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万見
- EMDB-15883: Mpf2Ba1 pore -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15883
タイトルMpf2Ba1 pore
マップデータCryoEM density of Mpf2Ba1 pore
試料
  • 複合体: Mpf2Ba1 21-mer pore
    • タンパク質・ペプチド: Mpf2Ba1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードPore-forming protein / pore / oligomer / insecticidal / pesticide / toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MACPF/perforin-like, beta-prism domain / MABP domain / MABP domain profile. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MACPF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas monteilii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Marini G / Poland B / Leininger C / Lukoyanova N / Spielbauer D / Barry J / Altier D / Lum A / Scolaro E / Perez Ortega C ...Marini G / Poland B / Leininger C / Lukoyanova N / Spielbauer D / Barry J / Altier D / Lum A / Scolaro E / Perez Ortega C / Yalpani N / Sandahl G / Mabry T / Klever J / Nowatzki T / Zhao JZ / Sethi A / Kassa A / Crane V / Lu A / Nelson ME / Eswar N / Topf M / Saibil HR
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural journey of an insecticidal protein against western corn rootworm.
著者: Guendalina Marini / Brad Poland / Chris Leininger / Natalya Lukoyanova / Dan Spielbauer / Jennifer K Barry / Dan Altier / Amy Lum / Eric Scolaro / Claudia Pérez Ortega / Nasser Yalpani / ...著者: Guendalina Marini / Brad Poland / Chris Leininger / Natalya Lukoyanova / Dan Spielbauer / Jennifer K Barry / Dan Altier / Amy Lum / Eric Scolaro / Claudia Pérez Ortega / Nasser Yalpani / Gary Sandahl / Tim Mabry / Jeffrey Klever / Timothy Nowatzki / Jian-Zhou Zhao / Amit Sethi / Adane Kassa / Virginia Crane / Albert L Lu / Mark E Nelson / Narayanan Eswar / Maya Topf / Helen R Saibil /
要旨: The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity ...The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity and new proteins are urgently needed to replace those utilized for existing transgenic traits. We identified an insecticidal membrane attack complex/perforin (MACPF) protein, Mpf2Ba1, with strong activity against the devastating coleopteran pest western corn rootworm (WCR) and a novel site of action. Using an integrative structural biology approach, we determined monomeric, pre-pore and pore structures, revealing changes between structural states at high resolution. We discovered an assembly inhibition mechanism, a molecular switch that activates pre-pore oligomerization upon gut fluid incubation and solved the highest resolution MACPF pore structure to-date. Our findings demonstrate not only the utility of Mpf2Ba1 in the development of biotechnology solutions for protecting maize from WCR to promote food security, but also uncover previously unknown mechanistic principles of bacterial MACPF assembly.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM density of Mpf2Ba1 pore
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 450 pix.
= 480.15 Å		1.07 Å/pix.
x 450 pix.
= 480.15 Å		1.07 Å/pix.
x 450 pix.
= 480.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.078
最小 - 最大-0.043810617 - 1.550782
平均 (標準偏差)0.0011804205 (±0.021977443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 480.15002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Mpf2Ba1 pore halfmap B

ファイルemd_15883_half_map_1.map
注釈Mpf2Ba1 pore halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mpf2Ba1 pore halfmap A

ファイルemd_15883_half_map_2.map
注釈Mpf2Ba1 pore halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mpf2Ba1 21-mer pore

全体名称: Mpf2Ba1 21-mer pore
要素
  • 複合体: Mpf2Ba1 21-mer pore
    • タンパク質・ペプチド: Mpf2Ba1
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Mpf2Ba1 21-mer pore

超分子名称: Mpf2Ba1 21-mer pore / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas monteilii (バクテリア)

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分子 #1: Mpf2Ba1

分子名称: Mpf2Ba1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas monteilii (バクテリア)
分子量理論値: 49.961504 KDa
配列文字列: TVLPGVEAIG LGYNPFISYA SVNSGAVQLF DWATAKKREV PFKAGYFVPE IVDVQQNDSA TYTNVSGNTI SEYQRSLATS VAIEGRYNF FSGSLSTDFD SNSLRNAENE FTRIQQSINL WSLRLPSVKS LRELMLPHMR QQLDELNVND PKAISRYFDR V GSHFLTGI ...文字列:
TVLPGVEAIG LGYNPFISYA SVNSGAVQLF DWATAKKREV PFKAGYFVPE IVDVQQNDSA TYTNVSGNTI SEYQRSLATS VAIEGRYNF FSGSLSTDFD SNSLRNAENE FTRIQQSINL WSLRLPSVKS LRELMLPHMR QQLDELNVND PKAISRYFDR V GSHFLTGI VMGGRAILAS STNKLRVKRD YSVSVVAKAS YEGLTGQLSA EAKAKYGESI SSFTQYSNTH QEVRGGDGAK AH GVFSGKK EDFQAWVDSV SASPDFVDFV PTIPMQEIWT LCSSEAQAEA MRKHYDDVWA PAQSEKYRVK ANYIDQLVVI TGG SSTIEP PVGYSKIEYD LNAGAGGDFI YLCYHEQTWQ ADRPKDAVTD IRIIFNKEPT PPGYTKLPQD LNKGAGGDDV FLCY KTEAY NTDTAINKVT VIGGNNADIN APYGYLKVPG DLNRGAGGNF IYACTFVGK

UniProtKB: MACPF domain-containing protein

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 21 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1413104
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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