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万見
- EMDB-15858: Negative stain EM map of human RE1-silencing transcription factor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15858
タイトルNegative stain EM map of human RE1-silencing transcription factor
マップデータREST negative staining EM map
試料
  • 複合体: RE1-silencing transcription factor
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.5 Å
データ登録者Pinkas M / Brom T / Novacek J / Veverka P / Janovic T / Stojaspal M / Hofr C
資金援助 チェコ, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
Czech Science Foundation19-18226S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLTAUSA19024 チェコ
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023
タイトル: Electron microscopy reveals toroidal shape of master neuronal cell differentiator REST - RE1-silencing transcription factor.
著者: Pavel Veverka / Tomáš Brom / Tomáš Janovič / Martin Stojaspal / Matyáš Pinkas / Jiří Nováček / Ctirad Hofr /
要旨: The RE1-Silencing Transcription factor (REST) is essential for neuronal differentiation. Here, we report the first 18.5-angstrom electron microscopy structure of human REST. The refined electron map ...The RE1-Silencing Transcription factor (REST) is essential for neuronal differentiation. Here, we report the first 18.5-angstrom electron microscopy structure of human REST. The refined electron map suggests that REST forms a torus that can accommodate DNA double-helix in the central hole. Additionally, we quantitatively described REST binding to the canonical DNA sequence of the neuron-restrictive silencer element. We developed protocols for the expression and purification of full-length REST and the shortened variant REST-N62 produced by alternative splicing. We tested the mutual interaction of full-length REST and the splicing variant REST-N62. Revealed structure-function relationships of master neuronal repressor REST will allow finding new biological ways of prevention and treatment of neurodegenerative disorders and diseases.
履歴
登録2022年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈REST negative staining EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.65 Å/pix.
x 128 pix.
= 338.816 Å		2.65 Å/pix.
x 128 pix.
= 338.816 Å		2.65 Å/pix.
x 128 pix.
= 338.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.59
最小 - 最大-0.37291563 - 4.853586
平均 (標準偏差)0.028313309 (±0.19568415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 338.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: REST half1 map

ファイルemd_15858_half_map_1.map
注釈REST half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: REST half2 map

ファイルemd_15858_half_map_2.map
注釈REST half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RE1-silencing transcription factor

全体名称: RE1-silencing transcription factor
要素
  • 複合体: RE1-silencing transcription factor

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超分子 #1: RE1-silencing transcription factor

超分子名称: RE1-silencing transcription factor / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: nucleus, cytoplasm
分子量理論値: 122 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaPisodium phosphate
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: Buffer was prepared fresh then it was filtered by 0,22 um filter and degassed using ultrasound.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3540
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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