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万見
- EMDB-15652: Structure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 (homogenous ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15652
タイトルStructure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 (homogenous refinement)
マップデータHomogenous refinement
試料
  • 複合体: Anti-parallel homodimer
    • タンパク質・ペプチド: BIRC6
キーワードE2/E3 ubiquitin ligase / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / trans-Golgi network ...spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / trans-Golgi network / RING-type E3 ubiquitin transferase / spindle pole / ubiquitin-protein transferase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cell population proliferation / midbody / cell population proliferation / endosome / protein ubiquitination / protein phosphorylation / cell division / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dietz L / Elliott PR
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R008582/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis for SMAC-mediated antagonism of caspase inhibition by the giant ubiquitin ligase BIRC6.
著者: Larissa Dietz / Cara J Ellison / Carlos Riechmann / C Keith Cassidy / F Daniel Felfoldi / Adán Pinto-Fernández / Benedikt M Kessler / Paul R Elliott /
要旨: Certain inhibitor of apoptosis (IAP) family members are sentinel proteins that prevent untimely cell death by inhibiting caspases. Antagonists, including second mitochondria-derived activator of ...Certain inhibitor of apoptosis (IAP) family members are sentinel proteins that prevent untimely cell death by inhibiting caspases. Antagonists, including second mitochondria-derived activator of caspases (SMAC), regulate IAPs and drive cell death. Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6), a giant IAP with dual E2 and E3 ubiquitin ligase activity, regulates programmed cell death through unknown mechanisms. We show that BIRC6 directly restricts executioner caspase-3 and -7 and ubiquitinates caspase-3, -7, and -9, working exclusively with noncanonical E1, UBA6. Notably, we show that SMAC suppresses both mechanisms. Cryo-electron microscopy structures of BIRC6 alone and in complex with SMAC reveal that BIRC6 is an antiparallel dimer juxtaposing the substrate-binding module against the catalytic domain. Furthermore, we discover that SMAC multisite binding to BIRC6 results in a subnanomolar affinity interaction, enabling SMAC to competitively displace caspases, thus antagonizing BIRC6 anticaspase function.
履歴
登録2022年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Homogenous refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01178
最小 - 最大-0.034907542 - 0.0720575
平均 (標準偏差)0.000057106845 (±0.0039090975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15652_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 1st half map homogenous refinement

ファイルemd_15652_half_map_1.map
注釈1st half map homogenous refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: 2nd half map homogenous refinement

ファイルemd_15652_half_map_2.map
注釈2nd half map homogenous refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Anti-parallel homodimer

全体名称: Anti-parallel homodimer
要素
  • 複合体: Anti-parallel homodimer
    • タンパク質・ペプチド: BIRC6

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超分子 #1: Anti-parallel homodimer

超分子名称: Anti-parallel homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: BIRC6

分子名称: BIRC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPMVTGGGAA PPGTVTEPLP SVIVLSAGRK MAAAAAAASG PGCSSAAGAG AAGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF VDDYAVGCRK DLNGILLLDT ALQTPVSKQD DVVQLELPVT ...文字列:
GPMVTGGGAA PPGTVTEPLP SVIVLSAGRK MAAAAAAASG PGCSSAAGAG AAGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF VDDYAVGCRK DLNGILLLDT ALQTPVSKQD DVVQLELPVT EAQQLLSACL EKVDISSTEG YDLFITQLKD GLKNTSHETA ANHKVAKWAT VTFHLPHHVL KSIASAIVNE LKKINQNVAA LPVASSVMDR LSYLLPSARP ELGVGPGRSV DRSLMYSEAN RRETFTSWPH VGYRWAQPDP MAQAGFYHQP ASSGDDRAMC FTCSVCLVCW EPTDEPWSEH ERHSPNCPFV KGEHTQNVPL SVTLATSPAQ FPCTDGTDRI SCFGSGSCPH FLAAATKRGK ICIWDVSKLM KVHLKFEINA YDPAIVQQLI LSGDPSSGVD SRRPTLAWLE DSSSCSDIPK LEGDSDDLLE DSDSEEHSRS DSVTGHTSQK EAMEVSLDIT ALSILQQPEK LQWEIVANVL EDTVKDLEEL GANPCLTNSK SEKTKEKHQE QHNIPFPCLL AGGLLTYKSP ATSPISSNSH RSLDGLSRTQ GESISEQGST DNESCTNSEL NSPLVRRTLP VLLLYSIKES DEKAGKIFSQ MNNIMSKSLH DDGFTVPQII EMELDSQEQL LLQDPPVTYI QQFADAAANL TSPDSEKWNS VFPKPGTLVQ CLRLPKFAEE ENLCIDSITP CADGIHLLVG LRTCPVESLS AINQVEALNN LNKLNSALCN RRKGELESNL AVVNGANISV IQHESPADVQ TPLIIQPEQR NVSGGYLVLY KMNYATRIVT LEEEPIKIQH IKDPQDTITS LILLPPDILD NREDDCEEPI EDMQLTSKNG FEREKTSDIS TLGHLVITTQ GGYVKILDLS NFEILAKVEP PKKEGTEEQD TFVSVIYCSG TDRLCACTKG GELHFLQIGG TCDDIDEADI LVDGSLSKGI EPSSEGSKPL SNPSSPGISG VDLLVDQPFT LEILTSLVEL TRFETLTPRF SATVPPCWVE VQQEQQQRRH PQHLHQQHHG DAAQHTRTWK LQTDSNSWDE HVFELVLPKA CMVGHVDFKF VLNSNITNIP QIQVTLLKNK APGLGKVNAL NIEVEQNGKP SLVDLNEEMQ HMDVEESQCL RLCPFLEDHK EDILCGPVWL ASGLDLSGHA GMLTLTSPKL VKGMAGGKYR SFLIHVKAVN ERGTEEICNG GMRPVVRLPS LKHQSNKGYS LASLLAKVAA GKEKSSNVKN ENTSGTRKSE NLRGCDLLQE VSVTIRRFKK TSISKERVQR CAMLQFSEFH EKLLNTLCRK TDDGQITEHA QSLVLDTLCW LAGVHSNGPG SSKEGNENLL SKTRKFLSDI VRVCFFEAGR SIAHKCARFL ALCISNGKCD PCQPAFGPVL LKALLDNMSF LPAATTGGSV YWYFVLLNYV KDEDLAGCST ACASLLTAVS RQLQDRLTPM EALLQTRYGL YSSPFDPVLF DLEMSGSSCK NVYNSSIGVQ SDEIDLSDVL SGNGKVSSCT AAEGSFTSLT GLLEVEPLHF TCVSTSDGTR IERDDAMSSF GVTPAVGGLS SGTVGEASTA LSSAAQVALQ SLSHAMASAE QQLQVLQEKQ QQLLKLQQQK AKLEAKLHQT TAAAAAAASA VGPVHNSVPS NPVAAPGFFI HPSDVIPPTP KTTPLFMTPP LTPPNEAVSV VINAELAQLF PGSVIDPPAV NLAAHNKNSN KSRMNPLGSG LALAISHASH FLQPPPHQSI IIERMHSGAR RFVTLDFGRP ILLTDVLIPT CGDLASLSID 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GKLGFKVNYH YMSQVKNAND ANSAARARRL AQEAVTLSTS LPLSSSSSVF VRCDEERLDI MKVLITGPAD TPYANGCFEF DVYFPQDYPS SPPLVNLETT GGHSVRFNPN LYNDGKVCLS ILNTWHGRPE EKWNPQTSSF LQVLVSVQSL ILVAEPYFNE PGYERSRGTP SGTQSSREYD GNIRQATVKW AMLEQIRNPS PCFKEVIHKH FYLKRVEIMA QCEEWIADIQ QYSSDKRVGR TMSHHAAALK RHTAQLREEL LKLPCPEGLD PDTDDAPEVC RATTGAEETL MHDQVKPSSS KELPSDFQL

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 548509
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127710
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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