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万見
- EMDB-1580: CryoEM and 3D image reconstruction of Chilo Iridescent virus at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1580
タイトルCryoEM and 3D image reconstruction of Chilo Iridescent virus at 13 angstrom resolution
マップデータChilo Iridescent virus at 13 angstrom resolution
試料
  • 試料: CIV
  • ウイルス: Invertebrate iridescent virus 6 (ウイルス)
キーワードlarge DNA virus / cryo-electron microscopy / 3D image reconstruction / enveloped virus / minor capsid proteins
生物種Invertebrate iridescent virus 6 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Yan X / Yu Z / Zhang P / Battisti AJ / Holdaway HA / Chipman PR / Bajaj C / Bergoin M / Rossmann MG / Baker TS
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: The capsid proteins of a large, icosahedral dsDNA virus.
著者: Xiaodong Yan / Zeyun Yu / Ping Zhang / Anthony J Battisti / Heather A Holdaway / Paul R Chipman / Chandrajit Bajaj / Max Bergoin / Michael G Rossmann / Timothy S Baker /
要旨: Chilo iridescent virus (CIV) is a large (approximately 1850 A diameter) insect virus with an icosahedral, T=147 capsid, a double-stranded DNA (dsDNA) genome, and an internal lipid membrane. The ...Chilo iridescent virus (CIV) is a large (approximately 1850 A diameter) insect virus with an icosahedral, T=147 capsid, a double-stranded DNA (dsDNA) genome, and an internal lipid membrane. The structure of CIV was determined to 13 A resolution by means of cryoelectron microscopy (cryoEM) and three-dimensional image reconstruction. A homology model of P50, the CIV major capsid protein (MCP), was built based on its amino acid sequence and the structure of the homologous Paramecium bursaria chlorella virus 1 Vp54 MCP. This model was fitted into the cryoEM density for each of the 25 trimeric CIV capsomers per icosahedral asymmetric unit. A difference map, in which the fitted CIV MCP capsomers were subtracted from the CIV cryoEM reconstruction, showed that there are at least three different types of minor capsid proteins associated with the capsomers outside the lipid membrane. "Finger" proteins are situated at many, but not all, of the spaces between three adjacent capsomers within each trisymmetron, and "zip" proteins are situated between sets of three adjacent capsomers at the boundary between neighboring trisymmetrons and pentasymmetrons. Based on the results of segmentation and density correlations, there are at least eight finger proteins and three dimeric and two monomeric zip proteins in one asymmetric unit of the CIV capsid. These minor proteins appear to stabilize the virus by acting as intercapsomer cross-links. One transmembrane "anchor" protein per icosahedral asymmetric unit, which extends from beneath one of the capsomers in the pentasymmetron to the internal leaflet of the lipid membrane, may provide additional stabilization for the capsid. These results are consistent with the observations for other large, icosahedral dsDNA viruses that also utilize minor capsid proteins for stabilization and for determining their assembly.
履歴
登録2008年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年11月5日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1580.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 389.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chilo Iridescent virus at 13 angstrom resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.01 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-10.8142 - 23.1188
平均 (標準偏差)1.86893 (±3.8831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ471471471
Spacing471471471
セルA=B=C: 1997.04 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.244.244.24
M x/y/z471471471
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1997.0401997.0401997.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS471471471
D min/max/mean-10.81423.1191.869

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CIV

全体名称: CIV
要素
  • 試料: CIV
  • ウイルス: Invertebrate iridescent virus 6 (ウイルス)

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超分子 #1000: CIV

超分子名称: CIV / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: CIV virions / Number unique components: 1

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超分子 #1: Invertebrate iridescent virus 6

超分子名称: Invertebrate iridescent virus 6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: chilo iridescent virus / NCBI-ID: 176652 / 生物種: Invertebrate iridescent virus 6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: chilo iridescent virus
宿主生物種: Lepidoptera (昆虫) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1850 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: holey carbon film
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: manual plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7.0 µm / 実像数: 210 / 平均電子線量: 22 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダー: gatan 626 cryo holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 1800
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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