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万見
- EMDB-15630: Tomogram of the Mimivirus genomic fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15630
タイトルTomogram of the Mimivirus genomic fiber
マップデータTomogram of the Mimivirus genomic fiber
試料
  • 複合体: The mimivirus genomic fibre
生物種Mimivirus (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Villalta A / Schmitt A / Estrozi L / Quemin ERK / Alempic JM / Lartigue A / Prazak V / Belmudes L / Vasishtan D / Colmant AMG ...Villalta A / Schmitt A / Estrozi L / Quemin ERK / Alempic JM / Lartigue A / Prazak V / Belmudes L / Vasishtan D / Colmant AMG / Honore FA / Coute Y / Gruenewald K / Abergel C
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 152/772-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/774-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/775-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/776-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: The giant mimivirus 1.2 Mb genome is elegantly organized into a 30-nm diameter helical protein shield.
著者: Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G ...著者: Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G Colmant / Flora A Honoré / Yohann Couté / Kay Grünewald / Chantal Abergel /
要旨: Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral ...Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral capsids. Cryo-electron microscopy, cryo-electron tomography, and proteomics revealed that it is encased into a ~30-nm diameter helical protein shell surprisingly composed of two GMC-type oxidoreductases, which also form the glycosylated fibrils decorating the capsid. The genome is arranged in 5- or 6-start left-handed super-helices, with each DNA-strand lining the central channel. This luminal channel of the nucleoprotein fiber is wide enough to accommodate oxidative stress proteins and RNA polymerase subunits identified by proteomics. Such elegant supramolecular organization would represent a remarkable evolutionary strategy for packaging and protecting the genome, in a state ready for immediate transcription upon unwinding in the host cytoplasm. The parsimonious use of the same protein in two unrelated substructures of the virion is unexpected for a giant virus with thousand genes at its disposal.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15630.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of the Mimivirus genomic fiber
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.98 Å/pix.
x 161 pix.
= 1767.78 Å		10.98 Å/pix.
x 720 pix.
= 7905.6 Å		10.98 Å/pix.
x 512 pix.
= 5621.76 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-32768.0 - 32767.0
平均 (標準偏差)12706.604 (±596.6004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-104104-81
サイズ720512161
Spacing512720161
セルA: 5621.76 Å / B: 7905.5996 Å / C: 1767.7799 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The mimivirus genomic fibre

全体名称: The mimivirus genomic fibre
要素
  • 複合体: The mimivirus genomic fibre

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超分子 #1: The mimivirus genomic fibre

超分子名称: The mimivirus genomic fibre / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mimivirus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: UMC Utrecht / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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