[日本語] English
万見
- EMDB-15973: Cryo-EM structure of the Photosystem II - LHCII supercomplex from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15973
タイトルCryo-EM structure of the Photosystem II - LHCII supercomplex from Chlorella ohadi
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlorella ohadii Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
  • リガンド: x 20種
キーワードGreen alga / PSII / C.ohadi / membrane protein / Cryo-EM / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / : ...diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / : / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain ...Photosystem II PsbR / Photosystem II PsbY, plant / Photosystem II 10 kDa polypeptide PsbR / Diacylglycerol kinase, accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain / Diacylglycerol kinase accessory domain (presumed) / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / KH domain / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / K Homology domain, type 1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Serine incorporator / Multifunctional fusion protein / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY ...Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Serine incorporator / Multifunctional fusion protein / Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / Photosystem II reaction center protein M / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein I / Chloroplast PsbY / Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Z / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Fadeeva M / Klaiman D / Caspy I / Nelson N
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: Cells / 年: 2023
タイトル: Structure of Photosystem II Reveals Protective Mechanisms against Environmental Stress.
著者: Maria Fadeeva / Daniel Klaiman / Ido Caspy / Nathan Nelson /
要旨: Green alga is known for its ability to carry out photosynthesis under harsh conditions. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM), we obtained a high-resolution structure of PSII at 2.72 Å. This ...Green alga is known for its ability to carry out photosynthesis under harsh conditions. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM), we obtained a high-resolution structure of PSII at 2.72 Å. This structure revealed 64 subunits, which encompassed 386 chlorophylls, 86 carotenoids, four plastoquinones, and several structural lipids. At the luminal side of PSII, a unique subunit arrangement was observed to protect the oxygen-evolving complex. This arrangement involved PsbO (OEE1), PsbP (OEE2), PsbB, and PsbU (a homolog of plant OEE3). PsbU interacted with PsbO, PsbC, and PsbP, thereby stabilizing the shield of the oxygen-evolving complex. Significant changes were also observed at the stromal electron acceptor side. PsbY, identified as a transmembrane helix, was situated alongside PsbF and PsbE, which enclosed cytochrome . Supported by the adjacent C-terminal helix of Psb10, these four transmembrane helices formed a bundle that shielded cytochrome from the surrounding solvent. Moreover, the bulk of Psb10 formed a protective cap, which safeguarded the quinone site and likely contributed to the stacking of PSII complexes. Based on our findings, we propose a protective mechanism that prevents Q (plastoquinone B) from becoming fully reduced. This mechanism offers insights into the regulation of electron transfer within PSII.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15973.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 500 pix.
= 460.8 Å		0.92 Å/pix.
x 500 pix.
= 460.8 Å		0.92 Å/pix.
x 500 pix.
= 460.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9216 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.027582256 - 0.066376135
平均 (標準偏差)0.00021178843 (±0.0023458973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 460.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15973_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15973_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Chlorella ohadii Photosystem II

全体名称: Chlorella ohadii Photosystem II
要素
  • 複合体: Chlorella ohadii Photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding of LHCII
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding of LHCII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a b binding CP29
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a b-binding CP26
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
    • タンパク質・ペプチド: Multifunctional fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Chloroplast PsbY
    • タンパク質・ペプチド: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II oxygen evolving enhancer 2
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Chlorella ohadii Photosystem II

超分子名称: Chlorella ohadii Photosystem II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物) / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid membrane
分子量理論値: 1.7 MDa

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 23.060059 KDa
配列文字列: SQWYGPDRPK FLGPYSTNFV PSYLTGEFPG DYGWDTSGLS ADPATFARYR EIEVIHARWA MLGALGCVVP ELLDGTNHIA WFKAGAEIF GDDGIQYLGI PGLINAKSIV ATLIVQVVLM SYVEGYRVNG GPAGTGLDAV YPGGNFDPLG LADDPDTLAE L KVKEIKNG ...文字列:
SQWYGPDRPK FLGPYSTNFV PSYLTGEFPG DYGWDTSGLS ADPATFARYR EIEVIHARWA MLGALGCVVP ELLDGTNHIA WFKAGAEIF GDDGIQYLGI PGLINAKSIV ATLIVQVVLM SYVEGYRVNG GPAGTGLDAV YPGGNFDPLG LADDPDTLAE L KVKEIKNG RLAMLSMFGF FIQAIVTGEG PIKNLNDHLA DASANNFYAL YAKNLA

UniProtKB: Serine incorporator

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 23.850742 KDa
配列文字列: EFYGPDRAKW LGPFSEGSVP SYLKGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFARYRE IEVIHARWAM LGALGCLTPE LLQNNGAADF GEAAVWFKA GASIFNEDGL NYLGNPSLIH AQSIVAVLLT QLVIMGAAEA YRYSGEGPVE TSGDSLYPGG FFDPLGLADD P DTLAELKV ...文字列:
EFYGPDRAKW LGPFSEGSVP SYLKGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFARYRE IEVIHARWAM LGALGCLTPE LLQNNGAADF GEAAVWFKA GASIFNEDGL NYLGNPSLIH AQSIVAVLLT QLVIMGAAEA YRYSGEGPVE TSGDSLYPGG FFDPLGLADD P DTLAELKV KEIKNGRLAM FSMFGFFVQG LVTGKSPLEN LADHLAEPSV NNGFASATKF LPLP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding of LHCII

分子名称: Chlorophyll a-b binding of LHCII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 23.847945 KDa
配列文字列: VEWYGPNRPQ FLGPFSNPPS YLKGEFPGDY GWDTAGLSAD PETFARYREL EVIHARWAML GALGCVTPEL LQRNGVANFG EAVWFKAGA QIFQEGGLDY LGNPSLIHAQ SIVAILLTQL VLMGLIEGYR VNGGPAGEGL DALYPGEAFD PLGLADDPDT F AELKVKEL ...文字列:
VEWYGPNRPQ FLGPFSNPPS YLKGEFPGDY GWDTAGLSAD PETFARYREL EVIHARWAML GALGCVTPEL LQRNGVANFG EAVWFKAGA QIFQEGGLDY LGNPSLIHAQ SIVAILLTQL VLMGLIEGYR VNGGPAGEGL DALYPGEAFD PLGLADDPDT F AELKVKEL KNGRLAMVSM LGFGVQGLIT RKGPIENLAD HLAAPDATNF WVDYAPKSAG IGY

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding of LHCII

分子名称: Chlorophyll a-b binding of LHCII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 23.45549 KDa
配列文字列: EFYGPDRVKF LGPFSGNTPS YLKGEYPGDY GWDTAGLSAD PETFARYREL EVIHARWAML GALGCVTPEL LQRNGAANFG EAVWFKAGA QIFQEGGLDY LGNPNLVHAQ SIVAILLTQV VLMGLIEGYR VNGGPAGEVV DPIYPGEAFD PLGLADDPDT L AELKVKEI ...文字列:
EFYGPDRVKF LGPFSGNTPS YLKGEYPGDY GWDTAGLSAD PETFARYREL EVIHARWAML GALGCVTPEL LQRNGAANFG EAVWFKAGA QIFQEGGLDY LGNPNLVHAQ SIVAILLTQV VLMGLIEGYR VNGGPAGEVV DPIYPGEAFD PLGLADDPDT L AELKVKEI KNGRLAMVSM FGFFIQAIVT GKGPVQNLSD HLASPSTDNF YSLYAKTLA

+
分子 #5: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物) / 株: 1
分子量理論値: 37.23032 KDa
配列文字列: ESTSLWARFC EWVTSTENRL YIGWFGVLMI PTLLTATSVF IIAFIAAPPV DIDGIREPVS GSLLYGNNII TGAIIPTSNA IGLHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLIVC HFFLGVCSYM GREWELSFRL GMRPWIAVAY SAPVAAATAV FIIYPLGQGS F SDGMPLGI ...文字列:
ESTSLWARFC EWVTSTENRL YIGWFGVLMI PTLLTATSVF IIAFIAAPPV DIDGIREPVS GSLLYGNNII TGAIIPTSNA IGLHFYPIW EAASLDEWLY NGGPYQLIVC HFFLGVCSYM GREWELSFRL GMRPWIAVAY SAPVAAATAV FIIYPLGQGS F SDGMPLGI SGTFNFMIVF QAEHNILMHP FHMLGVAGVF GGSLFSAMHG SLVTSSLIRE TTENESANEG YKFGQEEETY NI VAAHGYF GRLIFQYASF NNSRSLHFFL AAWPVVGIWF TALGISTMAF NLNGFNFNQS VVDSQGRVIN TWADIINRAN LGM EVMHER NAHNFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #6: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 55.75427 KDa
配列文字列: GLPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTSLVS GWAGSMAFYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETASNPGI WSYEGVAAAH IILSGLLFAA SIWHWVYWDL ELFRDPRTSN PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS ...文字列:
GLPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTSLVS GWAGSMAFYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VLPFMTRLGI TQSWGGWTIS GETASNPGI WSYEGVAAAH IILSGLLFAA SIWHWVYWDL ELFRDPRTSN PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS DPYGITGTVQ AVAPSWDATG FDPYNPGGIS AHHIAAGILG VLAGLFHLCV RPPQRLYNGL RMGNIETVLS SS IAAVFWA AFVVSGTMWY GSAATPIELF GPTRYQWDLG FFQQEIERRV QTSLAEGKSA SQAWAEIPEK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GAMNSGDGIA VGWLGHAVFK DKQGNELFVR RMPTFFETFP VVLLDKDGVV RADVPFRRSE SKYSIEQVGV SVTF YGGEL DGVTFSDPAT VKKYARRAQL GEIFEFDRAT LQSDGVFRTS PRGWFTFAHL CFALLFFFGH IWHGARTIFR DVFAG IDAD LDEQVEFGAF LKLGDTSTRR

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #7: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 49.161105 KDa
配列文字列: GRDQESTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGYGVGPGGE VIDTYPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LVGPETLEES FPFFGYVWKD KNKMTTILGI HLIVLGLGAW LLVWKAMYFG G IYDTWAPG ...文字列:
GRDQESTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGYGVGPGGE VIDTYPYFV SGVLHLISSA VLGFGGVYHS LVGPETLEES FPFFGYVWKD KNKMTTILGI HLIVLGLGAW LLVWKAMYFG G IYDTWAPG GGDVRIITNP TVSPGVIFGY LFRSPFGGDG WIVSVDNMED VIGGHIWIGT LCIFGGIWHI LTKPWAWARR AF VWSGEAY LSYSLGAISI MGFTACCMAW FNTTAYPSEF YGPTGPEASQ SQTFTFLVRD QRLGANVASA QGPTGLGKYL MRS PTGEII FGGETMRFWD FRGPWLEPLR GPNGLDLNKL KNDIQPWQER RAAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEINAVNYV SPRS WLATS HFCLGFFFFV GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRDNEPVLSM RPL

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #8: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 38.459945 KDa
配列文字列: KRGWFDVVDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPT AYLALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSMGHSLL FLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFVALHGS FSLIGFMLRQ FEIARSVKIR PYNAIAFSAP ISVFVSVFLI YPLGQSGWFF A PSFGVAAI ...文字列:
KRGWFDVVDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPT AYLALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSMGHSLL FLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFVALHGS FSLIGFMLRQ FEIARSVKIR PYNAIAFSAP ISVFVSVFLI YPLGQSGWFF A PSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QAEETYSMVT AN RFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NILLNEGIRA WMA AQDQPH EKLVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #9: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 9.204327 KDa
配列文字列:
SGATGERPFS DILTSIRYWV IHSITIPSLF IAGWLFVSTG LAYDVFGSPR PNEYFTEDRQ ETPLITDRFN ALEQVKKLSE V

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #10: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.262068 KDa
配列文字列:
KSYTYPIFTV RWLAVHALAV PTVFFLGAIT AMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 7.223423 KDa
配列文字列:
DTGISTPLGT LLKPLNSEYG KVAPGWGTTV LMGIFMALFA VFLVIILEIY NSSVLLDDVT MSWESLA

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.871545 KDa
配列文字列:
MLTLKIFVYT VVTFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGQ

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.813468 KDa
配列文字列:
GTTGRIPLWL VGTVAGVAVI ALVGIFFYGS YVGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.139958 KDa
配列文字列:
KLPEAYAPFD PIVDVLPVIP VLFLLLALVW QASVSFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 4.259966 KDa
配列文字列:
AKPNPNKQSV ELNRTSLYWG LLLIFVLAVL FSSYIFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 5.621872 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)MEVN ILGVIATALF IIIPTSFLLI LYVKTASQ

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #17: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1

分子名称: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 25.449529 KDa
配列文字列: LTFDQLQGLT YLQVKGTGIA NTCPTLDSGS SNVKDLKPGT YKLGKFCMEP TSFTVKEESQ FKGGDAEFVP TKLMTRLTYT LDEMSGQFK VDGSGNVELK ETDGIDYAPV TVQLPGGERV PFLFSVKELD AKGNADGFGG EFVVPSYRGA TFLDPKGRGA A TGYDTAVA ...文字列:
LTFDQLQGLT YLQVKGTGIA NTCPTLDSGS SNVKDLKPGT YKLGKFCMEP TSFTVKEESQ FKGGDAEFVP TKLMTRLTYT LDEMSGQFK VDGSGNVELK ETDGIDYAPV TVQLPGGERV PFLFSVKELD AKGNADGFGG EFVVPSYRGA TFLDPKGRGA A TGYDTAVA LPAAGDDEEY LKENIKSAGA MKGQAVFSIA KVDAATGEIA GVFESVQPSD TDLGAKAPKD VKITGLWYAQ LS

UniProtKB: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1

+
分子 #18: Chlorophyll a b binding CP29

分子名称: Chlorophyll a b binding CP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 25.803734 KDa
配列文字列: RSGGAGYRQY SGDALWLPNT ERPAWLDGSL PGDRGFDPLG LSRPAEYLQI DLDELDQNAA VNKAGGVVGA FTPVADQVST DSLAPYSEV FGLQRFRECE LIHGRWAMLA CLGALVQEGV TGDSWVAAQT LVYNQPQYAG IDLPFDIYTL AVLNSVLMGG V ELFRNSEL ...文字列:
RSGGAGYRQY SGDALWLPNT ERPAWLDGSL PGDRGFDPLG LSRPAEYLQI DLDELDQNAA VNKAGGVVGA FTPVADQVST DSLAPYSEV FGLQRFRECE LIHGRWAMLA CLGALVQEGV TGDSWVAAQT LVYNQPQYAG IDLPFDIYTL AVLNSVLMGG V ELFRNSEL DPERR(CSU)YPGG AFDPLNLASD DSERTQKLRE AEIKHARLAM VSFLGYTVQA WYTGEGALGS LNKFANGF

+
分子 #19: Chlorophyll a b-binding CP26

分子名称: Chlorophyll a b-binding CP26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 27.369807 KDa
配列文字列: VSRSGGWLGS DSQNINLDKW YGPDRVLYLP GGLLARDEIN PVLNGTLPGD YGYDPLGLAK DAETLAKYRA NELLHARWAM LAAAGAIIP EGLAANGADV KGATWFETGA AMLNGGTLNW FAVPFVNFNN PLPLFAVVAI NVALMAAAEN YRRTEDGPAG Y APGVGKFD ...文字列:
VSRSGGWLGS DSQNINLDKW YGPDRVLYLP GGLLARDEIN PVLNGTLPGD YGYDPLGLAK DAETLAKYRA NELLHARWAM LAAAGAIIP EGLAANGADV KGATWFETGA AMLNGGTLNW FAVPFVNFNN PLPLFAVVAI NVALMAAAEN YRRTEDGPAG Y APGVGKFD ESVYSNMDNL YPGGPFDPLG LADDPEVLAE LKVKEIKNGR LAMVSFLGFA VQAAVTGEGP YANWSKHVAD PF GYNLLTI LSSEDRAAVL

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.47622 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VGTLGIIFFA IFFREPPRIV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.31901 KDa
配列文字列:
NLEIVLQLTA LLFIVAAGPL VIVLLSSRGG NL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Ycf12

+
分子 #22: Photosystem II reaction center W protein

分子名称: Photosystem II reaction center W protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 6.62335 KDa
配列文字列:
LVDDRLAGEG TGKILGINDP SLFWAITIVF TIVWGVFYVS TREIDAASDR ENDDDFGLTL

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.526028 KDa
配列文字列:
AATPSLNNLI GSVVAGGLVL AAIAGAITAV SNFDSIR

+
分子 #24: Multifunctional fusion protein

分子名称: Multifunctional fusion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: diacylglycerol kinase (ATP)
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 23.863996 KDa
配列文字列: VWYGPDRPKF LGPFSDGLVP AYLTGEFPGD YGWDTSGLSA DPETFKKYRT IEVIHARWAM LGALGCIFPE VLEKYSGVQF GEAVWFKAG AQIFADGGLN YLGNSGLVHA QSIVATLVVQ VLLMGAVEIY RANGEGPNGF GEGQDTLYPG GAFDPLGLAD D PDTLAELK ...文字列:
VWYGPDRPKF LGPFSDGLVP AYLTGEFPGD YGWDTSGLSA DPETFKKYRT IEVIHARWAM LGALGCIFPE VLEKYSGVQF GEAVWFKAG AQIFADGGLN YLGNSGLVHA QSIVATLVVQ VLLMGAVEIY RANGEGPNGF GEGQDTLYPG GAFDPLGLAD D PDTLAELK VKEIKNGRLA MLSMLGFFVQ AIVTGKGPLD NLLQHLEEPG EFNFYALYAN SLA

UniProtKB: Multifunctional fusion protein

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 6.727147 KDa
配列文字列:
MLLIFQLALF AFIVVSFLLV VGVPVVLATP EGWAENKGTV FSGIGIWFLL VFLVGILNSF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #26: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3

分子名称: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 15.948137 KDa
配列文字列:
LDLFDDRKAR QAGFDIIYEA RDLDLPQGVR DGLAQARENL DVAKARIKEA EKRIDADLDA YIAKAYWTEG RNELRRQVGT LRFDLNAVA DTLPKAAKKE AQAAKNEFLA AVEALDLQLR KKNGDKAAAA LADTKAKLDA VIAKL

UniProtKB: Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3

+
分子 #27: Chloroplast PsbY

分子名称: Chloroplast PsbY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 3.697331 KDa
配列文字列:
DNRFGTIALL AVPVIGWVLF NILGPLQNQL NAMS

UniProtKB: Chloroplast PsbY

+
分子 #28: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein

分子名称: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 11.657287 KDa
配列文字列:
KIDISKQGLN SIQNETVKLN LMGKSKTMES KDWVDPQGRK GKGYGVYRFA NKYGANVDGY SPIYTPDTWS ESGDSYKLGT KGLIAWAGL IVVLLGVGIN LVISTSALG

UniProtKB: Chloroplast photosystem II 10 kDa protein

+
分子 #29: Photosystem II oxygen evolving enhancer 2

分子名称: Photosystem II oxygen evolving enhancer 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
分子量理論値: 20.416791 KDa
配列文字列:
AYGDAARVFA GNITNKSGFI PYAGEGFALL IPSKWNPSKE QDFPGVVLRY EDNGDAVNNL VVLVQKVGKN NIDELGSPDK FLQDNAYLF GESAAFTGET LSEGGFLPNK VAAASVLDVQ EATDKKGKKY YKYEVLTRSA DGDEGGRHQL IAATVSNGNL Y LIKVQCGD KRWFKGAKRE AIGAWDSFTV

+
分子 #30: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 122 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 270 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 36 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #33: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 44 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 86 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 6 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #36: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 22 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #37: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #38: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 24 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #39: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #40: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #41: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #42: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #43: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #44: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #45: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #46: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #47: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #48: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 4 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #49: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 224 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 詳細: 20 mM MES NaOH pH 6 0.1% alfaDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 21341 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 734768
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 8 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94893
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 12000
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る