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万見
- EMDB-1597: 5-fold averaged density map of Paramecium bursaria Chlorella viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1597
タイトル5-fold averaged density map of Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1).
マップデータ5-fold average density map of Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1).
試料
  • 試料: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1)
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
キーワードPBCV-1 / eukaryotic virus / tail / pocket / 5-fold averaged
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Cherrier MV / Kostyuchenko VA / Xiao C / Bowman VD / Battisti AJ / Yan X / Chipman PR / Baker TS / Van Etten JL / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: An icosahedral algal virus has a complex unique vertex decorated by a spike.
著者: Mickaël V Cherrier / Victor A Kostyuchenko / Chuan Xiao / Valorie D Bowman / Anthony J Battisti / Xiaodong Yan / Paul R Chipman / Timothy S Baker / James L Van Etten / Michael G Rossmann /
要旨: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 is an icosahedrally shaped, 1,900-A-diameter virus that infects unicellular eukaryotic green algae. A 5-fold symmetric, 3D reconstruction using cryoelectron ...Paramecium bursaria Chlorella virus-1 is an icosahedrally shaped, 1,900-A-diameter virus that infects unicellular eukaryotic green algae. A 5-fold symmetric, 3D reconstruction using cryoelectron microscopy images has now shown that the quasiicosahedral virus has a unique vertex, with a pocket on the inside and a spike structure on the outside of the capsid. The pocket might contain enzymes for use in the initial stages of infection. The unique vertex consists of virally coded proteins, some of which have been identified. Comparison of shape, size, and location of the spike with similar features in bacteriophages T4 and P22 suggests that the spike might be a cell-puncturing device. Similar asymmetric features may have been missed in previous analyses of many other viruses that had been assumed to be perfectly icosahedral.
履歴
登録2009年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月21日-
マップ公開2009年6月4日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1597-ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈5-fold average density map of Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8 Å/pix.
x 360 pix.
= 2880. Å		8 Å/pix.
x 360 pix.
= 2880. Å		8 Å/pix.
x 360 pix.
= 2880. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.5 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-13.7163 - 16.923300000000001
平均 (標準偏差)-0.00383085 (±1.0004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 2880 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z888
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2880.0002880.0002880.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-13.71616.923-0.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1)

全体名称: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1)
要素
  • 試料: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1)
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1)

超分子名称: Paramecium bursaria Chlorella virus-1 (PBCV-1) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1

超分子名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PBCV-1 / NCBI-ID: 10506 / 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PBCV-1
宿主生物種: Chlorella NC64A / 別称: ALGAE
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP54 / 直径: 1900 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 228 / 平均電子線量: 22 e/Å2
詳細: All particles were scaled to 4.0A per pixel, then bin twice to 8.0A per pixel.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.473 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.302 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: EUCENTRIC / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT / Legacy - Electron beam tilt params: 0
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 228 / 平均電子線量: 24 e/Å2
詳細: All particles were scaled to 4.0A per pixel, then bin twice to 8.0A per pixel.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.728 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.767 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: EUCENTRIC / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, XMIPP / 詳細: The 3D map was only 5 fold averaged. / 使用した粒子像数: 5149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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