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- EMDB-15836: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C (1:1 co-transfected) Vo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15836
タイトルCryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C (1:1 co-transfected) Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
マップデータ
試料
  • 複合体: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
    • 複合体: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex
      • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
      • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
    • 複合体: Synthetic nanobody Sb1
      • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody Sb1
キーワードIon channel / Volume-regulated anion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Sawicka M / Dutzler R
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of a volume-regulated heteromeric LRRC8A/C channel.
著者: Sonja Rutz / Dawid Deneka / Antje Dittmann / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions ...Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions determine permeation properties. Although structures of the obligatory LRRC8A, also referred to as SWELL1, have previously defined the architecture of VRACs, the organization of heteromeric channels has remained elusive. Here we have addressed this question by the structural characterization of murine LRRC8A/C channels. Like LRRC8A, these proteins assemble as hexamers. Despite 12 possible arrangements, we find a predominant organization with an A:C ratio of two. In this assembly, four LRRC8A subunits cluster in their preferred conformation observed in homomers, as pairs of closely interacting proteins that stabilize a closed state of the channel. In contrast, the two interacting LRRC8C subunits show a larger flexibility, underlining their role in the destabilization of the tightly packed A subunits, thereby enhancing the activation properties of the protein.
履歴
登録2022年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15836.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å		1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å		1.3 Å/pix.
x 336 pix.
= 437.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.302 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.066240236 - 0.12076819
平均 (標準偏差)0.00016158712 (±0.0021058798)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 437.47202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15836_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Masked transmembrane region at 3.3 A

ファイルemd_15836_additional_1.map
注釈Masked transmembrane region at 3.3 A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Masked region of a single pair of tightly...

ファイルemd_15836_additional_2.map
注釈Masked region of a single pair of tightly interacting subunit A leucine-rich repeat domains and bound Sb1 sybodies at 3.8 A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15836_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15836_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex wi...

全体名称: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
要素
  • 複合体: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
    • 複合体: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex
      • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
      • タンパク質・ペプチド: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C
    • 複合体: Synthetic nanobody Sb1
      • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody Sb1

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超分子 #1: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex wi...

超分子名称: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex

超分子名称: Heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel in complex
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Synthetic nanobody Sb1

超分子名称: Synthetic nanobody Sb1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 95.056312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSIPVTELRY FADTQPAYRI LKPWWDVFTD YISIVMLMIA VFGGTLQVTQ DKMICLPCKW VTKDSCNDSF RGWAASSPEP TYPNSTVLP TPDTGPTGIK YDLDRHQYNY VDAVCYENRL HWFAKYFPYL VLLHTLIFLA CSNFWFKFPR TSSKLEHFVS I LLKCFDSP ...文字列:
MSIPVTELRY FADTQPAYRI LKPWWDVFTD YISIVMLMIA VFGGTLQVTQ DKMICLPCKW VTKDSCNDSF RGWAASSPEP TYPNSTVLP TPDTGPTGIK YDLDRHQYNY VDAVCYENRL HWFAKYFPYL VLLHTLIFLA CSNFWFKFPR TSSKLEHFVS I LLKCFDSP WTTRALSETV VEESDPKPAF SKMNGSMDKK SSTVSEDVEA TVPMLQRTKS RIEQGIVDRS ETGVLDKKEG EQ AKALFEK VKKFRTHVEE GDIVYRLYMR QTIIKVIKFA LIICYTVYYV HNIKFDVDCT VDIESLTGYR TYRCAHPLAT LFK ILASFY ISLVIFYGLI CMYTLWWMLR RSLKKYSFES IREESSYSDI PDVKNDFAFM LHLIDQYDPL YSKRFAVFLS EVSE NKLRQ LNLNNEWTLD KLRQRLTKNA QDKLELHLFM LSGIPDTVFD LVELEVLKLE LIPDVTIPPS IAQLTGLKEL WLYHT AAKI EAPALAFLRE NLRALHIKFT DIKEIPLWIY SLKTLEELHL TGNLSAENNR YIVIDGLREL KRLKVLRLKS NLSKLP QVV TDVGVHLQKL SINNEGTKLI VLNSLKKMVN LTELELIRCD LERIPHSIFS LHNLQEIDLK DNNLKTIEEI ISFQHLH RL TCLKLWYNHI AYIPIQIGNL TNLERLYLNR NKIEKIPTQL FYCRKLRYLD LSHNNLTFLP ADIGLLQNLQ NLAVTANR I EALPPELFQC RKLRALHLGN NVLQSLPSRV GELTNLTQIE LRGNRLECLP VELGECPLLK RSGLVVEEDL FSTLPPEVK ERLWRADKEQ ALEVLFQ

UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A

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分子 #2: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

分子名称: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 93.472594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSIPVTEFRQ FSEQQPAFRV LKPWWDVFTD YLSVAMLMIG VFGCTLQVMQ DKIICLPKRV QPAQNHSSVP NVSQAVISTT PLPPPKPSP TNPATVEMKG LKTDLDLQQY SFINQMCYER ALHWYAKYFP YLVLIHTLVF MLCSNFWFKF PGSSSKIEHF I SILGKCFD ...文字列:
MSIPVTEFRQ FSEQQPAFRV LKPWWDVFTD YLSVAMLMIG VFGCTLQVMQ DKIICLPKRV QPAQNHSSVP NVSQAVISTT PLPPPKPSP TNPATVEMKG LKTDLDLQQY SFINQMCYER ALHWYAKYFP YLVLIHTLVF MLCSNFWFKF PGSSSKIEHF I SILGKCFD SPWTTRALSE VSGEDSEEKD NRKNNMNRSG TIQSGPEGNL VRSQSLKSIP EKFVVDKSAA GALDKKEGEQ AK ALFEKVK KFRLHVEEGD ILYAMYVRQT VLKVIKFLII IAYNSALVSK VQFTVDCNVD IQDMTGYKNF SCNHTMAHLF SKL SFCYLC FVSIYGLTCL YTLYWLFYRS LREYSFEYVR QETGIDDIPD VKNDFAFMLH MIDQYDPLYS KRFAVFLSEV SENK LKQLN LNNEWTPDKL RQKLQTNAHN RLELPLIMLS GLPDTVFEIT ELQSLKLEII KNVMIPATIA QLDNLQELCL HQCSV KIHS AALSFLKENL KVLSVKFDDM RELPPWMYGL RNLEELYLVG SLSHDISKNV TLESLRDLKS LKILSIKSNV SKIPQA VVD VSSHLQKMCV HNDGTKLVML NNLKKMTNLT ELELVHCDLE RIPHAVFSLL SLQELDLKEN NLKSIEEIVS FQHLRKL TV LKLWYNSIAY IPEHIKKLTS LERLFFSHNK VEVLPSHLFL CNKIRYLDLS YNDIRFIPPE IGVLQSLQYF SITCNKVE S LPDELYFCKK LKTLKIGKNS LSVLSPKIGN LLFLSYLDIK GNHFEVLPPE LGDCRALKRA RLVVEDALFE TLPSDVREQ MKADALEVLF Q

UniProtKB: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8C

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分子 #3: Synthetic nanobody Sb1

分子名称: Synthetic nanobody Sb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.115529 KDa
組換発現生物種: E. coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
GPSQVQLVES GGGLVQAGGS LRLSCAASGF PVGRHFMYWY RQAPGKEREW VAAIYSYGEY TEYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC YVYVGNEYWG QGTQVTVSA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 329716
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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