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万見
- EMDB-15757: Structure of RIP2K dimer bound to the XIAP BIR2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15757
タイトルStructure of RIP2K dimer bound to the XIAP BIR2 domain
マップデータcryo EM map of RIP2 kinase dimer with bound the BIR2 domain of E3 ligase XIAP
試料
  • 複合体: dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain
    • 複合体: RIP2K dimer
      • タンパク質・ペプチド: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
    • 複合体: BIR2 domain of E3 ligase XIAP
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
  • リガンド: ZINC ION
キーワードkinase / BIR2 / complex / dimer / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / copper ion homeostasis / immature T cell proliferation in thymus / regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response ...response to interleukin-18 / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / copper ion homeostasis / immature T cell proliferation in thymus / regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of xenophagy / caspase binding / xenophagy / LIM domain binding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of macrophage cytokine production / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / response to exogenous dsRNA / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interferon-alpha production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / p75NTR recruits signalling complexes / stress-activated MAPK cascade / Regulation of PTEN localization / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of protein ubiquitination / ERK1 and ERK2 cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / response to interleukin-1 / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of JNK cascade / non-specific protein-tyrosine kinase / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN stability and activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein homooligomerization / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / Wnt signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / Ovarian tumor domain proteases / cytokine-mediated signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / Downstream TCR signaling / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / vesicle / response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / cytoskeleton / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Pellegrini E / Cusack S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Structure shows that the BIR2 domain of E3 ligase XIAP binds across the RIPK2 kinase dimer interface.
著者: Mathilde Lethier / Karine Huard / Michael Hons / Adrien Favier / Bernhard Brutscher / Elisabetta Boeri Erba / Derek W Abbott / Stephen Cusack / Erika Pellegrini /
要旨: RIPK2 is an essential adaptor for NOD signalling and its kinase domain is a drug target for NOD-related diseases, such as inflammatory bowel disease. However, recent work indicates that the ...RIPK2 is an essential adaptor for NOD signalling and its kinase domain is a drug target for NOD-related diseases, such as inflammatory bowel disease. However, recent work indicates that the phosphorylation activity of RIPK2 is dispensable for signalling and that inhibitors of both RIPK2 activity and RIPK2 ubiquitination prevent the essential interaction between RIPK2 and the BIR2 domain of XIAP, the key RIPK2 ubiquitin E3 ligase. Moreover, XIAP BIR2 antagonists also block this interaction. To reveal the molecular mechanisms involved, we combined native mass spectrometry, NMR, and cryo-electron microscopy to determine the structure of the RIPK2 kinase BIR2 domain complex and validated the interface with in cellulo assays. The structure shows that BIR2 binds across the RIPK2 kinase antiparallel dimer and provides an explanation for both inhibitory mechanisms. It also highlights why phosphorylation of the kinase activation loop is dispensable for signalling while revealing the structural role of RIPK2-K209 residue in the RIPK2-XIAP BIR2 interaction. Our results clarify the features of the RIPK2 conformation essential for its role as a scaffold protein for ubiquitination.
履歴
登録2022年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo EM map of RIP2 kinase dimer with bound the BIR2 domain of E3 ligase XIAP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.45508128 - 1.1479805
平均 (標準偏差)-0.0013349224 (±0.025402075)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15757_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map sharpen at -100 A2

ファイルemd_15757_additional_1.map
注釈map sharpen at -100 A2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15757_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15757_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain

全体名称: dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain
要素
  • 複合体: dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain
    • 複合体: RIP2K dimer
      • タンパク質・ペプチド: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
    • 複合体: BIR2 domain of E3 ligase XIAP
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain

超分子名称: dimeric RIP2K bound to XIAP BIR2 domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: RIP2K dimer

超分子名称: RIP2K dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: BIR2 domain of E3 ligase XIAP

超分子名称: BIR2 domain of E3 ligase XIAP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.229517 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
YPRNPAMYSE EARLKSFQNW PDYAHLTPRE LASAGLYYTG IGDQVQCFCC GGKLKNWEPC DRAWSEHRRH FPNCFFVLGR NLNIRSE

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP

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分子 #2: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2

分子名称: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.412879 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNGEAICSAL PTIPYHKLAD LRYLSRGASG TVSSARHADW RVQVAVKHLH IHTPLLDSER KDVLREAEIL HKARFSYILP ILGICNEPE FLGIVTEYMP NGSLNELLHR KTEYPDVAWP LRFRILHEIA LGVNYLHNMT PPLLHHDLKT QNILLDNEFH V KIADFGLS ...文字列:
MNGEAICSAL PTIPYHKLAD LRYLSRGASG TVSSARHADW RVQVAVKHLH IHTPLLDSER KDVLREAEIL HKARFSYILP ILGICNEPE FLGIVTEYMP NGSLNELLHR KTEYPDVAWP LRFRILHEIA LGVNYLHNMT PPLLHHDLKT QNILLDNEFH V KIADFGLS KWRMMSLSQS RSSKSAPEGG TIIYMPPENY EPGQKSRASI KHDIYSYAVI TWEVLSRKQP FEDVTNPLQI MY SVSQGHR PVINEESLPY DIPHRARMIS LIESGWAQNP DERPSFLKCL IELEPVLRTF EEITFLEAVI QLKKTKLQSV

UniProtKB: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 46.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5ng0


詳細: Other IDs used: 4C8B,4J3Y
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 173600
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8aza:
Structure of RIP2K dimer bound to the XIAP BIR2 domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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