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- EMDB-15969: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15969
タイトルPhotosystem I assembly intermediate of Avena sativa
マップデータ
試料
  • 複合体: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 15種
キーワードPSI structure / assembly intermediate / Monocotyledons / etiolation / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site ...Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Avena sativa (エンバク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naschberger A / Amunts A / Nelson N
資金援助 スウェーデン, イスラエル, 3件
OrganizationGrant number国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchARC19-0051 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa
著者: Naschberger A / Amunts A / Nelson N
履歴
登録2022年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å		0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å		0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.15744515 - 0.43353075
平均 (標準偏差)-0.000014316513 (±0.004097343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 425.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_15969_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15969_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15969_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa

全体名称: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
要素
  • 複合体: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit X
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: Antheraxanthin
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa

超分子名称: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 83.263305 KDa
配列文字列: MIIRSPEPEV KIVVDRDPVK TSFEEWARPG HFSRTLAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAA ...文字列:
MIIRSPEPEV KIVVDRDPVK TSFEEWARPG HFSRTLAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQLWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL SWAGHQIHVS LPINQFLDAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYAEFLTFRG GLDPVTGGLW LTDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GLK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSLNLAM LGSTTIVVAH HMYSMPPYPY LATDYGTQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTTRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPIF AQWV QNIHATAPGV TAPGATTSTS LTWGGGELVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNAISV VIFHFSWKMQ SDVWGTISDQ GMVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSII Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 82.605781 KDa
配列文字列: MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LVAGWLHLQP K WKPSLSWF ...文字列:
MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LVAGWLHLQP K WKPSLSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPASRGEYVR WNNFLDVLPY PQGLGPLLTG QWNLYAQNPD SS NHLFGTA QGAGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAFIFLIA GHMYRTNFGI GHSIKDLLEA HTPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSIHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP AYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTTYGFD ILLSS TNGP AFNAGRSLWL PGWLNAVNEN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 8.909345 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG PETTRSMALS Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 22.081225 KDa
配列文字列: MAMATQASAA TRHLITAAWS PSSKPRAVSL ALPSTRGPAP LCAAASDSPA PATKEPEAAP APAGFVPPQL DPSTPSPIFG GSTGGLLRK AQVEEFYVIT WTSPKEQVFE MPTGGAAIMR EGPNLLKLAR KEQCLALGNR LRSKYKIAYQ FYRVFPNGEV Q YLHPKDGV ...文字列:
MAMATQASAA TRHLITAAWS PSSKPRAVSL ALPSTRGPAP LCAAASDSPA PATKEPEAAP APAGFVPPQL DPSTPSPIFG GSTGGLLRK AQVEEFYVIT WTSPKEQVFE MPTGGAAIMR EGPNLLKLAR KEQCLALGNR LRSKYKIAYQ FYRVFPNGEV Q YLHPKDGV YPEKVNAGRQ GVGQNFRSIG KNVSPIEVKF TGKNTFDV

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 15.298426 KDa
配列文字列:
MASTNMASAT SRFMLAAGMP ARGSSSNRVS FVSSNRLGRR LVVRAEEEPA APPAPTPAVT ETAEGAVATK APAKVKPPPI GPKRGTKVK ILRRESYWYN GTGSVVTVDQ DPNTRYPVVV RFAKVNYAGV STNNYALDEI KEVV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 10.088463 KDa
配列文字列:
YGEKSVYFDL EDIGNTTGQW DLYGSDAPSP YNGLQSKFFN TFAAPFTKRG LLLKFLLLGG GSLLAYVSAS ASPDLLPIKK GPQLPPTPG PRGKI

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 3.995873 KDa
配列文字列:
MTDLNLPSIF VPLVGLVFPA IAMTSLFLYV QKNKIV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 22.575064 KDa
配列文字列: MATAYAPPMA SQLLKSSNSS LVCSKPRGLS GASLTTRRPR FVVKAIKADK PNYQVVQPIN GDPFIGSLET PVTSSPLVAW YLSNLPAYR TAVSPLLRGI EVGLAHGYLL VGPFALTGPL RNTPVHGQAG ALGAIGLVTI LSVVLTMYGV ASFEDGAPST A PSLTLTGR ...文字列:
MATAYAPPMA SQLLKSSNSS LVCSKPRGLS GASLTTRRPR FVVKAIKADK PNYQVVQPIN GDPFIGSLET PVTSSPLVAW YLSNLPAYR TAVSPLLRGI EVGLAHGYLL VGPFALTGPL RNTPVHGQAG ALGAIGLVTI LSVVLTMYGV ASFEDGAPST A PSLTLTGR KKEADKLQTA EGWAQFTGGF FFGGVSGAIW AYFLLYVLDL PYFFK

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 19.346383 KDa
配列文字列:
MALSSVLLSS AATSPPPAAA DIAGLTPCKD SKAFAKREKQ SVKKLTSSLK KYAPDSAPAL AIQATIDKTK RRFENYGKFG LLCGSDGLP HLIVSGDQRH WGEFITPGVL FLYIAGWIGW VGRSYLIAVS GEKKPAMREI IIDVELASKI IPRGFIWPVA A YREWINGD LVVDDADIGY

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit V

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 15.113111 KDa
配列文字列:
MATSTAAVLS PPSVAGLRLA PSPSGRASFR PASSPARRSV AARAALEPSV VISLSTGLSL VLGRFVFFNF QRENVAKQVP AQNGKTHFD AGDVRAKEFA GILKSNDPVG FNIVDVLAWG SIGHIVAYYI LATTSNGYDP TFFSG

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 5.849818 KDa
配列文字列:
MYSNKEGGFS MRDIKTYLSV APVLSTLWFG ALAGLLIEIN RLFPDALSFP FF

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit X

分子名称: Photosystem I reaction center subunit X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 13.583741 KDa
配列文字列:
MASQLSAMTS LPQFHGLRTY SSPRSMATLP SLRKRSQGIR CDYIGSSTNL IMITTTTLML FAGRFGLAPS ANRKATAGLK LEARESGLQ TGDPAGFTLA DTLACGSVGH ILGVGIVLGL KNTGVLDQII G

+
分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 26.137846 KDa
配列文字列: AMASSGLRSC SAVGVPSLLA PSSRFRFCVA SATTTSGRVT MSAEWFPGQP RPAHLDGSSP GDFGFDPLGL ATVPANFERF KESEIYHCR WAMLAVPGVL LPEALGLGNW VKAQEWAAIP GGQATYLGNP VPWGNLPTIL AIEFLAIAFA EQQRTMEKDP E KKKYPGGA ...文字列:
AMASSGLRSC SAVGVPSLLA PSSRFRFCVA SATTTSGRVT MSAEWFPGQP RPAHLDGSSP GDFGFDPLGL ATVPANFERF KESEIYHCR WAMLAVPGVL LPEALGLGNW VKAQEWAAIP GGQATYLGNP VPWGNLPTIL AIEFLAIAFA EQQRTMEKDP E KKKYPGGA FDPLGFSKDP VKFEELKLKE IKNGRLAMLA FVGFVVQQSA YPGTGPLENL GSHLADPWHN NIGDIVIPRN IY SP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 22.706678 KDa
配列文字列: ASAPDRPIWF PGSTPPPWLD GSLPGDFGFD PWGLGSDPES LKWNVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPELLTK IGILNTPSWY TAGEQEYFT DTTTLFVVEL ILIGWAEGRR WADIIKPGSV NTDPIFPNNK LTGTDVGYPG GLWFDPLGYG NASPEKLKEL R TKEIKNGR ...文字列:
ASAPDRPIWF PGSTPPPWLD GSLPGDFGFD PWGLGSDPES LKWNVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPELLTK IGILNTPSWY TAGEQEYFT DTTTLFVVEL ILIGWAEGRR WADIIKPGSV NTDPIFPNNK LTGTDVGYPG GLWFDPLGYG NASPEKLKEL R TKEIKNGR LAMLAVMGAW FQAEYTGTGP IDNLFAHLAD PGHATIFRA

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 29.34452 KDa
配列文字列: MAAQGLLSGR QLLGRPLQSS ISRSSSSRKS SFIVRASSSP PAKQNDNRQL WFASKQSLTY LDGTLPGDFG FDPLGLSDPE GTGGFIEPR WLAYGEIFNG RTAMMGVVGM IAPEALGKVG LVPPETAIPW FQAGAIPPAG TYQYWADPYT LFVFEMALIG F AEHRRLQD ...文字列:
MAAQGLLSGR QLLGRPLQSS ISRSSSSRKS SFIVRASSSP PAKQNDNRQL WFASKQSLTY LDGTLPGDFG FDPLGLSDPE GTGGFIEPR WLAYGEIFNG RTAMMGVVGM IAPEALGKVG LVPPETAIPW FQAGAIPPAG TYQYWADPYT LFVFEMALIG F AEHRRLQD WYNPGSMGKQ YFLGLEKYLG GSGDPAYPGG PIFNPLGFGT KSEKEMKELK LKEIKNGRLA MLAFLGMSLQ AI FTGVGPF QNLLDHLSDP VNNNILTSLK FH

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
分子量理論値: 27.786514 KDa
配列文字列: MSSVSARAPV AALRPSASLP SPRFLGDSGR VALAKSITRR DVAVQAKGAW LPGLASPAYL DGSLAGDNGF DPLALAADPE DLRWFVQAE LVNGRWAMLG VAGMLIPEVL TKGGLLNAPE WYDAGKGEYF ASSSTLFVIE FILFHYVEIR RWQDIKNPGS V NQDPIFKS ...文字列:
MSSVSARAPV AALRPSASLP SPRFLGDSGR VALAKSITRR DVAVQAKGAW LPGLASPAYL DGSLAGDNGF DPLALAADPE DLRWFVQAE LVNGRWAMLG VAGMLIPEVL TKGGLLNAPE WYDAGKGEYF ASSSTLFVIE FILFHYVEIR RWQDIKNPGS V NQDPIFKS YSLPAHECGY PGSVFNPLNF APTLENKEKE LANGRLAMLA FLGFLVQHNV TGKGPFENLQ QHLADPWHNT II QTFSQAP VEEVAAALN

+
分子 #17: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 140 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #19: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 23 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #24: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 18 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #26: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 7 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #27: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #28: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

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分子 #29: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: C7Z
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

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分子 #30: Antheraxanthin

分子名称: Antheraxanthin / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: QDL
分子量理論値: 584.871 Da
Chemical component information

ChemComp-QDL:
Antheraxanthin / アンテラキサンチンA

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分子 #31: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 703 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.346 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96997
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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