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- EMDB-1590: Structure of the Manduca sexta V-ATPase by cryo-electron microscopy -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1590
タイトルStructure of the Manduca sexta V-ATPase by cryo-electron microscopy
マップデータManduca sexta vacuolar ATPase
試料
  • 試料: Manduca sexta vacuolar ATPase complex
  • 細胞器官・細胞要素: membrane proton pump
キーワードH-ATPase / V-ATPase / cryo-electron microscopy / vacuolar membrane
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Muench SP / Huss M / Phillips C / Song CF / Wieczorek H / Trinick J / Harrison MA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Cryo-electron microscopy of the vacuolar ATPase motor reveals its mechanical and regulatory complexity.
著者: Stephen P Muench / Markus Huss / Chun Feng Song / Clair Phillips / Helmut Wieczorek / John Trinick / Michael A Harrison /
要旨: The vacuolar H+-ATPase (V-ATPase) is an ATP-driven rotary molecular motor that is a transmembrane proton pump in all eukaryotic cells. Although its activity is fundamental to many physiological ...The vacuolar H+-ATPase (V-ATPase) is an ATP-driven rotary molecular motor that is a transmembrane proton pump in all eukaryotic cells. Although its activity is fundamental to many physiological processes, our understanding of the structure and mechanism of the V-ATPase is poor. Using cryo-electron microscopy of the tobacco hornworm (Manduca sexta) enzyme, we have calculated the first 3D reconstruction of the intact pump in its native state. The resolution of 16.5 A is significantly higher than that of previous cryo-electron microscopy models of either V-ATPase or the related F1F0-ATPase. A network of four stalk structures connecting the V1 catalytic domain and the V0 membrane domain is now fully resolved, demonstrating substantially greater complexity than that found in the F-ATPase. Three peripheral stator stalks connect these domains to a horizontal collar that partly encircles the region between V1 and V0. The fourth stalk is a central axle that connects to V0 but makes minimal contact with V1. Several subunit crystal structures can be fit accurately into the reconstruction. The model thus provides new insights into the organisation of key components involved in mechanical coupling between the domains and regulation of activity.
履歴
登録2009年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年1月7日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1590.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Manduca sexta vacuolar ATPase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.36 Å/pix.
x 100 pix.
= 436. Å		4.36 Å/pix.
x 100 pix.
= 436. Å		4.36 Å/pix.
x 100 pix.
= 436. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.05 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.0450027 - 0.53537
平均 (標準偏差)0.00011227 (±0.0319842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-49-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 436 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.364.36
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.000436.000436.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-165-165-40
NX/NY/NZ33033081
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-49-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0450.5350.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Manduca sexta vacuolar ATPase complex

全体名称: Manduca sexta vacuolar ATPase complex
要素
  • 試料: Manduca sexta vacuolar ATPase complex
  • 細胞器官・細胞要素: membrane proton pump

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超分子 #1000: Manduca sexta vacuolar ATPase complex

超分子名称: Manduca sexta vacuolar ATPase complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa

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超分子 #1: membrane proton pump

超分子名称: membrane proton pump / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: V-ATPase / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Manduca sexta (蝶・蛾) / 別称: tobacco hornworm / 組織: midgut

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8.1
詳細: 150 mM NaCl, 9.6 mM B mercaptoethanol, 20 mM TrisHCl. Solubilised in C12E10 detergent
グリッド詳細: 300 mesh Cu Lacey grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 22 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Computer controlled blotting device
手法: A small vial of ethane was placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. 3ul of protein sample was then applied to a lacey grid which had been glow discharged for 30 seconds prior to use. ...手法: A small vial of ethane was placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. 3ul of protein sample was then applied to a lacey grid which had been glow discharged for 30 seconds prior to use. The grid was then blotted (1.6 seconds) and quickly frozen in liquid ethane using a computer operated device as described in White et al., 2003, J. Struct, Biol 144 246-252

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 22 K
アライメント法Legacy - 非点収差: astigmatism corrected at 100,000 magnification
日付2007年11月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.0 µm / 実像数: 320 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan side entry cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked using BOXER
CTF補正詳細: phase flipping each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic Eman / 使用した粒子像数: 11742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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