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- EMDB-15930: Structure of Echovirus 11 complexed with DAF (CD55) calculated fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15930
タイトルStructure of Echovirus 11 complexed with DAF (CD55) calculated from symmetry expansion
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Echovirus 11 with DAF
    • タンパク質・ペプチド: Complement decay-accelerating factor
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: SPHINGOSINE
キーワードEchovirus / receptor / CD55 / DAF / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / complement activation, classical pathway / side of membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / Golgi membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein ...: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Complement decay-accelerating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E11 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Stuart DI / Ren J / Qin L / Zhou D
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Switching of Receptor Binding Poses between Closely Related Enteroviruses.
著者: Daming Zhou / Ling Qin / Helen M E Duyvesteyn / Yuguang Zhao / Tzou-Yien Lin / Elizabeth E Fry / Jingshan Ren / Kuan-Ying A Huang / David I Stuart /
要旨: Echoviruses, for which there are currently no approved vaccines or drugs, are responsible for a range of human diseases, for example echovirus 11 (E11) is a major cause of serious neonatal morbidity ...Echoviruses, for which there are currently no approved vaccines or drugs, are responsible for a range of human diseases, for example echovirus 11 (E11) is a major cause of serious neonatal morbidity and mortality. Decay-accelerating factor (DAF, also known as CD55) is an attachment receptor for E11. Here, we report the structure of the complex of E11 and the full-length ectodomain of DAF (short consensus repeats, SCRs, 1-4) at 3.1 Å determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). SCRs 3 and 4 of DAF interact with E11 at the southern rim of the canyon via the VP2 EF and VP3 BC loops. We also observe an unexpected interaction between the N-linked glycan (residue 95 of DAF) and the VP2 BC loop of E11. DAF is a receptor for at least 20 enteroviruses and we classify its binding patterns from reported DAF/virus complexes into two distinct positions and orientations, named as E6 and E11 poses. Whilst 60 DAF molecules can attach to the virion in the E6 pose, no more than 30 can attach to E11 due to steric restrictions. Analysis of the distinct modes of interaction and structure and sequence-based phylogenies suggests that the two modes evolved independently, with the E6 mode likely found earlier.
履歴
登録2022年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-4.773263 - 5.571968
平均 (標準偏差)0.001072152 (±0.070211746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15930_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15930_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Echovirus 11 with DAF

全体名称: Complex of Echovirus 11 with DAF
要素
  • 複合体: Complex of Echovirus 11 with DAF
    • タンパク質・ペプチド: Complement decay-accelerating factor
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: SPHINGOSINE

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超分子 #1: Complex of Echovirus 11 with DAF

超分子名称: Complex of Echovirus 11 with DAF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Echovirus E11 (ウイルス)

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分子 #1: Complement decay-accelerating factor

分子名称: Complement decay-accelerating factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.771059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (MSE)GCVAETGDC GLPPDVPNAQ PALEGRTSFP EDTVITYKCE ESFVKIPGEK DSVICLKGSQ WSDIEEFCNR SCEVPT RLN SASLKQPYIT QNYFPVGTVV EYECRPGYRR EPSLSPKLTC LQNLKWSTAV EFCKKKSCPN PGEIRNGQID VPGGILF GA ...文字列:
(MSE)GCVAETGDC GLPPDVPNAQ PALEGRTSFP EDTVITYKCE ESFVKIPGEK DSVICLKGSQ WSDIEEFCNR SCEVPT RLN SASLKQPYIT QNYFPVGTVV EYECRPGYRR EPSLSPKLTC LQNLKWSTAV EFCKKKSCPN PGEIRNGQID VPGGILF GA TISFSCNTGY KLFGSTSSFC LISGSSVQWS DPLPECREIY CPAPPQIDNG IIQGERDHYG YRQSVTYACN KGFT (MSE)IGEH SIYCTVNNDE GEWSGPPPEC RGGTKHHHHH H

UniProtKB: Complement decay-accelerating factor

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E11 (ウイルス)
分子量理論値: 28.886428 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVAYGRWPE YLSDKEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WEKDSPGWWW KFPDALKDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSDVGG TVNEHAISEG EIAKKFSATA T NGAHTVQS ...文字列:
SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVAYGRWPE YLSDKEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WEKDSPGWWW KFPDALKDM GLFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSDVGG TVNEHAISEG EIAKKFSATA T NGAHTVQS IVTNAGMGVG VGNLTIYPHQ WVNLRTNNSA TIVMPYINSV PMDNMFRHHN FTLMIIPFVS LDYSSDASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL ATSLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E11 (ウイルス)
分子量理論値: 26.029674 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELDIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVVG KLDTMDIFRI PVQSGNHQST QVFGFQVQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA NAPKTRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI ...文字列:
GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELDIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVVG KLDTMDIFRI PVQSGNHQST QVFGFQVQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSVKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA NAPKTRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VHQDEYTSAG NVTCWYQTGI VVPAGTPTLC SIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFIEQSALLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E11 (ウイルス)
分子量理論値: 32.284262 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDVVEAIEGA VARVADTISS GPTNSQAVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTIENFLSR SACVYMGEYY TTNTDETKR FASWTINARR MVQMRRKLEM FTYVRFDVEV TFVITSKQDQ GTQLGQDMPP LTHQIMYIPP GGPIPKSTTD Y AWQTSTNP ...文字列:
GDVVEAIEGA VARVADTISS GPTNSQAVPA LTAVETGHTS QVVPGDTMQT RHVKNYHSRS ESTIENFLSR SACVYMGEYY TTNTDETKR FASWTINARR MVQMRRKLEM FTYVRFDVEV TFVITSKQDQ GTQLGQDMPP LTHQIMYIPP GGPIPKSTTD Y AWQTSTNP SIFWTEGNAP PRMSIPFVSI GNAYSNFYDG WSHFSQNGVY GYNTLNNMGQ LYMRHVNGPS PLPMTSIVRV YF KPKHVKA WVPRPPRLCQ YKNASTVNFS STNITDKRDS ITHVPDTVKP

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1h8t

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 201358
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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