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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of Synechococcus elongatus PCC 7942 Rubisco recombinantly expressed from E.coli | |||||||||
![]() | main map | |||||||||
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![]() | Rubisco / Synechococcus / carbon dioxide fixation / recombinant expression / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
![]() | Ni T / Sun Y / Liu LN / Zhang P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Rubisco 著者: Sun Y / Ni T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 93.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 117 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 91.8 MB 91.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bcmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_15966_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_15966_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Synechococcus elongatus PCC 7942 Rubisco recombinantly co-express...
全体 | 名称: Synechococcus elongatus PCC 7942 Rubisco recombinantly co-expressed in E.coli |
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要素 |
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-超分子 #1: Synechococcus elongatus PCC 7942 Rubisco recombinantly co-express...
超分子 | 名称: Synechococcus elongatus PCC 7942 Rubisco recombinantly co-expressed in E.coli タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit
分子 | 名称: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7942 |
分子量 | 理論値: 13.349196 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSMKTLPKER RFETFSYLPP LSDRQIAAQI EYMIEQGFHP LIEFNEHSNP EEFYWTMWKL PLFDCKSPQQ VLDEVRECRS EYGDCYIRV AGFDNIKQCQ TVSFIVHRPG RY UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit |
-分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: PCC 7942 |
分子量 | 理論値: 52.516605 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPKTQSAAGY KAGVKDYKLT YYTPDYTPKD TDLLAAFRFS PQPGVPADEA GAAIAAESST GTWTTVWTDL LTDMDRYKGK CYHIEPVQG EENSYFAFIA YPLDLFEEGS VTNILTSIVG NVFGFKAIRS LRLEDIRFPV ALVKTFQGPP HGIQVERDLL N KYGRPMLG ...文字列: MPKTQSAAGY KAGVKDYKLT YYTPDYTPKD TDLLAAFRFS PQPGVPADEA GAAIAAESST GTWTTVWTDL LTDMDRYKGK CYHIEPVQG EENSYFAFIA YPLDLFEEGS VTNILTSIVG NVFGFKAIRS LRLEDIRFPV ALVKTFQGPP HGIQVERDLL N KYGRPMLG CTIKPKLGLS AKNYGRAVYE CLRGGLDFTK DDENINSQPF QRWRDRFLFV ADAIHKSQAE TGEIKGHYLN VT APTCEEM MKRAEFAKEL GMPIIMHDFL TAGFTANTTL AKWCRDNGVL LHIHRAMHAV IDRQRNHGIH FRVLAKCLRL SGG DHLHSG TVVGKLEGDK ASTLGFVDLM REDHIEADRS RGVFFTQDWA SMPGVLPVAS GGIHVWHMPA LVEIFGDDSV LQFG GGTLG HPWGNAPGAT ANRVALEACV QARNEGRDLY REGGDILREA GKWSPELAAA LDLWKEIKFE FETMDKL UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219865 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8bcm: |