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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15845 | |||||||||
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タイトル | In situ Dictyostelium discoideum 80S ribosome with eEF2, P-tRNA, and E-tRNA bound | |||||||||
マップデータ | Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound | |||||||||
試料 |
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キーワード | eukaryotic ribosome / translation / tRNA / expansion segments / elongation factor / eEF2 / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoffmann PC / Kreysing JP / Khusainov I / Tuijtel MW / Welsch S / Beck M | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures of the eukaryotic ribosome and its translational states in situ. 著者: Patrick C Hoffmann / Jan Philipp Kreysing / Iskander Khusainov / Maarten W Tuijtel / Sonja Welsch / Martin Beck / 要旨: Ribosomes translate genetic information into primary structure. During translation, various cofactors transiently bind to the ribosome that undergoes prominent conformational and structural changes. ...Ribosomes translate genetic information into primary structure. During translation, various cofactors transiently bind to the ribosome that undergoes prominent conformational and structural changes. Different translational states of ribosomes have been well characterized in vitro. However, to which extent the known translational states are representative of the native situation inside cells has thus far only been addressed in prokaryotes. Here, we apply cryo-electron tomography to cryo-FIB milled Dictyostelium discoideum cells combined with subtomogram averaging and classification. We obtain an in situ structure that is locally resolved up to 3 Angstrom, the distribution of eukaryotic ribosome translational states, and unique arrangement of rRNA expansion segments. Our work demonstrates the use of in situ structural biology techniques for identifying distinct ribosome states within the cellular environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15845.map.gz | 5.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15845-v30.xml emd-15845.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15845_fsc.xml | 6.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15845.png | 112.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15845.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_15845_half_map_1.map.gz emd_15845_half_map_2.map.gz | 17 MB 17 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15845 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15845_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15845_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15845_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15845_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15845 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3936 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound
ファイル | emd_15845_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound
ファイル | emd_15845_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Dictyostelium 80S ribosome with eEF2, P-tRNA and E-tRNA bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.
全体 | 名称: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells. |
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要素 |
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-超分子 #1: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.
超分子 | 名称: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Cells from axenic Dictyostelium discoideum strain Ax2-214 with integrated GFP-Nup62 grown in HL5 medium were plunge frozen on Au 200mesh EM support grids. |
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由来(天然) | 生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ) 株: Ax2-214 / 細胞中の位置: cytoplasm of perinuclear region |
分子量 | 理論値: 4.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |