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- EMDB-15851: Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15851
タイトルCryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum
マップデータRELION masked postprocessing map
試料
  • 複合体: CydAB heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
  • リガンド: HEME B/C
キーワードCytochrome bd oxidase / CydAB / Membrane protein / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 / Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 2 / Cytochrome bd terminal oxidase subunit I / Cytochrome bd terminal oxidase subunit II
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II / Cytochrome bd-type menaquinol oxidase subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Grund TN / Kusumoto T / Michel H / Sakamoto J / Safarian S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum
著者: Grund TN / Michel H / Safarian S
履歴
登録2022年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RELION masked postprocessing map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.272 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.272 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 214.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0125
最小 - 最大-0.030817082 - 0.058509797
平均 (標準偏差)-0.000055398083 (±0.0014957341)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 214.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15851_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RELION masked 3D refinement map

ファイルemd_15851_additional_1.map
注釈RELION masked 3D refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RELION 3D refinement half map 1

ファイルemd_15851_half_map_1.map
注釈RELION 3D refinement half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RELION 3D refinement half map 2

ファイルemd_15851_half_map_2.map
注釈RELION 3D refinement half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CydAB heterodimer

全体名称: CydAB heterodimer
要素
  • 複合体: CydAB heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
  • リガンド: HEME B/C

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超分子 #1: CydAB heterodimer

超分子名称: CydAB heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
分子量理論値: 93 KDa

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分子 #1: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II

分子名称: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: cydB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
分子量理論値: 36.261582 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
配列文字列: MDHNTFWFIL IAFLFSGYFL LEGFDFGVGI LAPIIGKDSA ARNTVIRTIG PVWDGNEVWL IVAGGALFAA FPEWYATMFS GMYLPLFLV LVSLIIRVVG LEWRKKVDDP RWQKWSDRAI FIGSWTPPLM WGFIFANILR GMPIKADHTI DAAAALPGMV N VFAILGAL ...文字列:
MDHNTFWFIL IAFLFSGYFL LEGFDFGVGI LAPIIGKDSA ARNTVIRTIG PVWDGNEVWL IVAGGALFAA FPEWYATMFS GMYLPLFLV LVSLIIRVVG LEWRKKVDDP RWQKWSDRAI FIGSWTPPLM WGFIFANILR GMPIKADHTI DAAAALPGMV N VFAILGAL AFTALFALHG LAFIRLKTAG RVRTDAAKAA PGVALLAAVT GGPFVLWAAI AYGRSWSWIL AVLIIAAVLG GA FALIKDR DGLSFLSTSV AVIGVVALLF SSLFPNVMPT TLADGVSLDI WNASASHYAL TILTWTAAVI APLVVLYQGW TYW VFRKRL HAEPVSA

UniProtKB: Cytochrome bd-type quinol oxidase subunit II

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分子 #2: Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I

分子名称: Cytochrome BD ubiquinol oxidase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: CydA / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
分子量理論値: 56.678461 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
配列文字列: MDVVDIARWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LVAIMQTFWQ VTGKEHWYRA TRFFGTVLLI NFAVGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD VFGGPLALEG LIAFFLESVF LGLWIFGWGK IPGWLHTASI WIVAIATNIS AYFIIVANSF MQHPVGAEYN P ETGRAELT ...文字列:
MDVVDIARWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LVAIMQTFWQ VTGKEHWYRA TRFFGTVLLI NFAVGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD VFGGPLALEG LIAFFLESVF LGLWIFGWGK IPGWLHTASI WIVAIATNIS AYFIIVANSF MQHPVGAEYN P ETGRAELT DFWALLTNST ALAAFPHAVA GGFLTAGTFV LGISGWWIIR AHRQAKKAEA EIESKHSMHR PALWVGWWTT VV SSVALFI TGDTQAKLMF VQQPMKMASA ESLCETATDP NFSILTIGTH NNCDTVTHLI DVPFVLPFLA EGKFTGVTLQ GVN QLQAAA EQAYGPGNYS PNLFVTYWSF RAMIGLMLGS LAIAAIAWLL LRKKRTPTGK IARLFQIGSL IAIPFPFLAN SAGW IFTEM GRQPWVVHPN PESAGDARTE MIRMTVDMGV SDHAPWQVWL TLIGFTILYL ILFVVWVWLI RRAVLIGPPE EGAPS VEAK TGPATPIGSD MPMTPLQFTA AAPTTREKE

UniProtKB: Cytochrome bd-type menaquinol oxidase subunit I

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分子 #3: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

分子名称: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: HDD
分子量理論値: 632.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HDD:
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

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分子 #4: HEME B/C

分子名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HEB
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEB:
HEME B/C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 107.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 995398
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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