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万見
- EMDB-15829: CRL4CSA-E2-Ub (state 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15829
タイトルCRL4CSA-E2-Ub (state 2)
マップデータThe main map.
試料
  • 複合体: C(N)RL4CSA-E2-Ub complex.
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
    • タンパク質・ペプチド: NEDD8
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-4A
  • リガンド: ZINC ION
キーワードDNA repair / transcription / ubiqutin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of granulocyte differentiation / single strand break repair / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / regulation of DNA damage checkpoint ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / negative regulation of granulocyte differentiation / single strand break repair / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / regulation of DNA damage checkpoint / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / spindle assembly involved in female meiosis / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of proteolysis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein autoubiquitination / UV-damage excision repair / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / biological process involved in interaction with symbiont / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of response to oxidative stress / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex scaffold activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / protein monoubiquitination / viral release from host cell / ubiquitin conjugating enzyme activity / cullin family protein binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / anatomical structure morphogenesis / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein autoubiquitination / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / response to UV / ubiquitin ligase complex / positive regulation of gluconeogenesis / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of TORC1 signaling / VLDLR internalisation and degradation / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / regulation of cellular response to insulin stimulus / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of DNA repair / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival
類似検索 - 分子機能
DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain ...DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Nedd8-like ubiquitin / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA excision repair protein ERCC-8 / Cullin-4A / NEDD8 / DNA damage-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kokic G / Cramer P
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Investigator Grant CHROMATRANS (grant agreement No. 882357)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: C(N)RL4CSA-E2-Ub (state 2)
著者: Kokic G / Cramer P
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15829.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15829.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The main map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å		1.05 Å/pix.
x 340 pix.
= 357. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.26
最小 - 最大-2.6552105 - 5.3308387
平均 (標準偏差)-0.00025346928 (±0.13746336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 356.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map corresponding to the main map.

ファイルemd_15829_half_map_1.map
注釈Half map corresponding to the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map corresponding to the main map.

ファイルemd_15829_half_map_2.map
注釈Half map corresponding to the main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C(N)RL4CSA-E2-Ub complex.

全体名称: C(N)RL4CSA-E2-Ub complex.
要素
  • 複合体: C(N)RL4CSA-E2-Ub complex.
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
    • タンパク質・ペプチド: NEDD8
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-4A
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: C(N)RL4CSA-E2-Ub complex.

超分子名称: C(N)RL4CSA-E2-Ub complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.755227 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALKRIHKEL NDLARDPPAQ CSAGPVGDDM FHWQATIMGP NDSPYQGGVF FLTIHFPTDY PFKPPKVAFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RSQWSPALTI SKVLLSICSL LCDPNPDDPL VPEIARIYKT DREKYNRIAR EWTQKYAM

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

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分子 #2: NEDD8

分子名称: NEDD8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.573978 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLIKVKTLTG KEIEIDIEPT DKVERIKERV EEKEGIPPQQ QRLIYSGKQM NDEKTAADYK ILGGSVLHLV LALRGG

UniProtKB: NEDD8

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分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.289977 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

-
分子 #4: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #5: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.10716 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

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分子 #6: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #7: Cullin-4A

分子名称: Cullin-4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.814297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADEAPRKGS FSALVGRTNG LTKPAALAAA PAKPGGAGGS KKLVIKNFRD RPRLPDNYTQ DTWRKLHEAV RAVQSSTSIR YNLEELYQA VENLCSHKVS PMLYKQLRQA CEDHVQAQIL PFREDSLDSV LFLKKINTCW QDHCRQMIMI RSIFLFLDRT Y VLQNSTLP ...文字列:
MADEAPRKGS FSALVGRTNG LTKPAALAAA PAKPGGAGGS KKLVIKNFRD RPRLPDNYTQ DTWRKLHEAV RAVQSSTSIR YNLEELYQA VENLCSHKVS PMLYKQLRQA CEDHVQAQIL PFREDSLDSV LFLKKINTCW QDHCRQMIMI RSIFLFLDRT Y VLQNSTLP SIWDMGLELF RTHIISDKMV QSKTIDGILL LIERERSGEA VDRSLLRSLL GMLSDLQVYK DSFELKFLEE TN CLYAAEG QRLMQEREVP EYLNHVSKRL EEEGDRVITY LDHSTQKPLI ACVEKQLLGE HLTAILQKGL DHLLDENRVP DLA QMYQLF SRVRGGQQAL LQHWSEYIKT FGTAIVINPE KDKDMVQDLL DFKDKVDHVI EVCFQKNERF VNLMKESFET FINK RPNKP AELIAKHVDS KLRAGNKEAT DEELERTLDK IMILFRFIHG KDVFEAFYKK DLAKRLLVGK SASVDAEKSM LSKLK HECG AAFTSKLEGM FKDMELSKDI MVHFKQHMQN QSDSGPIDLT VNILTMGYWP TYTPMEVHLT PEMIKLQEVF KAFYLG KHS GRKLQWQTTL GHAVLKAEFK EGKKEFQVSL FQTLVLLMFN EGDGFSFEEI KMATGIEDSE LRRTLQSLAC GKARVLI KS PKGKEVEDGD KFIFNGEFKH KLFRIKINQI QMKETVEEQV STTERVFQDR QYQIDAAIVR IMKMRKTLGH NLLVSELY N QLKFPVKPGD LKKRIESLID RDYMERDKDN PNQYHYVA

UniProtKB: Cullin-4A

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.15 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio in CryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82975
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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