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- EMDB-15826: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15826
タイトルPol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1
マップデータMain composite map. Maps used to make the main map are deposited as additional EM maps.
試料
  • 複合体: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex.
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードTranscription / DNA repair / ubiquitin / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / response to auditory stimulus / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex ...negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / response to auditory stimulus / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / B-WICH complex / DNA protection / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / chromatin-protein adaptor activity / response to superoxide / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / spindle assembly involved in female meiosis / photoreceptor cell maintenance / ATP-dependent chromatin remodeler activity / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / nuclear lumen / UV-damage excision repair / response to UV-B / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ATP-dependent DNA damage sensor activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / cullin family protein binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / protein tyrosine kinase activator activity / viral release from host cell / RNA Polymerase I Transcription Initiation / site of DNA damage / pyrimidine dimer repair / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / translation elongation factor activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / proteasomal protein catabolic process / response to UV / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / protein autoubiquitination / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / JNK cascade / neurogenesis / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of gluconeogenesis / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / response to gamma radiation / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / helicase activity / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm
類似検索 - 分子機能
DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region ...DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / : / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 ...Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kokic G / Cramer P
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Investigator Grant CHROMATRANS (grant agreement No. 882357)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 structure.
著者: Kokic G / Cramer P
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main composite map. Maps used to make the main map are deposited as additional EM maps.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å		1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å		1.05 Å/pix.
x 380 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00762
最小 - 最大-0.11188609 - 0.18074071
平均 (標準偏差)-0.000057194484 (±0.002969346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 398.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Half map corresponding to the map focused refined...

ファイルemd_15826_additional_1.map
注釈Half map corresponding to the map focused refined on CSB-CSA-DDB1-ELOF1. This map was used to make the main map.
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ファイルemd_15826_additional_2.map
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投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ファイルemd_15826_additional_3.map
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ファイルemd_15826_additional_4.map
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ファイルemd_15826_half_map_1.map
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ハーフマップ: Half map corresponding to the main map.

ファイルemd_15826_half_map_2.map
注釈Half map corresponding to the main map.
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex.

全体名称: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex.
要素
  • 複合体: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex.
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1 homolog
    • DNA: NTS
    • RNA: RNA
    • DNA: TS
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-6
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex.

超分子名称: Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 217.450078 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 133.201625 KDa
配列文字列: MQYDEDDDEI TPDLWQEACW IVISSYFDEK GLVRQQLDSF DEFIQMSVQR IVEDAPPIDL QAEAQHASGE VEEPPRYLLK FEQIYLSKP THWERDGAPS PMMPNEARLR NLTYSAPLYV DITKTVIKEG EEQLQTQHQK TFIGKIPIML RSTYCLLNGL T DRDLCELN ...文字列:
MQYDEDDDEI TPDLWQEACW IVISSYFDEK GLVRQQLDSF DEFIQMSVQR IVEDAPPIDL QAEAQHASGE VEEPPRYLLK FEQIYLSKP THWERDGAPS PMMPNEARLR NLTYSAPLYV DITKTVIKEG EEQLQTQHQK TFIGKIPIML RSTYCLLNGL T DRDLCELN ECPLDPGGYF IINGSEKVLI AQEKMATNTV YVFAKKDSKY AYTGECRSCL ENSSRPTSTI WVSMLARGGQ GA KKSAIGQ RIVATLPYIK QEVPIIIVFR ALGFVSDRDI LEHIIYDFED PEMMEMVKPS LDEAFVIQEQ NVALNFIGSR GAK PGVTKE KRIKYAKEVL QKEMLPHVGV SDFCETKKAY FLGYMVHRLL LAALGRRELD DRDHYGNKRL DLAGPLLAFL FRGM FKNLL KEVRIYAQKF IDRGKDFNLE LAIKTRIISD GLKYSLATGN WGDQKKAHQA RAGVSQVLNR LTFASTLSHL RRLNS PIGR DGKLAKPRQL HNTLWGMVCP AETPEGHAVG LVKNLALMAY ISVGSQPSPI LEFLEEWSME NLEEISPAAI ADATKI FVN GCWVGIHKDP EQLMNTLRKL RRQMDIIVSE VSMIRDIRER EIRIYTDAGR ICRPLLIVEK QKLLLKKRHI DQLKERE YN NYSWQDLVAS GVVEYIDTLE EETVMLAMTP DDLQEKEVAY CSTYTHCEIH PSMILGVCAS IIPFPDHNQS PRNTYQSA M GKQAMGVYIT NFHVRMDTLA HVLYYPQKPL VTTRSMEYLR FRELPAGINS IVAIASYTGY NQEDSVIMNR SAVDRGFFR SVFYRSYKEQ ESKKGFDQEE VFEKPTRETC QGMRHAIYDK LDDDGLIAPG VRVSGDDVII GKTVTLPENE DELEGTNRRY TKRDCSTFL RTSETGIVDQ VMVTLNQEGY KFCKIRVRSV RIPQIGDKFA SRHGQKGTCG IQYRQEDMPF TCEGITPDII I NPHAIPSR MTIGHLIECL QGKVSANKGE IGDATPFNDA VNVQKISNLL SDYGYHLRGN EVLYNGFTGR KITSQIFIGP TY YQRLKHM VDDKIHSRAR GPIQILNRQP MEGRSRDGGL RFGEMERDCQ IAHGAAQFLR ERLFEASDPY QVHVCNLCGI MAI ANTRTH TYECRGCRNK TQISLVRMPY ACKLLFQELM SMSIAPRMMS V

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 16.331255 KDa
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQ KKLHKFELAC LANLCPETAE ESKALIPSLE GRFEDEELQQ ILDDIQTKRS FQY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: RNA_pol_L_2 domain-containing protein

分子名称: RNA_pol_L_2 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: Transcription elongation factor 1 homolog

分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.475881 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGRRKSKRKP PPKKKMTGTL ETQFTCPFCN HEKSCDVKMD RARNTGVISC TVCLEEFQTP ITYLSEPVDV YSDWIDACEA ANQ

UniProtKB: Transcription elongation factor 1 homolog

+
分子 #17: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.10716 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCS IGRDHPDVHR YSVETVQWYP HDTGMFTSSS FDKTLKVWDT NTLQTADVFN FEETVYSHHM SPVSTKHCLV A VGTRGPKV QLCDLKSGSC SHILQGHRQE ILAVSWSPRY DYILATASAD SRVKLWDVRR ASGCLITLDQ HNGKKSQAVE SA NTAHNGK VNGLCFTSDG LHLLTVGTDN RMRLWNSSNG ENTLVNYGKV CNNSKKGLKF TVSCGCSSEF VFVPYGSTIA VYT VYSGEQ ITMLKGHYKT VDCCVFQSNF QELYSGSRDC NILAWVPSLY EPVPDDDETT TKSQLNPAFE DAWSSSDEEG

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

+
分子 #18: DNA excision repair protein ERCC-6

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 168.945797 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR ...文字列:
SNAMPNEGIP HSSQTQEQDC LQSQPVSNNE EMAIKQESGG DGEVEEYLSF RSVGDGLSTS AVGCASAAPR RGPALLHIDR HQIQAVEPS AQALELQGLG VDVYDQDVLE QGVLQQVDNA IHEASRASQL VDVEKEYRSV LDDLTSCTTS LRQINKIIEQ L SPQAATSR DINRKLDSVK RQKYNKEQQL KKITAKQKHL QAILGGAEVK IELDHASLEE DAEPGPSSLG SMLMPVQETA WE ELIRTGQ MTPFGTQIPQ KQEKKPRKIM LNEASGFEKY LADQAKLSFE RKKQGCNKRA ARKAPAPVTP PAPVQNKNKP NKK ARVLSK KEERLKKHIK KLQKRALQFQ GKVGLPKARR PWESDMRPEA EGDSEGEESE YFPTEEEEEE EDDEVEGAEA DLSG DGTDY ELKPLPKGGK RQKKVPVQEI DDDFFPSSGE EAEAASVGEG GGGGRKVGRY RDDGDEDYYK QRLRRWNKLR LQDKE KRLK LEDDSEESDA EFDEGFKVPG FLFKKLFKYQ QTGVRWLWEL HCQQAGGILG DEMGLGKTIQ IIAFLAGLSY SKIRTR GSN YRFEGLGPTV IVCPTTVMHQ WVKEFHTWWP PFRVAILHET GSYTHKKEKL IRDVAHCHGI LITSYSYIRL MQDDISR YD WHYVILDEGH KIRNPNAAVT LACKQFRTPH RIILSGSPMQ NNLRELWSLF DFIFPGKLGT LPVFMEQFSV PITMGGYS N ASPVQVKTAY KCACVLRDTI NPYLLRRMKS DVKMSLSLPD KNEQVLFCRL TDEQHKVYQN FVDSKEVYRI LNGEMQIFS GLIALRKICN HPDLFSGGPK NLKGLPDDEL EEDQFGYWKR SGKMIVVESL LKIWHKQGQR VLLFSQSRQM LDILEVFLRA QKYTYLKMD GTTTIASRQP LITRYNEDTS IFVFLLTTRV GGLGVNLTGA NRVVIYDPDW NPSTDTQARE RAWRIGQKKQ V TVYRLLTA GTIEEKIYHR QIFKQFLTNR VLKDPKQRRF FKSNDLYELF TLTSPDASQS TETSAIFAGT GSDVQTPKCH LK RRIQPAF GADHDVPKRK KFPASNISVN DATSSEEKSE AKGAEVNAVT SNRSDPLKDD PHMSSNVTSN DRLGEETNAV SGP EELSVI SGNGECSNSS GTGKTSMPSG DESIDEKLGL SYKRERPSQA QTEAFWENKQ MENNFYKHKS KTKHHSVAEE ETLE KHLRP KQKPKNSKHC RDAKFEGTRI PHLVKKRRYQ KQDSENKSEA KEQSNDDYVL EKLFKKSVGV HSVMKHDAIM DGASP DYVL VEAEANRVAQ DALKALRLSR QRCLGAVSGV PTWTGHRGIS GAPAGKKSRF GKKRNSNFSV QHPSSTSPTE KCQDGI MKK EGKDNVPEHF SGRAEDADSS SGPLASSSLL AKMRARNHLI LPERLESESG HLQEASALLP TTEHDDLLVE MRNFIAF QA HTDGQASTRE ILQEFESKLS ASQSCVFREL LRNLCTFHRT SGGEGIWKLK PEYC

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-6

+
分子 #19: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

+
分子 #14: NTS

分子名称: NTS / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.027309 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DC)

+
分子 #16: TS

分子名称: TS / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.824121 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #15: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.264036 KDa
配列文字列:
AUCGAGAGGA

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.14 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio reconstruction in CryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220655
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る