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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15609 | |||||||||
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タイトル | E. coli Wadjet JetABC monomer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SMC complexes / bacterial immunity / defense system / DNA loop extrusion / Wadjet / JetABCD / DNA cleavage / plasmid restriction / mksBEFG / mobile genetic elements / horizontal gene transfer / eptABCD / mukBEF / DNA binding protein | |||||||||
機能・相同性 | Wadjet protein JetB / Domain of unknown function (DUF4194) / Protein of unknown function DUF3375 / Protein of unknown function (DUF3375) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / DUF4194 domain-containing protein / ATP synthase / DUF3375 family protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Roisne-Hamelin F / Beckert B / Li Y / Myasnikov A / Gruber S | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: DNA-measuring Wadjet SMC ATPases restrict smaller circular plasmids by DNA cleavage. 著者: Hon Wing Liu / Florian Roisné-Hamelin / Bertrand Beckert / Yan Li / Alexander Myasnikov / Stephan Gruber / 要旨: Structural maintenance of chromosome (SMC) complexes fold DNA by loop extrusion to support chromosome segregation and genome maintenance. Wadjet systems (JetABCD/MksBEFG/EptABCD) are derivative SMC ...Structural maintenance of chromosome (SMC) complexes fold DNA by loop extrusion to support chromosome segregation and genome maintenance. Wadjet systems (JetABCD/MksBEFG/EptABCD) are derivative SMC complexes with roles in bacterial immunity against selfish DNA. Here, we show that JetABCD restricts circular plasmids with an upper size limit of about 100 kb, whereas a linear plasmid evades restriction. Purified JetABCD complexes cleave circular DNA molecules, regardless of the DNA helical topology; cleavage is DNA sequence nonspecific and depends on the SMC ATPase. A cryo-EM structure reveals a distinct JetABC dimer-of-dimers geometry, with the two SMC dimers facing in opposite direction-rather than the same as observed with MukBEF. We hypothesize that JetABCD is a DNA-shape-specific endonuclease and propose the "total extrusion model" for DNA cleavage exclusively when extrusion of an entire plasmid has been completed by a JetABCD complex. Total extrusion cannot be achieved on the larger chromosome, explaining how self-DNA may evade processing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15609.map.gz | 10.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15609-v30.xml emd-15609.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15609_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15609.png | 83.3 KB | ||
マスクデータ | emd_15609_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15609.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_15609_additional_1.map.gz emd_15609_half_map_1.map.gz emd_15609_half_map_2.map.gz | 15.2 MB 194.3 MB 194.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15609 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15609_validation.pdf.gz | 807.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15609_full_validation.pdf.gz | 807 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15609_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15609_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15609 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15609 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8as8MC 8bfnC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1616 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15609_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15609_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15609_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15609_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : JetABC(D)
全体 | 名称: JetABC(D) |
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要素 |
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-超分子 #1: JetABC(D)
超分子 | 名称: JetABC(D) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: E. coli JetABCD was purified by gel filtration. Note that JetD is not visible in the map. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 |
-分子 #1: JetC
分子 | 名称: JetC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 124.562938 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNQVSGLAGK ESFILTRIEL FNWGGFHGLH QAAIHQDGTA VIGPTGSGKT TLVDALMTLL CANPRYNLAS TGGHESDRDL ISYVRGVSG PGDGGEGQSH IARPGKTVTG IAATLEREGK QVRLGALLWF DSTSSSVTDM KRLWLFSDNP GQTLEHWLNV Y HEGGTRLL ...文字列: MNQVSGLAGK ESFILTRIEL FNWGGFHGLH QAAIHQDGTA VIGPTGSGKT TLVDALMTLL CANPRYNLAS TGGHESDRDL ISYVRGVSG PGDGGEGQSH IARPGKTVTG IAATLEREGK QVRLGALLWF DSTSSSVTDM KRLWLFSDNP GQTLEHWLNV Y HEGGTRLL RQMEKEAIGL WTYPNKKQYL ARLRDFFEVG ENAFTLLNRA AGLKQLNSID EIFRELVLDD HSAFDRAAEV AN SFDGLTE IHQELETARK QQQSLQPVAL SWEKYQKQER QLADWLTLES LLPLWFAQQA SHLWREKINL LNARLAEAQT SEE QLQSQL DLQKKVVSDC MQRYLQVGGA NIDELNERIK DWQKTLGSRE ALARQYQQLT RNLGLPSDLS QPQLEANQHE AEAR CEQIA VDIKLKQEEA YQKGALSHHI TEELRERENE RAEIARRPDS NLPAHYQAFR SELAKALNVD ESELPFVAEL IQVKP EEAQ WRGAIERAVG SNRLRILVAP ESAQEALRWV NQRNNRLHVR LLEVKLPHSP ARFFDDGFTR KLLWKDHPWR EAVKAL LAE SDRHCVDSPE QLHDTPHAMT VQGLMSGKQR FYDKHDQKRL DEDWLTGFDN RDRLNFLAKE IATLQEQVKT ANAAFEF AK GEVGLLQNQA ASFQKIEQID FDSIDVPGAK SQLDALRERL ENLTRPDSDA SVAKAKLDEA QTIESELDKQ LRAANKVT N VLDTELTLAR AAERKAQQTA QQGMKEEERE LCASHFPVVT LEQLPDIRDL ERQHERGIQH EIERVKAELH RLNIELTKR MSEAKRVDTG ALVEAGADLD DIPVYLQRLQ ELTEEALPEK LNRFLDYLNR SSDDGVTQLL SHIEHEVLVI EERLNELNET MFRVDFQPD RYLRLDTKKV VHESLRTLEK AQRQLNAARF VDDNGESHYK ALQVLVAQLR DACERNRTLG AKALLDPRFR L EFAVSVMD RQSGNVIESR TGSQGGSGGE KEIIASYVLT ASLSYALCPA GSRYPLFGTI ILDEAFSRSS HAVAGRIIAA LR EFGLHAV FITPNKEMRL LRDHTRSAIV VHRRGQNSNM ASLSWEELER HYQRRGNAG UniProtKB: ATP synthase |
-分子 #2: JetB
分子 | 名称: JetB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 28.020416 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGFFDKLIN RSVTANAGCE PEPSDEEVTD ESVEDSLASS ETRTLQKIRE ATQELLKYGL LEEASKPNLY RIVLSHPEEV TRILEPLDL DIGIDEIRGL LYVKVRLDET PAQDEWAHPL VRRQRLNLEQ SLLVAILRQH FVAWEQESGT GASQAQIAID D LLPQLQIY ...文字列: MAGFFDKLIN RSVTANAGCE PEPSDEEVTD ESVEDSLASS ETRTLQKIRE ATQELLKYGL LEEASKPNLY RIVLSHPEEV TRILEPLDL DIGIDEIRGL LYVKVRLDET PAQDEWAHPL VRRQRLNLEQ SLLVAILRQH FVAWEQESGT GASQAQIAID D LLPQLQIY LGDPGSESKE RTRLLTLLDQ LKGHGLVTSP DAHERIVIRP IIAHLADPIN LQALLAWLRE QIAQQTSPND AP EKDSSEE DVG UniProtKB: DUF4194 domain-containing protein |
-分子 #3: JetA
分子 | 名称: JetA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 |
分子量 | 理論値: 63.350883 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHHH HHGGSSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKLEVLF QGPAAMEENT RQRTENYISA KNQHPAWILL ATRRAPLVL SCLKTLFEKS HDGIPLEEAI QSLSSILIEH VSQEQYDINQ DNPFLQASRE LREWIKRRLI VERDGRIFAT D ALEVAITF ...文字列: MAHHHHHHHH HHGGSSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKLEVLF QGPAAMEENT RQRTENYISA KNQHPAWILL ATRRAPLVL SCLKTLFEKS HDGIPLEEAI QSLSSILIEH VSQEQYDINQ DNPFLQASRE LREWIKRRLI VERDGRIFAT D ALEVAITF VESLDNRFMT STASRLSTVQ REIENLETRL NPNPANRVAT LRRRISELER ELQEAEAGHI EVLETHQAVE HI RDVYNLA SSLRADFRRV EDSWREADRA LRQSIIGEQY HRGDIVERLL NDQDALLNTP EGRVFDSFQQ QLRQSSELKA MSE RLRVIL SHPSASDALN RLQRHDLRWL VKRLVDESQT VLQARARSER DVRGFMKTGL AAEHHRVGHL LNEFLNLALK LDWQ RQMIR KQEVPLPAVG VAVTGIPAIE RLRFKEVDDE AEQTLDLSNH AADLTQIGDD FWDAFNGLDR EVLIQQTLQL LAKEN RPVG LAELAELLPP AHDLETFAVW IGMAREAGIE VIDSQREFAE LSDGEGRRWR FNLPTTGLES QALMDIDWEG UniProtKB: DUF3375 family protein |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |