACAVTSL VWPKDRPNEV VFGLADGKVR LGMLKNNKSY TCYAHPENSY V VALASSLN GQNVISGHMD GAIWKFNFPA EEGGTPTSSQ LVVHSCVPYS LGWGSCIAAA GNDNRVVFYD LNGREIRSFD YS NNDEVRE FTTCAFNPSG DTVVFGTYNR FYMYTFNIQR NDWEEAGHKQ IDNFYAVSAA SWKPDGSKMT VGSMTGAVDM YDA CVKRHM YKGKFEFTYV SKSAVIVKTL KTGMRIVLKS VYGYEIEKIN IYHDRYLIAR TTYTLLMGDL DTCKLSEIPW DSDG SEKFH FENERVCMVH YAGELHIVEY GRNDVLGTCR TEHMNPYLIS AVVQEARGIA SESKKLAYLI DLQTVRIQDL MAPVG STLA TVNHDTKVDW LELNQRGTHL LFRDKKRHLH LFSLSGQERT TLLNYCQYVQ WVPGSDVIVA QSRNNLCVWY SVNKPD NVT MFPIKGEVVD IERHNHRTEV IVDEGINTVS YALDEALIYF GAALEDQDYE RAVQTLEPLE LTPETEAQWM QLAEQAL AT NQLVIAERCY AALGDIAKSR FLHKVVKKAQ QAAKEFGGDG TDAWSVRAMM AQLNKQWPVS ESLLLAQGKV DDAITLYQ D NHRWEDAIRV ADSTHHANAA ALKQQYLTWL LETGQEEQAG AVKEREGDYL AAIGLYLKGG LPGRAAQVVM SVHNVNWDP ALLDSILASL AKAGLYERAG ELYEHMSRSS EAMQSYRRGH AYRKAIDLAR REFPAEVIII EEEWGDWLVT QKQMDAAINH FIESGATLK AIKAAIDCRQ FAKAAGIIEV LDPREAMPYF RRIAQHYETT GALEEAERYY IRADMARDAV EMYSRAGKWE A AQRVARGY LTESEMRAFY RAKAAEFEAA HKLKEAEKAY LAAGGDDVDK AIAMYKRNKM YDQMIRLVTQ YRKEKVPEAH TL IAQQLEV EGNLREAEKH FVEAKDWKSA VQMYRQVNQW EDALRVAKVY GGVNASKQVA YAWALTLGGD DGAQLLKKMG LLD HAIEYA VESGAFAQAF EMTRAGAKHK LPEVHLKYAM FLEDEGRFAE AEAEFISAGK PKEACDMYMH NQDWDAAMRI AERY DPTMV SEILVSQARV AVERKQWLPA EGLFIKAKRP EAALKMYRDA RMWNDALRVA EQYLPTKVAE VQMELLSGQG AGGGS GGAS ADAVINKARG FERNNDYARA IETYLSLTAQ DTSNQDQLEH CWGQAAQLAI NYQRHRMKDV VNTVSERLQE IGRHQA AGE LHESIDDAQG AIRAYCAGRL WDKARTLAGT NPTFSRYIED QYNNYLLQNQ QADELASRGG QHAQQAIEMY VARDEWA KV HELAAQQGPE VASNYALKHA ERRFKQGDYA QAAQVFAQHG ITAQPQYFEL YKSIAQGVLH ASQGDRNPVA EKSLRDMM Y RLVNVLRSGG GAGKYKVDTD AFQNYYLAAH YLTCAAAAKE QGLKDIAAMN LTSVLRYVGP TIPADRAFYE AGLAWYEAG RKNMAFVMLN RFLDLSDAMD EPDSSAAVIE NADFSDTDIP YDFTIPERAY CTESQREDVR NLVLEISMDR SSDQSLALKA CEHCGKPTY EANLTCHFCK KKYDPCVVTG YPIQSYDRVV FKNNGPELNA IRDMWNKWVE AFGTDPVTGM QAAPMY

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 172

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP (Tris-Acetate-Phosphate) Media
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Chlamydomonas reinhardtii cells applied to quantifoil grids and plunge frozen; cilia project out from cell bodies and traverse holes in the carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1.3), Warp) / 使用したサブトモグラム数: 18216
抽出トモグラム数: 600 / 使用した粒子像数: 18216
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8bd7:
IFTB1 subcomplex of anterograde Intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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