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- EMDB-1582: Three-dimensional structure of the 70S E. coli ribosome in its na... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1582
タイトルThree-dimensional structure of the 70S E. coli ribosome in its native 3D organization in polysomes.
マップデータThis is a 3D density of class t-t ribosomes obtained by averaging of polysomal particles.
試料
  • 試料: 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the 5' end oriented in a tt-classリボソーム
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム
キーワード70S ribosome (リボソーム) / polysome (ポリソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / protein folding (フォールディング) / cryoelectron tomography
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Brandt F / Elcock AH / Etchells SA / Ortiz JO / Hartl FU / Baumeister W
引用ジャーナル: Cell / 年: 2009
タイトル: The native 3D organization of bacterial polysomes.
著者: Florian Brandt / Stephanie A Etchells / Julio O Ortiz / Adrian H Elcock / F Ulrich Hartl / Wolfgang Baumeister /
要旨: Recent advances have led to insights into the structure of the bacterial ribosome, but little is known about the 3D organization of ribosomes in the context of translating polysomes. We employed ...Recent advances have led to insights into the structure of the bacterial ribosome, but little is known about the 3D organization of ribosomes in the context of translating polysomes. We employed cryoelectron tomography and a template-matching approach to map 70S ribosomes in vitrified bacterial translation extracts and in lysates of active E. coli spheroplasts. In these preparations, polysomal arrangements were observed in which neighboring ribosomes are densely packed and exhibit preferred orientations. Analysis of characteristic examples of polysomes reveals a staggered or pseudohelical organization of ribosomes along the mRNA trace, with the transcript being sequestered on the inside, the tRNA entrance sites being accessible, and the polypeptide exit sites facing the cytosol. Modeling of elongating nascent polypeptide chains suggests that this arrangement maximizes the distance between nascent chains on adjacent ribosomes, thereby reducing the probability of intermolecular interactions that would give rise to aggregation and limit productive folding.
履歴
登録2008年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年11月10日-
マップ公開2009年6月11日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.0E-9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9.0E-9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1582.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D density of class t-t ribosomes obtained by averaging of polysomal particles.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 716.8 Å		5.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 716.8 Å		5.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 716.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.0000000092
最小 - 最大-0.0000000952641 - 0.000000164415
平均 (標準偏差)-0.00000000720858 (±0.0000000130023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 716.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.65.65.6
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z716.800716.800716.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0000.000-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the...

全体名称: 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the 5' end oriented in a tt-classリボソーム
要素
  • 試料: 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the 5' end oriented in a tt-classリボソーム
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム

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超分子 #1000: 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the...

超分子名称: 70S ribosome in a native polysome with a neighbor ribosome at the 5' end oriented in a tt-class
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample is indeed heterogeneous, a prokaryotic lysate containing many cellular components
集合状態: ribosomes forming polysomes / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.7 MDa / 理論値: 2.7 MDa / 手法: Sedimentation

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S ribosome
詳細: The ribosomes under scrutiny are part of large polysomal arrangements
組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 2.7 MDa / 理論値: 2.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: Roche reconstitution buffer from the RTS kit, ATP,GTP, 8-15 mM Mg2, 100-250 nm K,NH4,DTT, protease inhibitors,NaN3
グリッド詳細: 400 mesh gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: plunger. Vitrification carried out in air
手法: Blot for 1 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 53960 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen- / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
温度最低: 70 K / 最高: 90 K / 平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 50,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -4
日付2006年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 50 e/Å2

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM ToolBox / 詳細: CET
詳細Average number of projections used in the 3D reconstructions: 391.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2aw7
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2awb
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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