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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15858 | ||||||||||||
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タイトル | Negative stain EM map of human RE1-silencing transcription factor | ||||||||||||
マップデータ | REST negative staining EM map | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pinkas M / Brom T / Novacek J / Veverka P / Janovic T / Stojaspal M / Hofr C | ||||||||||||
資金援助 | チェコ, 3件
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引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2023 タイトル: Electron microscopy reveals toroidal shape of master neuronal cell differentiator REST - RE1-silencing transcription factor. 著者: Pavel Veverka / Tomáš Brom / Tomáš Janovič / Martin Stojaspal / Matyáš Pinkas / Jiří Nováček / Ctirad Hofr / 要旨: The RE1-Silencing Transcription factor (REST) is essential for neuronal differentiation. Here, we report the first 18.5-angstrom electron microscopy structure of human REST. The refined electron map ...The RE1-Silencing Transcription factor (REST) is essential for neuronal differentiation. Here, we report the first 18.5-angstrom electron microscopy structure of human REST. The refined electron map suggests that REST forms a torus that can accommodate DNA double-helix in the central hole. Additionally, we quantitatively described REST binding to the canonical DNA sequence of the neuron-restrictive silencer element. We developed protocols for the expression and purification of full-length REST and the shortened variant REST-N62 produced by alternative splicing. We tested the mutual interaction of full-length REST and the splicing variant REST-N62. Revealed structure-function relationships of master neuronal repressor REST will allow finding new biological ways of prevention and treatment of neurodegenerative disorders and diseases. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15858.map.gz | 6.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15858-v30.xml emd-15858.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15858_fsc.xml | 4.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15858.png | 69.4 KB | ||
その他 | emd_15858_half_map_1.map.gz emd_15858_half_map_2.map.gz | 7.4 MB 7.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15858 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15858_validation.pdf.gz | 496.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15858_full_validation.pdf.gz | 495.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15858_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15858_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15858 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | REST negative staining EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.647 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: REST half1 map
ファイル | emd_15858_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | REST half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: REST half2 map
ファイル | emd_15858_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | REST half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RE1-silencing transcription factor
全体 | 名称: RE1-silencing transcription factor |
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要素 |
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-超分子 #1: RE1-silencing transcription factor
超分子 | 名称: RE1-silencing transcription factor / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: nucleus, cytoplasm |
分子量 | 理論値: 122 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Buffer was prepared fresh then it was filtered by 0,22 um filter and degassed using ultrasound. | |||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS F200C |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |